安徽省农垦事业管理局曾为安徽省政府直属的事业单位。

(一)贯彻执行国家和省有关方针、政策及法律、法规；拟定全省中国农垦集团经济与社会发展战略和体制改革方案；发挥农垦系统在全省农业产业化、农业市场化、农业现代化和农场城镇化方面的示范带动作用。

(二)拟定农垦经济中长期发展规划及年度计划，并组织实施；负责农垦经济结构调整和农垦资源的保护及合理开发利用；加强全省农垦社会化服务体系建设。

(三)会同有关部门批准农垦系统企业的资产经营形式；决定国家与农垦系统企业间财产收益分配方式；管理直属农牧场和所属单位国有资产，并承担保值增值责任；依法管理直属农牧场土地资源及开发利用。

(四)协调农垦系统体制改革、经济发展与社会事业有关政策的落实和对外关系。

(五)负责全省农垦系统财务、会计、统计工作；发布中国农垦集团社会经济信息，指导农垦系统信息体系建设；负责直属企事业单位审计和会计监督。

(六)编制上报农垦系统固定资产投资和专项投资计划并监督实施；制定农垦系统技术改造规划、计划；负责农垦系统重大投资建设项目申报。

(七)制定全省农垦系统农、林、水、牧、渔、农机各业生产发展规划；组织直属农牧场产业结构调整与农业开发；指导农垦产业化和生态环境建设。

(八)制定农垦工业、第三产业发展措施并负责指导实施；指导垦区农产品流通体制改革、市场体系建设和中国农垦集团企业管理。

(九)制定农垦系统科研、技术推广及队伍建设发展规划；组织农垦各行业科研课题技术攻关和科研成果鉴定、报奖、推广，推动企业技术进步。

(十)组织农垦系统对外经济交流与合作。

(十一)负责直属企事业单位领导班子建设和场处级干部任免；管理或指导直属单位人事、劳动和机构编制工作；负责系统劳模评选、推荐、表彰和老干部工作；负责局机关和有关直属单位党群工作。归口管理直属农牧场社会保险工作。

(十二)承办省政府交办的其他事项。

省农垦局机关共设12个职能处室：办公室、农水处、农业产业化处、土地建设规划处、经济开发合作处、对外经济贸易处、财务处、资产管理经营处、组织人事处、社会事业处（离退休人员工作处）、审计处和监察室。省中国农垦集团事业管理局系经济建设与社会事业同步发展的综合性系统，与安徽省农垦集团有限公司系一个机构、两块牌子、一套班子。

2018年下半年，安徽农垦重新规划改革时间表和路线图，主要领导直接领衔督导，工作专班倒排“工期”挂图作战，建立督办和激励机制，短短5个月内奋起直追，迎头赶上，如期完成农业农村部下达的分离办社会职能改革任务。垦区20个国有农场办社会职能改革基本完成，其中14个农场整体移交，6个场采取内部分开、管办分离、政府委托、购买服务的方式改革。安徽农垦土地确权走在全国垦区的前列，已完成率达100%，为其他垦区提供了典型案例。

2019年新年之际，安徽农垦启动了集团总部“三项制度”改革。按照去行政化、强市场化改革思路，优化调整了集团公司机构和职能，进而出台绩效考核办法，规范了人员任用、职务职级、薪酬待遇和业绩考核等办法。垦区20个农场完成了公司制改革，初步建立了农场公司组织架构和法人治理结构,并于2020年底正式启动中国农垦集团事业管理局“事转企”改革。