公元405年,刘裕起兵击败篡晋的楚帝
桓玄,
司马德宗司马德宗复位,任刘裕为侍中、
车骑将军等,刘裕控制了
东晋朝政。此后刘裕通过一系列的战争成为东晋势力庞大的军阀。公元420年(
元熙二年)正月,东晋宋王刘裕想用“禅让”的形式夺取东晋政权,于是召集宋王部下官员饮酒欢宴,表示自己想把爵位还给朝廷,回京师养老。
中书令傅亮明白刘裕的意思后,请求暂回京都建康,刘裕同意了。同年四月,东晋
宋恭帝司马德文下诏宋王
宋武帝入朝辅政。六月,刘裕到达
建康。在傅亮的推动下,晋恭帝将皇位“禅让”给刘裕。六月十一日,晋恭帝离开皇宫,
东晋灭亡。三天后,刘裕继皇帝位,国号大宋,改元永初,定都建康,此事件标志着南朝的开始。
402年
司马元显为了避免
桓玄乘乱偷袭,抢先西征,任
刘牢之为先锋,司马尚之为后部。桓玄也率军东下,最后大破
司马尚之。刘牢之认为司马元显无用,倒戈引桓军入
建康。桓玄控制朝廷,诛杀异己,先后杀司马元显与道子,并夺取刘牢之兵权,诛戮部分北府将领,提拔北府将领
宋武帝。他最初有意革新朝廷,但最后豪奢纵欲,政令无常,渐失人心。403年桓玄篡位称帝,建国
桓楚。隔年刘裕同北府旧将
何无忌、
刘毅举兵,收复建康,桓玄挟晋安帝西撤江陵。不久桓玄又率军东下,被
刘毅击败,在逃往蜀地途中被
冯迁所杀。而后
桓振、
桓谦又挟
司马德宗反抗,刘裕直到405年肃清桓氏势力,得以迎晋安帝复位,掌控了朝廷。
刘裕掌控朝廷后,荆州
刺史刘毅忌妒,意图举兵。412年刘裕抢先讨伐刘毅,刘毅兵败自杀。405年,
益州刺史
毛璩率军讨伐江陵桓振,蜀军不愿远征,推
谯纵为首叛晋,
谯蜀建立。蜀军随后攻陷
成都市,杀死毛,谯纵自号成都王。408年晋廷派
刘敬宣率军讨伐但失败。413年刘裕派
清西陵知府朱龄石率军西伐,攻占成都。谯纵败退自杀,谯蜀亡。
卢循为
孙恩继承人,
桓玄为安抚他任为
永嘉太守,但他仍不断袭扰沿海。404年卢循由海路攻占
广州市,隔年晋廷又任命他为广州
刺史。410年卢循趁刘裕北伐
南燕之机,与其姐夫
徐道覆分二路北伐,于桑洛州合力击溃
刘毅(今江西
九江市),乘势攻入京师
建康,史称卢循之乱。此时
宋武帝回撤,卢循和徐道覆发生内讧,卢循久攻京师不破,撤守寻阳。10月徐道覆进攻江陵,为守将
刘道规所败。12月卢循被
晋绥军打败,退守广州。411年刘裕派兵击杀徐道覆。
卢循最后于
交州被交州刺史
杜慧度歼灭,投水自杀,至此乱事平定。
刘裕消灭若干异己后,为了名正言顺称帝,先后发动两次北伐。当时
南燕慕容超屡屡入侵,409年刘裕率军伐南燕,次年攻破南燕都城广固(今山东
青州市),擒杀慕容超,南燕亡。而后因卢循叛乱,
宋武帝回师。
后秦屡遭胡夏帝
赫连勃勃入侵,国势大衰,幼主
姚泓初立。416年12月刘裕再度北伐,连克
许昌市、
洛阳市。隔年刘裕兵分两路围攻
渭河平原,最后攻破
长安,后秦亡。但该年冬天,留守京师的
刘穆之突然去世,为免后方生变影响自己的篡晋计划,刘裕不得不返回京师。他命其幼子
刘义真同
王镇恶、
沈田子诸将防守长安,后来诸将内讧,胡夏帝赫连勃勃率军攻击。417年冬刘裕命刘义真等率军东归,遭夏军追击,元气大伤,至此北伐结束。关中失守后,同年
宋武帝杀
司马德宗,立其弟
德语,为
司马德文。420年刘裕废晋恭帝自立,是为宋武帝,建国宋,史称
刘宋,
东晋至此灭亡,进入“南北朝时期”。此时北方仍处于五胡十六国时期,直至440年
北魏统一后方形成
南北朝对峙格局。