2014年11月，该刊成为原国家新闻出版广电总局第一批认定
学术期刊。
《云南中医学院学报》主要反映中医药科研、医疗、教学等方面的新成果、新信息。设有中医基础理论、实验研究、方药研究、临床研究、针灸推拿、民族医药、药用植物资源等20余个栏目。
2016年12月8日，
云南中医药大学党委书记
王翠岗到学报编辑部就迎接学校第三次党代会准备情况进行走访、调研，并与学报编辑部出席党代会的党代表进行座谈。
据2018年6月23日中国知网显示，《云南中医学院学报》总被下载487381次、总被引18222次；（2017版）复合影响因子为0.833、（2017版）综合影响因子为0.465。
据2018年6月23日万方数据知识服务平台显示，《云南中医学院学报》被引量为8887次、下载量为77144次；2015年影据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《云南中医学院学报》影响因子为0.93，在全部统计源期刊（6735种）中排第1184名，在大学学报（医药卫生）、中国医学（205种）中排第69名。
《云南中医学院学报》2017年
中国知网复合影响因子为0.833，在全国24所中医院校学报中排名第10；2017年万方影响因子为0.845，在
云南省高校自然科学类学报中排名第3。
《云南中医学院学报》被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国期刊网》、《CNKI中国期刊全文数据库（CJFD）》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国学术期刊综合评价数据库》等
检索系统和数据库收录。
据2018年6月23日万方数据知识服务平台显示，《云南中医学院学报》获首届全国中医药优秀期刊评比
二等奖，是中国高等医药学院校优秀学报和全国高校自然科学优秀学报。
反映
云南中医药大学及全国中医药科研、医疗、教学等方面的新成果、新信息，并突出中医药学术特色。