恩斯特·海因里希·菲利普·奥古斯特·海克尔（Ernst Heinrich Philipp August Haeckel，1834年2月16日－1919年8月9日），生于波茨坦，卒于耶拿，是一位多面的德国学者，涉猎领域包括动物界、博物学、优生学、哲学、医学、教育以及艺术。他不仅将查尔斯·达尔文的进化论引入德国并加以发展，还是生态学等多个生物学术语的创造者。海克尔的工作对进化论的普及和发展产生了深远影响。

海克尔在默尔茨堡的大教堂高中完成学业后，于1852年在柏林和符兹堡学习医学，并在阿尔伯特·冯·科利克、弗朗茨·莱迪格、鲁道夫·弗尔歇和约翰内斯·缪勒等人的指导下深造。他还参加了赫尔曼·斯特德纳的植物学讲座。1857年获得医学博士学位后，他获得了行医执照，但接触患者后，他发现自己对医生职业的兴趣不大。随后，他在耶拿大学师从卡尔·盖根鲍尔学习了三年，并在1861年获得了比较解剖学的博士资格。他在耶拿大学的任职期间，研究了放射虫、多孔动物和环节动物门等多个门类。

1862年，海克尔因为对放射虫的出色研究，升为德国耶拿大学的教授，并在这个职位上呆了足足四十二年。他是一位很有激情的演讲者和作者，致力于推广普及形态学研究和进化论（查尔斯·达尔文的《物种起源》在1859年才发表，进化论在当时的德国基本上还是全新的）。

19世纪50年代，是插图大量进入各学科教室的时期，而胚胎学无疑又是最依赖图像教学的学科，因为它所关注的细节往往极其微小而陌生，因此模式图——教会学生如何去看、要寻找哪些特征——成为至关重要的手段。反过来，图像作为科研的工具和证据还没有那么普遍。海克尔正是在这里模糊了科普和科研的界限。在他看来，科研著作的插图，正如在教学中一样，不是证据，只是换一种方式来展现他由其他途径得到的结论而已，因此为了追求展现模式，他牺牲了对具体标本的忠实性；另外，插图的其它一些细节（比如标本学名、来源、胚胎具体大小和阶段）也没有被他重视。

可是，由于研究条件所限，海克尔手中的研究材料并不很多，由此得出的不少结论也颇有偏差，所谓的“模形图”并没能如他希望的那样表达出真实的情形。因此，当同行逐渐意识到这些图和他们自己观察到的现象有所差异时，他们并没有指责海克尔的理论有误，而是指责他造假。

海克尔在地中海之行期间命名了近150种新的放射虫，并在1864年失去了第一任妻子安娜·塞特。他将一些新发现的美丽水母种类以她的名字命名。他与赫尔曼·福尔一起对加那利群岛进行了长途旅行，并在1866年访问了英国，会见了查尔斯·莱尔、托马斯·赫胥黎和查尔斯·达尔文。1867年，他与阿格尼丝·胡施克结婚，育有三名子女。此后，他还前往挪威、克罗地亚、埃及、土耳其和希腊进行研究。

1907年，海克尔在耶拿建造了一座博物馆，向公众传授进化知识。他于1909年从教学工作中退休，并于1910年退出了普鲁士王国福音教会。在他80岁生日时，德国单一主义者协会的海因里希·施密特编辑了一部名为《我们欠恩斯特·海克尔什么》的纪念作品。

海克尔的职业生涯始于医学领域，但他的兴趣最终转向了比较解剖学，并在耶拿大学担任教授长达47年（1862年至1909年）。他是心理学作为生理学分支的早期倡导者，并在生物学中引入了众多术语，如生态学、门、系统发生和原生生物。海克尔的学术贡献包括发现、描述和命名了成千上万种新物种，并绘制了一颗关联所有生命形式的谱系树。他的一些理论和主张被纳粹理论家利用，成为种族主义和社会达尔文主义的理由。海克尔也是优生学的先驱，并在科学种族主义中扮演了倡导者的角色。

1918年，他将位于耶拿的“美杜莎别墅”卖给了卡尔·蔡斯基金会，并保留了他的图书馆。海克尔是德国的单一主义者。

1915年，他的妻子阿格尼丝去世，他本人也遭遇了健康问题。

海克尔比较知名的文章主要是他的科普、嘲讽文章或者他的游记，但他的学术文章今天依然可以提供新的启发。比如他1866年的《形态学大纲》是世界上第一部查尔斯·达尔文的进化论的教科书，在他的1874年的《人类学》中他使用比较解剖学的方法来探讨人从动物世界的进化和人的来源。他的三卷长的《系统发生学》至今很少有人读，这是一部从1894年到1896年发表的巨著，其中海克尔描述了他对整个动物世界的进化和亲属关系的认识。

海克尔认为生物学与艺术有许多相似之处，他的艺术天赋受到自然界对称美的启发，尤其是单细胞生物中的放射虫。他的《自然的艺术形式》一书收录了100多幅动物和海洋生物的详细多彩插图，对新艺术运动产生了影响。海克尔在耶拿的住宅和他资助的博物馆建筑也体现了他的艺术才华。他使用“挑战号”数据描述了3500多个放射虫种，并绘制了140幅精美的放射虫图像。

《宇宙之谜》是恩斯特·海克尔著哲学著作，首次出版于1899年。《宇宙之谜》对19世纪自然科学的成就，特别是生物进化论做了清晰的叙述，而且依据当时科学的最高成就，对宇宙、地球、生命、物种、人类的起源和发展，进行了认真的探索。

