西南交通大学药学院和西南交通大学中药研究所是学校为适应国家经济发展和西部大开发战略的需要，结合学校现有教育教学资源与西部地区的自然资源优势，于2001年筹建的药学类人才培养和科研基地。

2002年经教育部批准，首批制药工程（中药制药）新生入学；2003年又招收了首批中药学专业新生。学院现设有制药工程、中药学两个重点本科专业，在校生近200名。学院机构健全，设置合理，管理规范，现设有制药工程教研室、化学工程教研室、实验中心、中药研究中心、中药标本室等专业机构。根据学院专业发展规划正在积极申报筹建药物制剂学、药学等二个新的重点本科专业。并将于2004年招收首批硕士研究生。学院培养掌握中药学、制药工程等专业基础理论和技术，熟悉现代科学技术与相关学科理论，能从事制药工程设计、中药品质质量控制、药物分析检测、资源开发与利用、药品贸易等领域的科学研究、应用技术研究、生产技术、经营管理等工作的高级专门人才和复合型高级技术人才。

药学院和中药研究所自创建以来，根据学校高起点、高规格的建院思想，在学校党政领导的关怀和支持下，着力加强师资队伍建设，积极引进学术、学科带头人和中青年骨干教师，已形成了一支实力较为雄厚的师资队伍，现有专职教师34人，其中教授、副教授11人，获得博士、硕士学位10余人，并聘请了清华大学、中国药科大学、成都中医药大学、四川中医药研究院等单位10余名全国著名药学专家为药学院兼职教授。按照学院师资队伍建设的总体规划，3—5年内将拥有教授、副教授25人，讲师14人，学院教师总数达50人，教师中具有硕士学位以上者达到70%以上。

院长：马超英，男，1958年7月出生，中共党员，教授，硕士研究生学历。曾任江西中医药大学中医系副主任、基础医学部副主任，西南交通大学药学院院长，兼任中华中医药学会感染病分会、中华中医药学会文献分会常委、江西省中青年学科带头人、江西中医学院学术委员会委员、西南交通大学学术委员会委员。

药学院在学校的大力支持下已建成无机化学、有机化学、物理化学、分析化学、精密仪器等实验室。2003年投资200万元建设生药资源实验室和医学基础实验室，2004—2005年，计划投资600余万元，分步实施建设药物化学、天然产物化学、药物分析、制药工程和研究生实验室，并将建设具有鲜明特色的中药标本室和药用植物标本园区、药物制剂中试基地和GAP实训基地等。同时，药学院已与四川省多个GMP达标的制药企业，GSP达标的销售公司达成协议，共同建设西南交通大学药学院学生实习基地和研发基地。

药学院、中药研究所创建以来，狠抓人才培养和科研工作，2003年本院教师主持和参与的主要项目有：主持国家自然科学基金项目二项（免疫鸡卵黄合牛珀至宝丹抗感染性休克的研究、泻热通逐水扶正法治疗ARDS的研究），主持丹参现代化（GAP）研究等四川省重点研究项目二项，参与茯苓培育的代材研究、太白参研究等省部级科研课题七项，主持地市级科研项目七项。学院教师曾分别获得国家科技进步一等奖一项（课题号：75-64-02-06），国家中医药局科技进步二项（课题号：85-92-01-01a、91-国中医药-3-20）、国家级教学成果奖二项、省级科技进步奖五项、地市级科学教育成果十余项，每年在各类学术刊物上发表教学、科研论文20余篇，为西南交通大学药学院和中药研究所的进一步发展奠定了坚实的基础。

西南交通大学药学院将充分利用学校的教育教学资源和峨眉校区的区域自然资源，在办好现有制药工程、中药学专业的基础上，3—5年内陆续开办药物制剂、药学二个重点本科专业，形成完整的具有自身特色的学科专业群。在二年内建立中药学硕士点，并将用5—8年的时间建成中药学博士点和其他相关学科硕士点，5年内重点本科招生人数达到在校生800-1000人、研究生80人以上，同时积极对外协作，将自己的科研成果推向社会，走向市场，形成产、学、研一体化的中药现代化的高级人才培养和研究基地，为西部大开发，为祖国的医药事业的发展做出应有的贡献。

2008年7月，学校根据学科优化与调整方案，将药学院由峨眉校区迁址成都犀浦校区，由原药学院和生物工程学院合并组建了学校二级教学、科研管理机构——西南交通大学生命科学与工程学院。药学院原有中药学和制药工程两个本科专业继续保留。

原院长马超英：现任西南交通大学生命科学与工程学院常务副院长、中药研究所所长、研究生导师，享受国务院特殊津贴专家，兼任全国高等中药教育研究会第一、二届理事会理事、四川省中医药学会委员、四川省中药材协会常务理事、乐山市政协委员。