《北京医科大学学报》是以提高为主的综合性学术理论刊物，并具一定特色，版面利用充分，编排紧凑合理，栏目丰富活跃。栏目设置有：论著、学术论坛、新课题初报、综述、讲座、技术方法、临床病理讨论、病例报告、论著摘要、研究简报、医学科学家等10多种栏目。为充实版面，吸引更多的优秀文稿，近两年来，又增设了专论、博士后论文及获奖工作等栏目。其中“医学科学家传记”栏目是根据卫生部有关领导的建议和各届主编的创意，在
改革开放后设立的，使学报不仅传播物质文明，在精神文明建设上也起到应有的作用。学报对这些老一辈医学家的介绍，不仅在于他们的艰苦创业精神和卓越的贡献，同时还介绍他们的无私奉献精神，是后来人学习的榜样，此栏目的设立，在德育方面有其深远意义。
北京大学医学部创建于1912年，初创时名称为“国立北京医学专门学校”，1923年改称“国立北京医科大学校”，1927年，与北京大学等八校合并为“京师大学校”，此后校名几经更迭。自30年代初期开始，在各个不同时期学校陆续创办了各种医学刊物，以报道和反映师生们在学术上的成就，先后创办有《北京大学医学院半月刊》、《唯生医学》、《医学年刊》、《国立北京大学医学杂志》和《医光》等，但持续时间均不长。中华人民共和国成立后，1952年，全国进行院系调整，
北京大学医学部脱离北京大学独立建院，改称“北京医学院”。
自1955年后，学校开始招收培养研究生，此后科研成果日益增多，遂于1959年初创办了《北京医学院学报》，为季刊。后因文革开始，于1966年第2期起停刊。此期间，为使我校科研成果得以及时报道，70年代初期，学校曾出版了不定期综合性刊物《北医通讯》，进行内部交流，先后陆续报道了一些创新研究，如“针刺镇痛原理研究”、“抗生素临床
药理学研究”、“成功抢救重度烧伤工人
王世芬”及“干板照相诊断
乳腺癌”等科研工作予以系列报道。
1973年底，当时的国务院科教组(现教育部)决定9所重点高校(北大、清华、
复旦大学、
北京师范大学、北医等)首先复刊学报，我校学报经原学报编辑人员的积极筹办，于1974年第一季度率先复刊，仍为季刊。复刊后的最初数年中，由于受极左思潮的束缚和禁，学报办刊方向也要求提高与普及兼顾，使学报的学术质量曾受到一定影响，直至国家实施了改革开放政策后，才给学报带来了蓬勃生机。
1979年始，学报在副校长
冯传汉主编的主持下，坚持了以提高为主的办刊宗旨，强调内容的学术性，将创造性和严格严谨的学风融于办刊过程中，为保证学报质量对一些重点文章，他均亲自进行审改。不断丰富充实栏目类别，为增强时效性，增设了一些信息类栏目，如研究简报、新课题初报等。规范编排格式并与国际接轨，使学报逐步体现出它应有的办刊方针和宗旨。此阶段是学报的重要转折时期，也是高校学报的大发展时期，其对学报的改革思路和措施，为学报工作此后的正确发展奠定了基础，学报发行量曾达万余册。
1980年开始经
中国国际图书贸易集团有限公司向国外发行，自1981年起增设了英文摘要。此后，为便于对外交流，并为出版“英文版”积累经验做准备，对有创新意义的论文直接以英文稿的形式刊载，另附中文摘要，每期编排1～2篇。
1985年9月，学报随学校更名，改称《北京医科大学学报》，为使大量的医教研成果得以及时报道，1987年9月，学报改为双月刊，并每年出版1～2期综合性或专题性“增刊”，已出版有放射医学、心肺内分泌、大黄研究等增刊。
学报创刊后，科研处处长何美一教授兼任第一任学报编辑部主任，她很重视学报的地位和作用，办刊伊始，她的严谨、认真、一丝不苟的工作作风就贯穿在编辑出版工作的各个环节，她事必躬亲，对文稿全面审查，严格把关，以保证学报的学术水平。为充分利用版面，加大信息量，她主张将我校医教研人员在校外权威期刊上发表的有创新内容的论文，再以摘要的形式在学报上予以刊载，以使学报能全面反映我校的科研成果。学报在她的主持下，很快步入正规期刊的行列，在医学高校中首先被主管部门批准向全国公开发行。
由于学校对人文社会科学的重视，1987年，在医学院校中率先创办了“社科版学报”，由我校社文部负责编辑出版，主编为党委书记
彭瑞骢教授。至2000年，与北京大学合并后停止出版。