《刺客学苑》讲述了一群心怀济世理想的少年人在刺客学苑中苦修武艺，纷纷盼望完成学苑试炼，离苑行侠仗义。其中排行第一的学霸少女韩小楚首个获得试炼机会，眼看就能出师，却被吊儿郎当的废柴同学龙辟邪干扰，于最终试炼中失利。再之后一系列惊悚事件接连发生，刺客学苑隐藏着无数秘密，韩小楚只能靠自己勘破一切，去求得生路的故事。
元茂大陆战乱已久，朝廷无力，人人自危，来去自如并且一人成军的刺客们成为了人们对抗外敌最后的希望。进入刺客学苑训练就是成为顶尖刺客的唯一途径，而一旦进入只有成为第一才能毕业。刺客学苑的韩小楚（
许清雅饰）力大无穷，也身轻如燕，体质麻木，寻常剂量下的毒药不起作用。除此之外，她还是旷世难寻的练武奇才，短短一年，在同届弟子中已经无敌。自打入学以来，龙辟邪（常斌饰）几次三番借口向第一名学习，对韩小楚纠缠不清。每年学苑在选出第一名前，都会给预备人选一场出城任务，完成任务的人被认为能离开学苑。韩小楚却被龙辟邪干扰，在最终试炼中失利，被龙辟邪打晕。韩小楚醒来后，询问同伴龙辟邪的下落，却发现根本没有人认识龙辟邪。之后韩小楚经过证实龙辟邪确实是真实存在的，但大家都不记得他。追师傅猜测韩小楚对以前的事情还有记忆，为了试探韩小楚，追师傅和苑长姜原把龙辟邪带到了刺客学苑，让他以新学员的身份加入刺客学苑。看到龙辟邪的刹那韩小楚心中震惊不已。夜里，韩小楚来到龙辟邪的房间，想要试探龙辟邪是否拥有回忆，不料却被其下毒。就在龙辟邪准备把韩小楚绑起来时，追师傅突然出现在龙辟邪的房间外。韩小楚急忙将龙辟邪之前写好的欠条拿给龙辟邪，龙辟邪认得自己写的字，便相信了韩小楚，和她演了一出戏骗过了追师傅。 韩小楚和龙辟邪经过分析将所有矛头指向追师傅。龙辟邪和韩小楚开始拉拢姹紫飞嫣和苏绍让他们帮忙。
泊香离开学苑前，把自己的簪子送给韩小楚，叮嘱她牢记变形的方法。韩小楚和龙辟邪跟在追师傅身后，来到了一处暗室，不料被追师傅发现。眼看着追师傅追过来，一个被关起来的老妇人抢下了韩小楚头上戴的泊香送的
发簪，救下了他们。追师傅来找老妇人，逼迫她说出那把剑的打开方式，但是老妇人死活不说。通过追师傅和老妇人的对话，韩小楚得知那位被关起来的老妇人竟是泊香师姐，心中震惊不已。之后泊香在和追师傅打斗的过程中被追师傅杀死，韩小楚心中崩溃，发誓一定要让追师傅和姜原付出代价。韩小楚想要报仇却被姜原轻松打倒在地。之后龙辟邪找到韩小楚，提议去找姹紫飞嫣询问离开学苑的路，却意外得知出口在宗主的房间，便带着姹紫飞嫣一起来到宗主房间外。韩小楚一行人来到出口处找寻机关，不料在姜原的书房发现了一堆泥人，里边有刚刚遇害的泊香，还有韩小楚。 姹紫飞嫣发现书房的
书架有蹊跷，带着韩小楚和龙辟邪一起挪柜子。与此同时，有人来到书房，他们只好躲了起来。追师傅发现了穿着黑衣服的韩小楚一行人，急忙拉响了入侵警报。姹紫飞嫣谎称自己在洗澡，打消了大家的怀疑。追师傅将矛头指向姗姗来迟的韩小楚，质问她的鞋子为什么那么干净，被韩小楚伶牙俐齿的逃脱。 姜原猜到有人冲着学苑的地图来的，决定将计就计，把地图给他们。
