有一年，
潮汕地区的天花、麻疹、痘疹病魔肆虐，夺去不少少儿生命。青篮乡小孩儿扎堆出痘，多方延医均无疗效，人们束手无策，哀声四起。这天，乡里来了个青衣少女，她提着装满草药的篮子，挨家挨户施医赠药，药到病除。不仅如此，她还向乡民传授医术方剂，人们感激不已。当人们要打听她的姓名时，她忽然失踪不见。民众遍寻不遇，好在她的医术方剂已流传下来。人们为了纪念她便称她为“珍珠姑娘”，还在乡里修庙纪念她。
就在庙落成的当晚，乡里族老做了一个梦。青衣女子告诉他，她原是天上
玉皇大帝的二女儿。有一次偷偷下凡观赏人间风景，察看民情，发现疫情后，甚为怜悯。她回到天庭找到
金德太白星君李老君，祈求其传授妙法，造福人间。
二仙女妙法学成之后，经玉帝恩准，便以民间游医的身份下凡到
潮汕地区，专治小儿的
麻疹、痘疹及天花。族老醒来，告知村民，便改称“珍珠姑娘”为“珍珠娘娘”，并将竣工的庙称为“珍珠娘娘庙”。从此之后，珍珠娘娘成为少儿的保护神，乡里小孩在珍珠娘娘护佑下健康成长。珍珠娘娘的故事在潮汕大地传扬开来。
每隔3-5年，珠珍古庙于
春节至
元宵节期间，举行珠珍娘娘莲驾巡游庆典。巡游队伍规模宏大，有引路牌、泼花水、鸣锣开道、灯笼彩旗队、
仪仗队、英歌队、男女标旗、虎狮队、腰鼓队、男女小孩献花队、刀斗、钉轿、娘娘金身、大锣鼓队和各社头乡老等数十支队伍，人数上千人。此外，还有坐钉轿、睡钉床、站刀斗、滚钉球、咬犁头、咬称槌和上刀梯等独特的习俗。珠珍娘娘如此巡游三天，每天巡游三个村落。周边毗邻的镇村也多邀请珠珍娘娘莲驾出游，则须由当地乡老到古庙理事会协商，并在珠珍娘娘神案前安放请帖、金花等，并由乩童及乡老求杯择日；确定出巡日期后，则要提前3-12天恭请珠珍娘娘金身等到该镇村安放祭拜。