高慧君早期在
台中市的酒吧演唱，后得到音乐人
钮大可赏识，签约环球唱片，成为演艺圈的一份子。1998年，她和歌手
张学友合唱的《
你最珍贵》使她走红，而后在2002年6月，其发行了首张精选辑《点播女人心》，专辑包含歌曲《认真的女人最美丽》。次年开始，她往戏剧圈发展，后在2006年至2009年，相继出演了电视剧《图腾转啊转》《
美丽晨曦》和《
芳草碧连天》。2013年，其主演的电视剧《
水返脚的春天》于2月首播；同年10月，其加入《张凤珠师姊的故事》的拍摄。而后在次年8月，其签约了内地经纪公司“麦尔文化”。
2006年其凭借电视剧《图腾转啊转》入围第41届
台湾电视金钟奖迷你剧集最佳女主角奖；次年凭借电视剧《美丽晨曦》获得第42届台湾电视金钟奖戏剧节目最佳女主角奖；2009年，高慧君凭借参演的电视剧《芳草碧连天》获得
第45届台湾电视金钟奖戏剧节目女配角奖。
1999年，高慧君发行首张个人专辑《
认真的女人最美丽》；10月发行第二张个人专辑《转身》2002年6月，高慧君发行首张精选辑《点播女人心》 。次年开始，高慧君转往戏剧圈发展，参演台湾电视剧《心动列车》。而后在2004年，高慧君与章家瑄、郭静纯、廖家仪参演电视连续剧《台湾百合》，已于11月1日播出。
2007年1月27日，高慧君参演的电视剧《美丽晨曦》上映，搭档严孝铭共同主演，凭借该剧，她获得第42届台湾电视金钟奖戏剧节目最佳女主角奖。次年6月23日，其发布了专辑《Supervideocompilation》，2008年10月，发表选集《单恋》。
2009年，高慧君参演电视剧《比赛开始》；同年参演大爱电视台电视剧《芳草碧连天》，凭借该剧，她获得第45届台湾电视金钟奖戏剧节目女配角奖。次年，高慧君参演偶像剧《泡沬之夏》，饰演女主角“尹夏沫”的亲生母亲“露娜”。而后在2012年7月，其相继发表了歌曲《Supervideocompilation,vol.2》《Amolei》和Supercompilation4,vol.2》；同年8月27日，还发布了专辑《Prepotentemente》。次年，高慧君与
陈熙锋主演的电视剧《
水返脚的春天》于2月播出，她在剧中饰演“周静芬”；同年，其相继参演了电视剧《
孤恋花》《南风。六堆》和《陂塘》。
2014年8月，高慧君签约内地经纪公司“麦尔文化”，开展在内地的演艺事业。2017年，其在电影《
红衣小女孩2》中饰演林美华；后在2018年7月，高慧君在音乐单曲中，发布了歌曲《孤独的世界》，同年8月24日，发布《情人以后》，次年4月，发布专辑《SheWantsToDanceWithMe》和《NelFarWest》，且在2019年5月20日，发表了《GetDown》，同年10月30日，又发布了作品《孤独的世界》。而后在2020年，在电视剧《因为爱你》中，高慧君也参与了出演。同年，还参演了电影《逃出“立法院”》。2022年，高慧君相继参演了电影《
一家子儿咕咕叫》《鬼天厦》。
2020年初，高慧君公开承认与一位年轻12岁的男友的恋情，称他带给她很多力量，但未披露其真面目。同年11月，高慧君透露自己的视力出现问题，已经看不清东西，将通过手术治疗。
2014年，台湾老牌歌手高慧君携专辑《邹女在唱歌》作客华夏原创金曲榜，随其一同作客的还有电影《
赛德克·巴莱》的男主角
游大庆，与主持人艺霏、袁野一起讲述音乐背后的故事。
2016年4月，在
广州市举办演唱会的高慧君提前抵达当地，进行签票会活动。她与剧迷粉丝互动，并与歌手
梁山山演绎了经典合唱作品《你最珍贵》。此外，签票会的参与者有机会获得价值498元的
花皙蔻孔雀石鸢尾凝时赋颜礼盒。这是一场兼具听歌和福利的活动。
认识高慧君是因为她与
张学友合唱的《你最珍贵》。她独特的高亢嗓音给观众留下了深刻印象。虽然她的演艺之路并不如出道时受到重视，但她凭借自己的努力和积累，主演的剧集获得了
台湾电视金钟奖的认可。（
新浪娱乐评）
通过交谈你总会发现高慧君身上有一种光彩，这种光彩是对理想的执着和对人性更深刻的理解。身为台湾流行音乐的前辈，高慧君致力于发掘有潜质和音乐天赋的新人，并加以扶持。演员游大庆就是她扶持的其中一位。自从参演电影《
赛德克·巴莱》之后，这位来自泰雅族的卡车司机的命运发生了翻天覆地的变化。他的演技和歌唱才华让他逐渐成为人们瞩目的焦点。然而，娱乐圈的浮躁和复杂并没有磨灭他干净、单纯的特质。高慧君正是欣赏游大庆这种天真烂漫的气质，以及他独具特色的嗓音，将他签入旗下，并为他提供专业的声乐训练。现在的游大庆已然成长为一名杰出的歌手和演员。他自信地表示，有一天他再次与高慧君合唱《你最珍贵》时，你会发现连
张学友也不如他俩的默契和搭配。（
央广网评）