龙辟邪告诉姹紫飞嫣，她的记忆全都是假的，因为里边没有细节。
催眠的意义在于让她认同郡王的身份，让所有人都去争第一名。追师傅惩罚姹紫飞嫣去扫院子，姹紫飞嫣把姜原故意放出来的地图画在了自己的衣服上。夜里，姹紫飞嫣将地图拿给韩小楚和龙辟邪，一起讨论出口的解法。 韩小楚离开房间把姹紫飞嫣画的地图塞到了被子里，不料被南婉看到，但是南婉只当韩小楚想要去厨房偷食物才藏地图。姜原将韩小楚的画像拿给幕后的女人，幕后
黑衣人同意让她当此次考试的第一名。韩小楚将自己梦到通缉犯父亲的事情告诉龙辟邪，龙辟邪安慰她说来路怎么样无所谓，重要的是，她要找到自己的道。龙辟邪猜到姹紫飞嫣画的那张地图是姜原的一个圈套，目的是引蛇出洞。听着龙辟邪的一番分析，韩小楚警铃大作，决定奋起反抗。 韩小楚回到房间后看到自己被子旁的地图，猜到南婉按照地图上的线索去厨房了，急忙赶过去阻止，但为时已晚。南婉已经因为触动姜原布置好的机关而遇害。姜原不甘心自己的计划就这么被韩小楚打乱，决定要把终极计划提上日程。夜里龙辟邪拿着好酒来找韩小楚，陪她一起祭祀南婉。韩小楚发誓道，自己一定会守到自己的道，为南婉报仇。测验提前了，打了韩小楚和龙辟邪一个措手不及。龙辟邪在最后关头拦下了韩小楚，巧妙错过了第一名。
测验的第二环节开始后，韩小楚阴差阳错竟然获胜了。赢得第一轮测验的苏绍和赢得第二轮测验的韩小楚双双晋级第三轮，争夺第一名。如果韩小楚输掉了比赛，苏绍就会死；如果韩小楚赢了比赛，就会搭上自己的性命。为了不伤及无辜，韩小楚决定赢下这场比赛。第三轮比试韩小楚夺得了魁首。七天之后韩小楚就会被送走。 夜里，龙辟邪带着韩小楚和姹紫飞嫣来到厨房找出口，果然在米缸旁发现了出口，但碍于韩小楚的伤势，只能过些日子再逃走。韩小楚一行人离开厨房时，追师傅突然拦住了他们，苏绍及时出现，谎称他们在帮自己找金疮药，躲过一劫。得知苏绍之前就在暗地里帮自己，而且早就知道刺客学苑的真实情况，韩小楚一行人心中惊讶不已。苏绍和他们说了很多自己的新发现，想要联合他们一起对付姜原，但韩小楚内心没有完全相信他。因韩小楚伤势没有大碍，追师傅将毕业典礼提前。毕业典礼前夜，韩小楚一行人顺着厨房的米缸进了密道，准备离开，不料遇到了传说中的天残地缺和断腿千里。 龙辟邪在和天残地缺、断腿千里打斗间，想起了很多以前的事情，以及韩小楚死在自己怀里的场景，心痛的表示自己一定不会让韩小楚死掉的。龙辟邪杀掉断腿千里和天残地缺之后，追师傅带人赶了过来，将韩小楚一行人拦了下来。得知芒城也是刺客学苑的一部分，韩小楚内心很是崩溃。苏绍和追师傅联手将韩小楚迷晕，绑了起来。他们让韩小楚忘记之前已经想起来的事情。龙辟邪和苏绍把韩小楚引到了偏僻的地方，将他们合谋对付追师傅的事情告诉她。