1978年2月，考入北京大学地球物理系空间物理专业，获
学士。
1999年12月，执教
中国科学院大学，2000年12月晋升教授，先后主讲《地球流体力学》、《地球科学反演理论与实践》、《应用偏微分方程与科学计算》和《环境流体力学》等学科基础课程；
2001年8月起，历任中国科学院研究生院
地球科学教学部副主任、地球科学学院常务副院长、教务处处长等职；
2003年9月起，任中国科学院研究生院副院长，先后兼任教务处处长、
中关村园区管理部主任，本部教育办公室主任，培养办公室主任，基建处处长等职。
2012年7月，
中国科学院大学更名为中国科学院大学（简称“国科大”），马石庄任国科大副校长兼纪委书记。
近年来，马石庄教授以
地球磁场的起源理论及相关的地球
流体力学、反演理论和网络环境并行科学计算问题为研究方向，先后主持中国国家自然科学基金三项和
中国科学院院长基金特别资助项目一项，参加国家自然科学基金项目五项；在中外核心期刊上发表论文余篇。
曾学术访问俄国科学院国际数学地球物理研究所，英国
埃克塞特大学数学系和
马里兰大学地球系统研究中心；是中国地球物理学会会员，《
地球物理学进展》、《中国地球物理学会年刊》和《中国科学院研究生院学报》编委。