1935年，对于国民党政府准备武装护送曲吉尼玛返藏一事，班禅在青海玉树派代表经印度来藏和噶厦政府会谈破裂之后，悲愤地说：“我就是西藏自治区不要的人。”九世班禅活佛为此抑郁成疾，终因感冒引起其他病症，医治无效，于1937年12月圆寂在玉树市的热细龙虚寺。

班禅活佛圆寂后，青海省主席马步芳表示，愿迎请班禅活佛灵柩和行辕全体人员去塔尔寺暂住。班禅行辕人员也表示愿意去塔尔寺。但就在此时，国民党政府特派的祭奠专使立法院院长戴季陶以青海省道路艰险难行，灵柩浮玉树行宫又多有不宜为由，强令将曲吉尼玛的灵柩迁往甘孜县。

按丧葬礼仪，祭奠人应亲临灵柩所在地举行祭奠仪式，断无借他故意强行将灵柩移迁祭奠人指定地之理。所以，班禅行辕再三向戴季陶要求准予在玉树市完成祭奠大事后，再将灵柩移送到青海塔尔寺，并坚称目前实不便迁往甘孜藏族自治州。可是主祭人戴季陶不准所请，行辕人员无可奈何，只得草草办完“七七”超度后，将灵塔迁移甘孜。

然而实际上，灵柩迁往甘孜却是一个大大的阴谋：本来国民党政府派遣专使致祭九世班禅，也算是尊重佛教，满足西藏自治区僧俗人民的愿望。但此举却被四川省军阀刘文辉所利用了。刘文辉觊觎班禅行辕精良的武器和丰厚的财物，便利用中国国民党和马家军阀之间的矛盾，说动了戴季陶，当戴的腰包被填饱后，就借口马步芳迎请班禅灵柩有重大阴谋，绝不可去塔尔寺为由，强令班禅行辕将曲吉尼玛灵柩迁往刘文辉统治下的西康省甘孜县，这就可使得刘文辉一则能效尤当年马步芳刁难迎请十四世达赖喇嘛灵童入藏之故智，要挟西藏僧俗人民，实行敲诈勒索；二则寻机掠夺九世班禅在内地多年，受各方善男信女之供奉所积累下来的大量财帛；三来可向班禅行辕寻事生非，制造纠纷，乘机攫取国民党配备给班禅仪仗队的大批精良武器。

1938年，扎什伦布寺拉章决定推举僧俗代表孜仲乃巴群则、洛桑进巴、译仓列准·丁杰吉仲和旦增加措前往甘孜藏族自治州祭奠曲吉尼玛。同年4月21日，他们从日喀则动身经拉萨市、赵煦、类乌齐等地，于8月份抵达班禅行辕所在地西康省甘孜县。

当时，甘孜县政府和刘文辉的四军部队官兵串通一气，经常对班禅行辕的人员无事生非制造摩擦，廿四军官兵不但无理搜查国民党政府专供行辕运入甘孜的物资；县政府还下令禁止向行辕出售粮食、油料等食品，并公然宣称：“可以抬走你们的尸体，但不准运走任何东西”。

国民党政府甚至朝令夕改，再次命令班禅行辕：“甘孜藏族自治州地处偏僻，祭奠专使不宜前往，因难以确保其安全，活佛灵柩、行辕一切珍贵物资以及武器和主要人员等均应由甘孜迁到康定市为宜（康定是当时的西康省省会）。”后经行辕一再禀报：“迁移确有困难，无法遵照执行”。戴季陶才于1939年8月亲赴甘孜致祭。

戴季陶祭毕返回后，甘孜县的僚属和廿四军部队，便开始了对行辕人员更加肆无忌惮的欺压和刁难：行辕人员前往康定附近乡镇购买物资和牲畜时，往往会受到廿四军士兵的故意挑衅，将牛马的躯体、蹄腿击伤。有一天，行辕的一名放牧人在甘孜藏族自治州县城购买食品返回途中，在一个叫曲柯巴丁的地方买了一副羊内脏，刚给付了款，却突然来了一名廿四军士兵，从他手里抢夺，两人发生争吵，紧接着就又来了几个当兵的把人给抓走了。当晚，行辕的这名放牧人竟被用电刑处死在廿四军的兵营里。

