川军入藏指的是清朝末年，英帝国主义者对西藏自治区发动了两次侵略战争，并先后签订了一系列不平等条约，使中原地区在西藏的主权受到了严重的挑战和损害。为维护国家主权、领土完整，四川总督丁宝桢观察时局，筹划保川固藏，驻藏大臣文硕首倡在藏练兵自卫，保全藏土。之后的张荫棠、联豫等都曾力言编练新建陆军、派川军入藏，以巩固边防。他们的军事思想一脉相承。

1909年，清政府由四川省调遣新练陆军一协进藏。至1912年底，入藏川军在清王朝覆灭的动乱中被迫全部撤出西藏。清末川军入藏有诸多背景，既有清中央加强在藏地位、遏止英帝国主义侵略的主观原因，也有全国范围内以新军替代绿营，尽快使在藏英军撤出的客观需要。川军进藏后对巩固国防有一定积极作用。但在辛亥民元之际，川军在袍哥控制下出现了严重失误，犯下了一定的罪行，对当时西藏自治区局势的动荡负有责任。

1904年，英国侵入拉萨，胁迫西藏当局直接与英国签订非法的《拉萨条约》。朝野震惊于西方对西藏的蚕食和渗透，痛感西藏之事，于内地川、滇、青海省实为唇亡齿寒的关系。1906年4月，清廷派张荫棠“领副都统”头衔，以驻藏帮办大臣的身份，进藏“查办藏事”，实施新政，以挽救西藏危局。

张荫棠于1907年初，向外务部提出了革新藏政大纲，即《西藏地方善后问题二十四款》，得到中央批准。张的新政内容甚多，政治、军事、经济、文教卫生面面俱到。但其核心，则是直接冲击西藏自治区政教合一制度，在西藏实施“政教分离”政策：使达赖、班禅只理教务，夺其手中政权，归于清廷大员。

1907年5月，张荫棠被排挤出藏后，新政仍在继续。尤其是以收回政权为目的的政教分离工作，继续得到了清代中央政府的鼎力支持。

1909年，清政府甚至毅然派遣了2000名精锐川军入藏，以资震慑，作为展开新政的后盾。

清朝末年这场西藏“政教分离”未能获得成功，有策略上的原因——不是剥夺达赖喇嘛手中的政治权力归西藏噶厦政府的俗官，而是归中央驻藏官员，直接触犯了以达赖喇嘛为首的西藏僧俗上层的利益，导致了他们的一致反对，因而缺乏社会基础；也有时局上的原因——随着辛亥革命的到来，清廷轰然倒塌，包括“政教分离”在内的诸新政措施也烟消云散。

1907年张荫棠调离西藏自治区后，驻藏大臣联豫继续筹办“新政”。因联豫的改革措施严重脱离西藏地方的社会特点，加剧和扩大了清廷与西藏地方之间矛盾。清宣统元年（1909年）6月清政府派遣四川省知府钟颖率领川军三营2 000人赴藏，遭到西藏方面强烈反对。川军抵达昌都西南的恩达时，遭到藏军的阻止和抵制，被川军击溃。

宣统三年（1911）辛亥革命后，驻藏川军撤离西藏。1910年2月，钟颖统帅二千余名川军抵藏。已回到拉萨的达赖喇嘛约见帮办大臣温宗尧，希望其令川军停止越轨行为。温宗尧同意约束川军不再骚扰百姓，不侵害达赖喇嘛固有地位。达赖喇嘛遂将在各地阻击川军的藏军调回拉萨市，并奏谢朝廷封赏，恢复对驻藏大臣的一切供应。但驻藏大臣联豫对达成的意见多加指责，并拒绝在给达赖喇嘛的复信上签字盖章。是时，拉萨盛传联豫的卫队向群众开枪，达赖喇嘛感到形势严峻，于2月12日夜在布达拉宫召开紧急会议，午夜后再次出走。

2月21日，达赖喇嘛由亚东英商务处代理拉姆齐·麦克唐纳引至印度。联豫反而奏报朝廷，再次夺了达赖喇嘛的名号和部分官员的官阶品第。

西藏自治区局势的动乱和土登嘉措名号被革除，加剧了西藏地方与清廷之间矛盾。鉴于西藏形势严重，清廷将赵尔丰调为四川总督，停止川军进藏。