元始天尊他的弟子很多，有名的弟子被并称“阐教十二金仙”。像佛教中的
文殊菩萨、普贤、
观世音三位菩萨，以及「过去七佛」中的
惧留孙都曾是
十二金仙中的人物。而
杨戬、
哪吒、
李靖等人都是他的徒孙。后来他成为三清教的主管——《西游记》中的玉清圣地先天教祖。
天地初开，盘古开天辟地后，其肉身化为十二祖巫，其神识“一气化三清”，化为太上老君，
元始天尊，
通天教主。皆被
鸿钧收为弟子，之后太上老君立人教成圣，元始天尊立阐教成圣，通天教主立截教成圣。之后立西方教的
接引道人，
准提道人成圣，造人的女娲娘娘成圣，天下再无人能成圣了。
洪荒之中，妖族管天，巫族管地，二族不合，常常厮杀大战，致使生灵涂炭。使二族气运耗尽，终至灭族。之后人类历经三皇五帝渐渐崛起，直到殷纣，
纣王贵为人皇，荒淫无道，亵渎人祖女娲娘娘，女娲娘娘震怒，派
九尾狐妲己祸乱纣王江山，截，阐二教争雄，西方教渔翁得利，实力大增，遂叛玄门正宗，自立佛门。