双方的矛盾更加激化了。廿四军方面在甘孜增加了部队，各个隘口增设了哨楼，甘孜寺庙西南方热更山村里，也集结了部队。班禅行辕方面亦采取了相应的防卫措施，把警卫军的两个分队约300人合并起来，组成一个总队，由军务处长四品官墨巴·旺堆洛布担任指挥官;又从运输大队中抽调200人组成两个连，由德阳次旺和章本群培二人分别担任连长。

当时，曾遭受过廿四军压迫的甘孜藏族自治州土司孔沙仓和娘容东本（千户）嘉如仓等两大家族和行辕共同协商，三家组成同盟军，立即组成巡逻队，在甘孜寺庙周围进行巡逻。

一时间，双方剑拔弩张，形势非常紧张。面对这种严重局势，班禅行辕接二连三地致电国民党政府，详细陈述：“现甘孜地区危机四伏，无法居留，请准予返藏或仍迁回玉树市……”。与此同时，班禅堪厅派遣以大堪准沙龙巴洛桑土登为代表的几个人前往昌都觐见噶伦朗穷巴，向他面陈廿四军有妄图劫持班禅活佛灵柩，侵吞班禅财物和收缴行辕武器的预谋和行动，必须立即采取对策，否则，将发生极大不幸事件。请噶厦政府予以大力支持，即速协助迎请班禅灵柩入藏并满足行辕人员急于入藏的要求等。但噶厦政府置若罔闻，不予理会。

1939年10月25日夜间，廿四军公然从甘孜寺西南的热更村，向甘孜寺周围班、孔、娘三方组成的巡逻小组打响了第一枪。班禅行辕与西康省主席刘文辉的廿四军的武装冲突由此开始，揭开了“甘孜事变”的序幕。

第二天黎明，廿四军大部队从孔沙仓颇章出发，再次向班禅警卫队攻击。班禅警卫队第一分队，运输骡夫和孔沙仓的一部分人在江巴顿率领下，一举消灭了热更山头廿四军的一个连，俘虏其连长和士兵40多名；占领了甘孜寺前面的廿四军机枪堡一座、甘孜县政府所在地麻斯颇章等据点。

27日，盘踞在孔沙仓颇章和县城里的廿四军遭到了班禅警卫队的猛烈攻击，从甘孜藏族自治州以东的珠尼村赶来增援的廿四军则受到了同盟军的四路迎击，战斗进行得十分激烈。持续到29日，廿四军的三名团长于夜间逃走，同盟军俘虏了几十名廿四军的官兵，珠尼村会战结束。

11月1日，被围困在孔沙仓颇章内的廿四军官兵和甘孜县政府要员向行辕部队投降。至此，甘孜地区的战事暂时平静下来。

班禅行辕预料，廿四军决不会就此善罢甘休。于是，行辕办公室再次派出大堪卓沙龙巴的家人曲本·巴桑顿珠和侍卫格热增珠二人再次专程前往昌都，觐见噶伦朗穷巴紧急求援。呈函如下：“甘孜藏族自治州地区的战事虽暂告平静，但仍潜伏着很大危机，请噶厦本着同宗教、同民族之情谊，派军队大力支援，将班禅灵柩迎请入藏，恳即速回示。”孰料，昌都方面不仅不予支援，反而下令各边卡严加防守，不许班、孔、娘三方人员入境。

果然不出所料，不久，驻扎在康定市的廿四军一部和阿加克巴原嘉啦王的官员，带领一部分地方武装向甘孜县方向出动；驻扎在德格县、白玉县和理塘县的廿四军也向甘孜进军。针对廿四军的调动，行辕派美国国民警卫队和一部分骡夫前往炉霍县地区堵击；派詹东等率警卫队三个班和运输队的50多名骡夫前往娘容地区迎敌。随即，双方的战事再起，并连续激战数日。

然而，正当双方交战正酣之时，班禅行辕接到了国民党政府的电报：“目前前方抗战，后方不应扰乱，班禅行辕部队，应立即从现驻扎地退回甘孜藏族自治州地区。廿四军所部，不准逾越甘孜地界，政府已派张笃伦前来调查等。”在重庆市，戴季陶召见了班禅驻重庆办事处处长索切苏努·罗桑杰增，一再强调班禅行辕部队应退到甘孜地界。

面对政府的压力，同盟军方面停止了进攻。班禅行辕侍卫队队长洛桑班登在甘孜主持了一次重要的军事会议。会议分析了当时的形势：中央派张笃伦来甘孜调查，但此人却一直呆在康定市不动；中央一再命令行辕部队撤退到甘孜地界，可是廿四军的部队却依然向甘孜推进；在哲乌和鲁廓二处战斗中，孔沙仓的人大部潜逃；行辕的处境非常糟糕。会上决定要立即调整部队，重新部署，加强关卡防守。

