马云公益基金会，2014年12月15日正式成立，是马云先生个人出资在国内设立的非公募基金会。

2019年12月17日，登榜“界面新闻2019中国最透明慈善公益基金会TOP50”。

“浙江马云公益基金会”于2014年12月15日正式成立，是马云先生个人出资在国内设立的非公募基金会。

马云公益基金会宗旨以：促进人与自然、人与社会的和谐发展为宗旨，以“让天更蓝，水更清，身体更健康，思想更阳光为使命”。期望通过在环境保护、医疗健康、教育发展、公益生态四个领域的工作，唤醒每一个人的意识，承担自己的责任并行动起来，共同创造更美好的生活，同时为下一代留下更美好的环境。

马云乡村教师奖由马云公益基金会发起，评选每年举办一次，每三年为一期，持续进行，每年评选出的100名“马云乡村教师”将每人获得10万元奖励及专业发展支持。

2020年2月，马云公益基金会与哥伦比亚大学签署合作协议，哥伦比亚大学的四组研究团队获得由马云公益基金会提供的1500余万元人民币（2151452美元）研究资金，全力研发抗击类SARS病毒的可能药物和抗体。作为该项目的一部分，哥伦比亚大学的科学家团队将与正在努力控制疫情的中国研究人员通力合作。

2020年03月01日，马云公益基金会理事会全程视频公开(时长2小时32分)。

为树立乡村教师阳光活力的榜样典范，弘扬乡村教师无私奉献的高尚师德，2015年9月16日基金会发起“马云乡村教师奖暨马云乡村教师奖”，每年一届寻找100位优秀乡村教师，给予每人总计10万元支持——持续三年的现金资助与专业发展机会。

2016年7月4日，马云公益基金会正式发布“马云乡村校长计划”，预计在10年投入2亿元，寻找和支持优秀乡村校长，培养新一代具有优秀领导力的“乡村教育家”。

马云公益基金会于2017年12月11日正式启动“马云乡村师范生计划”，预计10年内至少投入3亿元，助力乡村教育新生力量，为中国培养未来教育家。

项目每年在全国招募100位主动投身乡村教育的优秀师范毕业生，给予每人持续五年、共计10万元的支持，帮助他们在乡村一线成就个人价值，为乡村儿童带去优质教育。通过师范生在乡村的实践成长，树立标杆典范，唤醒公众意识，让更多乡村青年教师下得去、教得好、留得住、有发展。

2018年6月启动。马云乡村寄宿制学校计划在试点学校打造品质宿舍、温暖浴室、卫生厕所、营养食堂、乡村少年宫、平安校车等寄宿制学校生活空间样板，并开展快乐创新的教学和课后活动、家庭式宿舍生活管理、建立教师培训管理激励体系。

2019年6月26日，“拉萨师专·马云教育基金”正式启动，该项目为期十年，将推动西藏教育人才培养，助力教育脱贫。该计划在拉萨市启动，将帮助西藏自治区培养更多“乡村教育家”。

2020年2月7日，中国工程院宣布与马云公益基金会签署《新型冠状病毒肺炎预防及治疗药物研发基金捐赠框架协议》，接受马云公益基金会2000万元人民币捐赠，用于资助新型冠状病毒肺炎预防及治疗药物研发。此前，马云公益基金会曾宣布捐赠一亿元人民币，用于支持新型冠状病毒感染肺炎的药物及新型冠状病毒疫苗研发，本次捐赠是其中一部分。 2020年2月14日，马云公益基金会将向广东省钟南山医学基金会捐赠600万元人民币，通过广东省钟南山医学基金会用于支持广州呼吸健康研究院展开疫情相关项目的科研工作。

2020年3月2日，马云公益基金会和阿里巴巴公益基金会共同捐赠100万只口罩支援日本抗击疫情。 

2020年5月9日，马云公益基金会和阿里巴巴公益基金会捐赠超2亿件防疫物资，驰援全球150个国家、地区和国际机构抗疫。

2020年3月17日凌晨消息，马云通过个人官方微博发文称，非洲的医疗资源相对缺乏，一旦蔓延，后果不堪设想。

为了支持非洲国家对抗疫情，马云公益基金会和阿里巴巴公益基金会决定，将为非洲54个国家每个国家捐赠10万个口罩、1000件防护服和1000个防护面罩，并且为每个非洲国家捐赠2万个检测试剂盒，还将立刻与非洲各国医疗机构合作，提供新冠病毒临床治疗网上培训资料。

2020年3月23日，马云公益基金会和阿里巴巴公益基金会搭建的海外华人新冠咨询中心正式上线，为海外华人提供在线咨询志愿服务。

2020年3月26日，马云公益基金会向泰国捐赠医疗物资。

2020年3月27日，马云基金会通过菲律宾拳王、参议员曼尼·帕奎奥向菲卫生部捐赠的第一批医疗用品运抵马尼拉。

2020年3月30日，马云公益基金会创始人马云发布微博称，马云公益基金会和阿里巴巴公益基金会马上会通过“杭州-列日”这条生命运输通道，再捐赠800台呼吸机，连同30万防护服和30万防护面罩一起，用最快的速度送到医疗资源紧缺的欧洲国家的一线医院。

2020年4月6日，马云公益基金会和阿里巴巴公益基金会对非洲的第二批捐赠已经出发。这批紧急医疗防疫物资包括500台呼吸机、100万套病毒采样设备和提取试剂，20万套防护服和防护面罩，2000个额温枪和50万双手套。

2020年4月11日，由浙江大学医学院附属第二医院抗疫专家编写，携手马云公益基金会、阿里巴巴公益基金会、阿里健康和阿里云共同发布的《新冠肺炎疫情下的医院应对策略》中英文版正式上线。指南的中英文版本已在马云公益基金会和阿里巴巴公益基金会联合发起的GMCC平台上首发，后续将发布更多语言版本及抗疫资源。

回应疑问

2020年3月28日，马云公益基金会发文回应网友对其捐赠物资的资金来源问题，称疫情以来，马云公益基金会所有用于国内以及国外140多个国家抗疫公益事业的资金全部来自于马云先生的个人捐脂，没有一分钱的社会募捐资金。

驰援河南省

2021年7月21日消息，阿里巴巴集团宣布，阿里巴巴公益基金会将追加捐助人民币1亿元，马云公益基金会将捐助人民币5000万元，配合河南省人民政府指挥，用于救灾紧急举措和灾后恢复工作。

捐赠山西省

2021年10月10日，山西洪涝灾害严重，马云公益基金会捐赠1000万元。

向浙江大学医学院附属第一医院捐赠

2023年8月7日上午，浙江大学医学院附属第一医院总部一期会议中心举行马云公益基金会向浙大一院捐赠仪式，设立人才交流计划基金。