昆明市第三人民医院，成立于1954年1月，前身为“昆明市传染病医院”，后于1986年更名为昆明市第三人民医院。2003年，昆明市第三人民医院与昆明市结核病防治院合并，共同成为中华人民共和国西南地区规模最大的传染病专科医院。2016年3月，昆明市第三人民医院通过“三级甲等传染病专科医院”的评审，成为“云南省传染病临床医学中心”和“昆明市传染病医疗质量控制中心”。该医院是昆明市政府举办的综合性传染病专科医院，以传染性疾病诊治为重点，同时集医疗、教学、科研和社区卫生服务为一体。昆明市第三人民医院是大理大学第六附属医院和昆明医科大学临床教学医院。2020年12月14日，昆明市第三人民医院获得国家卫生健康委和全国老龄办授予的全国“敬老文明号”称号，成为云南省唯一的以传染性疾病诊治为重点的大型综合性医院，集医疗、保健、应急救治、科研教学和社区卫生服务为一体。2022年8月，昆明市第三人民医院与上海联影醫療签订战略合作框架协议，并举行“臨床應用示范与培训中心”授牌仪式。2023年2月6日，昆明市第三人民医院成立新冠病毒科。

昆明市第三人民医院建于1954年1月，是云南省唯一的以传染性疾病诊治为重点，集医疗保健、应急救治、科研教学、社区卫生服务为一体的大型综合性医院。前身为“昆明市传染病医院”，

1986年，更名为昆明市第三人民医院，在现址（吴井路319号）扩建综合科，分设传染科、综合科门诊及住院病区。

2021年10月，昆明市第三人民医院与迈瑞医疗正式签署全面合作框架协议，致力于共同支持推进由市三院负责的云南省传染病临床医学中心的建设和发展。

2022年8月消息，昆明市第三人民医院与联影医疗签订战略合作框架协议，并举行了“临床应用示范与培训中心”授牌仪式。

2020年12月23日，获得“云南省抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。

2020年12月14日，获得国家卫生健康委、全国老龄办授予的2020年全国“敬老文明号”称号。

2021年6月，中共昆明市第三人民医院传染支部委员会被评为云南省先进基层党组织。