局势的变化，使班禅行辕不得不撤回青海玉树，在娘容沙堆的行辕部队退到甘孜厅嗄村镇后，便令运输队立即做好撤退准备，由侍卫长负责，把班禅活佛的灵柩和一切物资运到杰布拉山背后格孜才多地区隐蔽。第二天，形势更为紧急，甘孜藏族自治州土司麻斯仓系统的甘孜寺葛觉洛桑珠带领当地寺庙的一部分百姓举起白旗前往哲乌，向追在后边的廿四军投降。而同日早上，昌都噶厦派来的俗官嘉热斯巴和僧官顿杰二人前来行辕，要求把班禅灵柩迁移到达杰寺里，但为时已晚。

班禅行辕还是按预定计划，由两个运输队负责运输撤退物资，当天中午就运走了一部分。原先安排由侍卫长负责启运灵柩一事，因事先没有通知有关人员，又未做其它安排，因此，除驻防人员外，其他人员听到这个消息，便恐慌起来，到傍晚时分，大家纷纷跟随运输队去了。

在甘孜藏族自治州县城里关押的廿四军2000多俘虏也开始趁机肆意盗窃班禅行辕里的公私财务，麻斯仓属下的一部分居民也趁火打劫，前去偷盗甘孜寺孜勒佛殿内存放的金银，垒起来的银箱倒塌下来，砸死了许多人。当时，县城里一片混乱，在城里的行辕人员急急忙忙往外逃。城外的不敢进城，跟随运输队而去。

下午，各寺庙的管家、家仆、防守人员均逃跑一空，天黑下来后，路上撤退的人群和牛、马、骡队仍然络绎不绝。由于仓皇出逃，行辕中的军需物资和大多数私人财物都来不及带走，多半失落在甘孜藏族自治州。

班禅活佛的灵柩和活佛生前用品，已打包装箱运往玉树市。但在甘孜嘉贡仓拉章内，还有假灵柩一具留在那里。留守人员有灵柩服务员朗沙冈、行宫服装管理员恰佐冈及总务处军需官等人。行辕代表洛云墨吉孜准·登曾杰增和麻苏细乃巴等人则受命于危难，仍留守甘孜，护理未能带走的大量公私财产。

廿四军部队从康定市进发到甘孜后的第三天，由曾旅长带领的娘容方面的部队，对行辕人员开始进行迫害，掠夺了全部财物和军需用品，将之收藏在孔沙仓宇杰颇章。说也奇怪,宇杰大殿里突然发生了大火，引爆了储存的弹药，爆炸声持续了七天七夜之久。

丁杰活佛洛桑班登原住在康定，战事刚平息就来到了甘孜藏族自治州，当他看到曲吉尼玛的灵柩仍遗留在原地时，就捶胸顿足地大哭起来，指责行辕人员不将灵柩运走，罪过难恕！洛云墨吉请他用水将遗体的手打湿，磨擦一下再仔细观瞧，丁杰活佛按照所说试做后，才恍然大悟。原来留在甘孜灵柩中的遗体是用酥油和糌粑塑造的假遗体，而制作假遗体的人是大堪准沙龙巴·洛桑土旦家的曲本·巴桑顿珠和强本·达平二人。班禅活佛的真灵柩在运往玉树市的途中，让群众朝拜祈祷，这时候才消除了外界的疑惑。

后来，洛云墨吉把假灵柩也迎请到玉树，又迁移到塔尔寺供奉。

廿四军对班禅行辕留守在甘孜藏族自治州的人员盘查后，将其中的50多名一般人员交与西藏噶厦政府：丁杰活佛和无线电台台长次仁旺堆（汪德）赴康定市投效了廿四军，刘文辉任命丁杰活佛为班禅驻康定办事处处长。

1940年元月，班禅行辕人员到达玉树热娘寺后，派计晋美、拉敏·益西楚臣和巴桑顿珠三人赴重庆市向国民党政府控告刘文辉，但没有结果。

1941年，国民党政府决定：取消“班禅行辕”机构和“护国宣化广慧大师”的封号，改称“颂经堂”，每月薪奉5000元。其中留守人员90多名，步枪百余支由中国国民党第八司令朱绍良派人接收，带到兰州市集训后处理。