海克尔认为生物学在许多方面与艺术类似。自然界中的对称，比如单细胞生物中的放射虫对他的艺术天赋有很大的启发。尤其是他画的浮游生物和海母的画，这些图画生动地体现了生物世界的美。不论是在他的学术著作还是在他的科普著作中他都画有优美的插图。他的图画对20世纪初的艺术也有影响。新艺术运动就是从他的一些插图中获得启发形成的。

海克尔在耶拿的住宅和那里的一个他资助的博物馆的建筑也体现出了他的艺术天才。

海克尔仅使用英国的“挑战号”的数据他描写了3500多个放射虫的种。他的这份报告共三卷，2750页，包括140个非常细腻的放射虫的图像。尤其是他的第一位夫人逝世后他往往每天工作18小时。

海克尔对于个体发育和种系遗传学的平行观察促使他提出了个体发育与进化过程中的因果关系的理论。这就是所谓的复演说。今天这个理论已被推翻。

从现代的生物学来看，海克尔1866年推出的复演说是错误的，这个理论并非自然规律。虽然如此这个观察依然有一定的意义。它虽然不是一个自然规律，但是一个经常发生的现象。由于海克尔让他的哲学观点影响他的学术观点，因此他的一些生物的图画部分故意画错。从哲学上来说，他更加偏向拉马克的用进废退的理论。他有时故意错误地描写自然现象或者至少不精确严格地从各个方面来观察这些现象来使得他的描写更加符合他的一元论的哲学理论。

由于海克尔对进化论的证明不精确，而且他本人将自然科学的认识与宗教对立起来，因此他的理论成为试图驳倒进化论的创造论者的攻击对象。他也受到后来的生物学家如斯蒂芬·古尔德的批评。在哲学上他持一元论，认为“世界与上帝是同一的”。在他的《世界疑问》中他写道：

随着每年我们对自然的认识的发展过去的对立不断缩小，因此最基本的世界观问题的解决也越来越近了。我们可以希望在将来的20世纪越来越多这些对立统一起来，越来越多的人接受这个希求的世界观的统一的一元论。

海克尔并非严格的无神论者。他虽然反对创世论，但他出生于一个基督教家庭，他认为世界万物（包括无机化合物的矿物）是有灵魂的。他的唯物主义是一个有灵魂的物质的物质主义。他认为上帝与万能的自然规律是同一的。他使用“细胞记忆”和“晶体灵魂”之类的词语。

海克尔无疑是德国优生论的启发人。在他的《生命奇迹》中他写道：“我们的文明国家人为地养育着成千上万得了不治之症的人，比如神经病者、麻风病病人、癌症病人等等，这对这些人本身和对整个社会没有任何好处。”从1905年起海克尔是“优生论社团”的成员。

在海克尔的文章中常常体现出他的德国民族沙文主义。比如在他的《永久》中他写道：“每个教育良好的德国战士……在智慧和道德价值上要比上百个英国、法国、俄罗斯和意大利所能提供的原始的自然人要高。”在《形态学大纲》中他说：“高等人与低等人之间的差别比低等人与高级动物之间的差别要大。”

这些和其它许多海克尔的言论使他在德国思想史上起了一个非常不光彩的作用：他是纳粹主义的铺路人。尤其是海克尔利用他在学术界的地位来普及他的政治观点。

海克尔的理论对进化论的历史非常重要。海克尔也是提出生态学这个概念的人。尤其他在解剖学上的知识给进化论提供了很多新的观点。他还描述了上百新的物种。此外他引入了使用家谱图来描写生物学中的进化关系的表示方式。不过今天这样的家谱图已经被认为是过时和不准确的。他提出了所有生物是从共同的祖先发展出来的设想。他推测这些祖先可能分三个组。大多数他的理论今天已经过时了。

在动物界方面，海克尔主要研究放射虫、海绵体等低等海洋动物的系统分类，描述了近4000个新种。1862年出版的《放射虫目》专著，按照亲缘关系，建立自然分类系统，并努力寻找原始型。

传播查尔斯·达尔文的进化论是他一生学术活动中的重要内容。坚信进化学说并把进化论作为反对当时社会上和宗教方面保守主义思想的主要武器，先后出版了《创造的历史》《人类的进化》等著作，通俗地介绍了达尔文的进化论。并根据形态学、胚胎学和古生物学的证据，提出了人类起源于动物的看法。主要著作《生物体普通形态学》呈现了达尔文进化论的有力证据。该书提出了反映动、植物演化关系的系统树，以及生态学、生物地理学等名词及定义；同时还强调：“个体发育是系统发育的简短而迅速的重演”，而且是由“遗传（繁殖）和适应（营养）的生理功能所决定的”。1872年，他把这种曾由德国解剖学家J.F.梅克尔提出过的关系，称为生物发生律，亦即重演律。此后，他又进一步提出海绵体早期胚胎所经历的内陷过程——原肠形成，也发生在多细胞动物中，认为所有多细胞动物都是从一个共同的原始型——原肠祖演化来的，这就是科学史上有名的“原肠祖说”。他的这些观点虽然在历史上对进化论的宣传和普及起过积极作用，但它本质上是机械的，不尽符合实际，比如生物的个体发育，大体上类似于系统发育，但决不是系统发育的重演。年老后，由对科学事实的探讨转至哲学。认为正确的研究方法是“哲学上的经验论”、归纳与演绎的相互作用。用机械的因果关系取代“教条的”或“生机论与目的论”的自然观，支持“一元论”的观点，认为精神与物质是统一的。

海克尔的理论对进化论的历史至关重要，他在解剖学上的知识为进化论提供了新的视角，并引入了使用家谱图来描述生物学中的进化关系。他提出了所有生物从共同祖先发展出来的设想，尽管他的许多理论现在已过时。