南京卫戍区是中华民国时期曾经设置的首都卫戍区，1946年以前直属国民政府军事委员会，1946年以后直属中华民国国防部，1949年撤销。

1937年11月20日，唐生智受命担任南京市卫戍区司令长官，率11万人固守南京。南京守军的防御部署是：以4个军的兵力，组成以市郊汤山、栖霞区、淳化街道、板桥街道等地为重点的外廓阵地；以3个师1个教导队的兵力，组成以幕府山、乌龙山、紫金山、雨花台及环绕全城的城墙为依托的腹廓阵地；宪兵团和警察总队在城内维持秩序，并就地防守。

1937年12月7日，松井石根起草了《攻占南京要略》。12月9日，日机在南京上空散发《投降劝告书》，限中国守军次日正午答复。12月10日下午1时，日军因劝降不成，开始对南京城发起总攻。日军用步、炮、空火力协同作战，猛攻中国守军腹廓阵地。中日两军在雨花台、上新河、紫金山及光华门展开激战，城垣多处被敌炮摧毁。12日，日军占领雨花台，并向中华门、水西门、通济门发起进攻，战斗相持至暮。中国守军阵脚已乱。同日下午，唐生智根据蒋介石的命令，向守城各部队下达了撤退令，本人随即脱离危城。13日上午，日军第六、第一一四师团首先从中华门侵入城内，光华门、中山门、和平门也相继被日军攻入。日军占领国民政府。午后2时，日海军第十一支队溯江而上，抵达下关镇。午后4时，日军国崎支队沿长江北岸攻占浦口区。南京市遂陷敌手。