黄店镇，隶属于菏泽市定陶区。

民国三十四年（1945年）1月，建立黄店区。

民国三十八年（1949年）9月，定陶县区划调整，将黄店区改为第五区。

1956年3月，改五区为黄店区。

1958年3月，撤区并乡，成立黄店、故庵2乡；同年8月，成立超英公社；同年11月，以驻地命名黄店公社；同年12月，撤销定陶县，并入成武县。

1961年10月，复属定陶县。

1983年12月，撤公社改为黄店镇。

2001年2月，撤销姑庵乡，并入黄店镇。

黄店镇地处定陶区东部，东与成武县伯乐集镇和汶上镇接壤，南与冉堌镇相邻，西与滨河街道相连，北与半堤镇、孟海镇毗邻，行政区域面积103平方千米。

2011年，黄店镇有耕地面积10万亩。

2011年末，黄店镇辖黄东、黄西、黄南、周海、张庄镇、孙楼、徐庄、高庙、孔庄、牛楼、西台集、何庄、朱庄、吴庄、赵丁、路楼、张楼、阎楼、李庄、刘庄、前陈、赵庄、王楼、李阁、王集、仝庄、堰口杨彬楼、玉皇庙、耿庄、宋庄、姑庵、大王庄、董楼、五一、五村、贾庄、沙沃、程庄、付楼、大坞集、陈楼、司庄、辛店、槐树刘、邵集、袁楼、大赵庄、孔李楼、草庙、北丁集50个村民委员会。

截至2021年10月，黄店镇辖5个社区、45个行政村：周海社区、牛楼社区、姑庵社区、董楼社区、何庄社区、北丁村、徐庄村、孔庄村、西台集村、朱庄村、路楼村、张楼村、闫楼村、槐树刘庄村、前陈村、刘庄村、王集村、李阁村、程庄村、付楼村、大坞集村、陈楼村、玉皇庙村、司庄村、邵集村、袁楼村、大赵庄村、孔李楼村、草庙村、黄东村、黄西村、黄南村、高庙村、吴庄村、李庄村、赵庄村、王楼村、仝庄村、堰口杨彬楼村、耿庄村、宋庄村、大王庄村、五一村、贾庄村、五村村、辛店村、张庄村、孙楼村、沙沃村、赵丁村，镇人民政府驻黄西村。

2011年，黄店镇完成固定资产投资6.9亿元，比上年增长27%，财政收入2613万元，比上年增长34%，人均财政收入363元。农民人均纯收入7200元，比上年增长13.2%。税收3425万元，其中国税1220万元，地税2205万元，营业税460万元。

2019年，黄店镇有工业企业115个，其中规模以上24个，有营业面积超过50平方米以上的综合商店或超市137个。

2011年，黄店镇农业总产值达到3.8亿元，比上年增长11.2%。粮食作物以小麦、玉米为主。2011年，生产粮食5.3万吨，人均736千克，其中小麦3.2万吨，玉米2.1万吨，棉花808吨。主要经济作物为蔬菜和玫瑰，2011年，蔬菜种植面积6.1万亩，产量23.5万吨，主要品种有西芹、大葱、西红柿、黄金根等。亦舒种植面积6000余亩。畜牧业以肉鸭养殖为主。2011年，肉鸭出栏量1600万只。

黄店镇以医药化工、建筑材料、食品加工、服装制造为主。2011年，工业生产总值5.4亿元。工业企业21家，职工1865人。

2011年，黄店镇有城乡集贸市场2个，专业市场9个，2011年，成交额8亿元。

2011年，黄店镇金融机构各类存款余额6.1亿元，比上年增长26%；各项贷款余额3.7亿元，比上年增长34%。

2011年末，黄店镇总人口7.2万人，其中城镇常住人口25000人，城镇化率34.7%。另有流动人口995人。总人口中，男性36180人，占50.3%；女性35820人，占49.7%；14岁以下11052人，占15.4%；15—64岁42480人，占59%；65岁以上18468人，占25.6%。总人口均为汉族。2011年，人口出生率11‰，人口死亡率6‰，人口自然增长率5‰。人口密度为每平方千米699人。

2017年末，黄店镇常住人口为76950人。

截至2019年末，黄店镇户籍人口为80148人。

2011年末，黄店镇有幼儿园23所，在园幼儿1072人，专任教师49人；小学24所，在校生5846人，专任教师285人，小学适龄儿童入学率100PERCENT；初中在校生1300人，专任教师120人。小升初升学率、初中适龄人口入学率、九年义务教育覆盖率均达100%。2011年，财政预算内教育经费1318.2万元，比上年增长18.4%；预算内教育经费占财政总支出比例为49.9%，比上年提高了4.6个百分点。

2011年末，黄店镇有综合文化站1处，农民文化艺术队伍28支，从事农民文化艺术的农民1200多人，村级文化大院16个，农家书屋6个，藏书2万余册。2011年末，广播、电视覆盖率达30%。

2011年末，黄店镇有医疗卫生机构2个，门诊部（所）28个；床位116张，每千人拥有医疗床位1.6张；固定资产总值440万元。专业卫生人员212名，其中执业医师12人，执业助理医师25人，注册护士15人。2011年，医疗机构（门诊部以上）完成诊疗7.8万人次，新型农村合作医疗参合率98.5%。

2011年，黄店镇有农村最低生活保障户数1763户，人数1930人。民政部门资助参加合作医疗保险867人次，共支出65万元，比上年增长27%。国家抚恤、补助各类优抚对象334人，抚恤事业费支出140万元。敬老院1处，床位170张，收养农村五保人员62人，支出65.9万元，比上年增长32%。参加城乡居民社会养老保险3.56万人，共发放养老保险金330万元。

2011年末，黄店镇有邮政局2处，征订报纸、期刊1.2万份（册）。电信服务网点28个；电话交换机总容量5000户，固定电话用户2800户；移动电话用户3.4万户；宽带接入用户900户。

2011年末，黄店镇有自来水厂1座，深水井1眼，年供水0.8万立方米。

2011年末，黄店镇有花园2400平方米，绿化面积3000平方米。

黄店镇境内有省级道路东丰路，乡级道路冉黄路、姑沙路等。

黄店镇因镇人民政府原驻黄店集而得名。

2021年6月，黄店镇委员会被授予“山东省脱贫攻坚先进集体”称号。

2021年12月，黄店镇被山东省农业农村厅拟确定为山东省2021年省级农业产业强镇。