1286年阴历二月至三月期间，孛儿只斤·忽必烈下令调集五十万兵力，并准备了三百艘战船，计划在八月份集结于钦州市、廉州镇。他还指示江浙、湖广、江西省三行省的军队向越南进发，意图扶持陈益稷成为安南国王。

元世祖在1286年的阴历二、三月间，下令尚书省奥鲁赤、平章事乌马儿、大将张文虎等人调动五十万士兵，并要求湖广地区建造三百艘战船。他的计划是在当年八月在钦州、廉州会合这些力量，并指挥江浙、湖广、江西三行省的军队南下进攻越南，目的是护送陈益稷回国，并扶植其为安南国王。

面对即将到来的威胁，陈朝在阴历六月开始了征兵行动。陈昑询问陈国峻关于敌人的情况，后者分析认为，由于越南长期和平，人民缺乏军事训练，因此在之前的元军入侵时，有些人选择了投降躲避。然而，得益于祖先的庇佑和皇帝的英明领导，他们成功地驱逐了侵略者。如果元军再次来袭，越南士兵已经习惯了战斗，而元军则因长途跋涉而疲惫不堪，再加上之前恒、瓘之战的教训，元军士气低落。陈国峻预测，越南必将战胜元军。

到了1287年阴历二月，元军从江淮、江西省、湖广三行省出发，包括蒙古、汉南军以及云南兵、海外四州黎兵，分批入侵越南。张文虎率领的大军通过海路运送了七十万石粮食。同时，设置了征交州行尚书省，由奥鲁赤担任平章事，乌马儿、樊楫负责行政事务，接受镇南王的指挥。

在越南方面，陈昑继续向陈国峻咨询战争策略。陈国峻判断此时元军处于休整状态。二十日，越南军队在泠泾关部署了禁军防守。兴德侯瓘率领军队迎击元军，在使用毒箭的情况下，元军遭受重大损失，被迫退守武高关。二十八日，仁德侯璇在多某湾与元军作战，再次取得胜利，俘获了四十名敌军及其船只和武器。

阴历十二月十六日，陈仁宗任命明字阮识统领圣翊勇义军，协助陈国峻保卫大滩口。二十六日，越南军队取得了又一次胜利。三十日，元太子阿台与乌马儿联合三十万军队进攻万劫，并沿河流向东推进。与此同时，元军水军袭击了云屯。陈国峻委托仁惠王陈庆余出战，但陈庆余未能取胜。上皇陈晃获悉后，派使者将陈庆余押解回京。陈庆余请求给他两三天时间，以便有机会扭转局面。他预料到元军会在运输船上留下漏洞，于是带领剩余的部队等待时机。正如他所料，张文虎的运输船队随后抵达，陈庆余发动突袭，获得了胜利，并缴获了大量的俘虏、粮食和武器。上皇陈圣宗赦免了他的先前罪责。陈胜还释放了一些俘虏，让他们返回元军营地传递消息，并告知运输船已被拦截的事实。此后，元军撤退。

尽管云屯战役中越南军队一度失利，但在陈庆余的带领下，最终成功反击并挫败了元军的攻势。这一胜利不仅巩固了越南的国防，也显示了越南军队在面临外部威胁时的坚韧和战斗力。