1995年，
怀远县拨款修复三圣寺，恢复了其原有的风貌。2001年春，南京栖霞寺的僧人正谛接管了三皇庙，并将其更名为“三圣寺”。寺内建有三圣殿、
观音殿、地藏殿、弥勒殿等多个殿堂。其中，主殿三圣殿供奉着观音、阿弥陀佛、
大势至菩萨的金身
塑像。寺内还新建有钟鼓亭各一座，其中的佛鼓直径达到1.6米，而佛钟的重量约为3吨。随着这些新的景象的出现，“
小庙寻古”和“榴海闻钟”也成为了古城怀远的一道亮丽风景线。
怀远县地处淮海中游，始建于1291年。祭祀医神之所的“先医庙”，原名“三皇庙”就位于该县白乳泉北的黄泥岗顶。与
白乳泉、大圣寺鼎足而立！
庙内曾供奉太吴伏羲氏、
炎帝神农氏、
黄帝的泥塑彩像，故称“三皇庙”。还有历代名医
华佗、
扁鹊、
王叔和、
孙思邈等人造像。由于庙宇年久失修，加之庙中
塑像人为遭之破坏，二十世纪七十年代，“三皇庙”断瓦颓垣、
蒿草萋萋，名存实亡。1995年，地方政府拨出专款保护名胜，按原貌重建了砖木结构的山门、主殿和侧殿。再塑了“三皇”和 华佗等塑像，“三皇庙”曾一度兴旺。后又渐为冷落。
2000年，“三皇庙”改庙为庵。由尼师居住，敬奉
南海观世音菩萨。后尼师离去，成为空庙。2001年春，南京栖霞寺僧人正谛法师主持三皇庙，改称“三圣寺”。师父托钵募化，筹资二十余万元，开设“三圣殿”。“
观音殿”，“地藏殿”、，雕塑了“阿弥陀佛”、“观世音菩萨”、“
大势至菩萨”西方三圣“和“地藏菩萨”、“
弥勒菩萨”、“
韦驮菩萨”佛菩萨木像，并全部贴了金身。又千里迢迢从浙江佛器铸造厂，铸造了高1.8米，口径 1.35米、重1.8吨的红铜幽冥佛钟，和宝鼎香炉等佛器。于2002年秋举行了隆重的佛像开光庆典。
山不在高，有寺则名。正谛法师竭尽全力，恢复古庙佛事活动的义举感动了九十多岁高龄的
中国佛教协会副会长、镇江焦山定慧寺茗山方丈。茗山大师抱病挥毫，为三圣寺题写了“赴感随缘周法界，寻声救苦度群迷”的对联。