原来，完全恢复记忆的龙辟邪早就意识到芒城也是刺客学苑的一部分，为了不让计划失败，他事先让苏绍去找追师傅告状，假意叛变，赢得追师傅的信任。龙辟邪和苏绍来找姹紫飞嫣和韩小楚，将姜原背后还有一个幕后黑手的女人的事情告诉他们。韩小楚和姹紫飞嫣聊天时，追师傅来找韩小楚，意外发现姹紫飞嫣恢复记忆。追师傅警告韩小楚不要想着逃出去，外面的世界更危险。他以其他人的生命安全为条件，逼迫韩小楚牺牲自己。喝醉的韩小楚跑去找龙辟邪，借着酒劲强吻了他。看着心事重重的韩小楚，龙辟邪很是心疼。 为了保护韩小楚，姹紫飞嫣决定刺杀姜原。
芒城是座美好的世外桃源，直到有一群什人闯进来。什佧人头脑聪明，但天生体弱多病；芒城人体质强健，却单纯善良。什佧人入侵后，四处抓捕芒城人为苦力。姹紫飞嫣在逃亡中染病，她的父亲
姜嫄，为了救她想尽了办法。不料救治中途出现差错，姹紫和飞嫣共用一个灵魂。什佧人建立芒城学苑，为什佧贵族培养换命容器。姜原瞒着姹紫，利用这座学苑寻找着能够治愈她的特殊体质之人。姹紫飞嫣无意间发现了姜原的秘密，被其抹掉了记忆。龙辟邪将刺客学苑的同伴们召集到一起，想要带他们一起逃出学苑，不料被其中一人迷晕。好在韩小楚一行人及时出现，戳穿了刺客学苑的勾当，说服大家跟着他们一起离开。追师傅已经帮姜原找到了那个具有特殊体质的人，姜原很是欣慰。他承诺到时候会帮每一个人换一副健康的身体，不受毒药控制，也不用再为毒妇卖命。 得知韩小楚一行人带走了学苑里的所有弟子，姜原和追师傅急忙赶了过去，把姹紫飞嫣抓走了。为了给韩小楚拖延时间，让她逃出刺客学苑，龙辟邪和姜原决战到最后一秒。
龙辟邪为了救韩小楚被姜原认出了真实身份，后被姜原关了起来。自由的韩小楚哭着拿出了之前龙辟邪交给她的一封信，龙辟邪让韩小楚去苏山，特意叮嘱她一定要避开穿红靴子的人。原来，拥有特殊体质的人是毒妇龙兴的儿子龙辟邪。 姜原想要用龙辟邪的生命救姹紫飞嫣，使劲折磨他。关键时刻，韩小楚闯了进来，将姜原打倒在地，救走了龙辟邪。他们离开后，姹紫飞嫣拖着虚弱的身子杀死了
姜嫄。飞嫣
昏迷时梦到了姹紫离开。飞嫣醒来后，哭着告诉韩小楚一行人，姹紫离开的事情，但大家谁也不知道姹紫为什么会消失。离开之前，韩小楚带着苏绍和龙辟邪去给追师傅
扫墓，飞嫣则跑去姹紫的墓前和姹紫道别。夜里，韩小楚和龙辟邪一起喝酒聊天，向他表达了自己的心意，询问他是否愿意陪自己找回记忆，找到真相。龙辟邪主动亲吻了韩小楚，承诺办完事后立马回来找她。殊不知，龙辟邪的生命已经到了尽头。 为了不让韩小楚难过，龙辟邪连夜离开了。龙辟邪的母亲派人将龙辟邪抓了回去关了起来。之后，
龙兴带人赶去苏山围堵韩小楚。（全剧完）
2021年10月19日，
短剧《刺客学苑》发布宣传视频。次日，短剧《刺客学苑》发布剧情预告。同月22日，短剧《刺客学苑》发布宣传海报和追剧日历。同月26日，短剧《刺客学苑》发布幕后花絮。