南京大学是全国最早开展环境科学研究和教学的单位之一。1978年教育部批准成立环境科学研究所，1984年成立环境科学系，1993年更名为环境科学与工程系，1999年成立环境学院，下设环境科学系和环境工程系，包括环境化学、环境生物、环境规划与管理、环境工程四个专业。拥有“污染控制与资源化研究国家重点实验室”、“国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心”、“国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术中心”、“水处理与水环境修复教育部工程研究中心”、“国家级环境科学与工程试验教学中心”以及中美、中芬环境研究中心等15余个研究单位。

2013年1月，教育部公布最新学科整体水平评估结果中，南京大学环境学院位列全国第三，目前共获得国家自然科学奖二等奖1项，国家技术发明奖二等奖3项，国家科学技术进步奖二等奖1项，参与获得国家自然科学奖二等奖1项，国家科技进步奖二等奖2项，并获得省部级科技成果奖20余项。

南京大学是全国最早开展环境科学研究和教学的单位之一。1994年环境科学成为江苏省重点学科，1996年列入南京大学“211工程”学科群建设计划，2000年环境科学与工程学科获一级学科博士学位授予权。2001年环境科学成为国家重点学科，同年环境工程成为江苏省重点学科，2008年环境工程成为国家重点培育学科。

学院共有教职工105人，其中专职教师80人，包括中国工程院院士1人、国家教学名师1人、教育部长江学者3人、国家杰出青年科学基金获得者3人、国家4人、国家万人计划2人、国家优秀青年基金获得者4人、江苏省杰出青年基金获得者2人、新世纪优秀人才支持计划11人、863领域主题专家1人、水专项主题专家2人、全国优博论文获得者2人，教育部/科技部/江苏省科技创新团队3个，教授38人，博导31人，副教授32人。

以本学院为依托的“污染控制与资源化研究国家重点实验室”(与同济大学共建)   ，2000年通过国家科技部的评估。本学院是教育部环境科学教学指导委员会第一届主任单位、第二届和第三届副主任单位，是国务院学位委员会环境科学与工程学科评议组成员单位，是南京大学“教育部教育振兴行动计划(985工程，下同)重点发展新兴学科之一。

目前学院主要涵盖环境科学与环境工程两个二级学科，其中环境科学学科包括环境化学、环境生物学和环境规划与管理三个方向。

自2000年以来，环境学院共主持了国家、省部等研究课题千余项，科研经费近10亿元。在国内外学术刊物上发表论文千余篇，其中SCI源刊物论文近500篇，在全国环境类单位中名列前茅。研究成果具有国际和国内学术影响。出版专著十部，参编专著 5部，出版教材5种。获国家、省部奖 50余项，鉴定成果 15项。研究成果具有国际和国内学术影响，2000年科技部组织的国家重点实验室评估专家小组对本学科研究工作评价认为：“在有机化合物定量结构活性相关研究方面取得若干具有国际先进水平的研究成果，如分子结构与光解速率常数之间的定量关系模型、Lewis酸碱判别指数测定方法和有机分子片段致癌机理和人工神经网络的应用，在水污染控制方面取得了高水平的成果，将环境系统工程应用于江苏省水系污染控制的研究取得了显著的社会、经济效益。”目前，通过多学科相互交叉和渗透，形成了多个新的生长点。

目前学院主要涵盖环境科学与环境工程两个二级学科，其中环境科学学科包括环境化学、环境生物学和环境规划与管理三个方向，其主要研究方向如下：

环境化学方向主要开展有机污染化学、重金属形态及生物有效性、环境分析化学等领域的研究。在有机污染物的结构与其物理化学性质、生物活性之间的定量关系研究、ree的形态分析、环境行为和生物有效性研究、优先控制有机毒物筛选和微量环境持久污染物监测技术、受损环境修复机理与技术、饮用水中致突变前驱物的形成机理以及光催化氧化等高级氧化技术研究形成特色和优势。

环境生物学方向研究特色在于：分子水平上环境污染物的生态效应及其机制研究；生物对环境污染的适应及抗性机制；优先控制污染物的生态基准和标准；有毒工业废水中关键毒物的鉴别新技术；降解高浓度有机废水基因工程菌的构建和跨界融合技术。

环境规划与管理方向长期致力于环境学基础理论、水污染控制战略、可持续发展规划、环境管理与环境政策的研究。在环境基本规律及其内涵、环境科学学科基础理论、可持续发展理论与规划、我国水污染控制战略与实践、环境经济评价的理论和方法、环境评估的公众参与和信息公开化等方面的研究形成特色。

环境工程学科及方向拥有与英国Armfield公司共建的水处理工程开放实验室。研究内容涉及了当今社会主要的环境污染问题，开展广泛的水、固废、气等各方面污染控制和资源化与清洁生产的研究开发工作，特别是长期致力于农药、染料、医药、化工等有毒有机废水处理与资源化研究。研究开发出多项污染治理新技术，达到国内领先和国际先进水平。

南京大学环境学院国际学术交流和合作日益活跃。2000年以来承担了欧盟项目“中国东部经济发达地区饮用水源中多氯化有机化合物的调查与风险评价”、“水体优先污染物对食品品质和人体健康的影响及其管理对策研究”等10项国际合作项目，举办国际和国内学术会议多次。与十多所国际著名大学和研究机构建立了长期合作关系，有十多位海内外知名学者任兼职教授，每年有十多人次出国进行合作研究和学术交流。学院国际活动频繁，与美国、欧洲以及港台等地的大学和研究机构有着广泛的联系，每学期均有海内外学者前来授课或作学术报告。

南京大学基于“国际化”发展战略需求，统一部署，在“985工程”三期中实施“高水平国际合作推进计划”，大力推进“高水平国际合作平台”建设，全面提升南京大学的学术交流合作层次与国际知名度。环境学院根据自身平台建设现状，整合已有资源，按照“重点建设优势学科、鼓励多学科交叉、强化国际合作和交流”的发展方针，建立了南京大学“中芬环境研究中心Sino-Finnish Environmental Research Centre(SFERC)”。中心自成立以来已成功举办了两次学术委员会会议，派遣多名研究生去芬兰访问，促进双边多个研究团队的合作。在中芬中心基础上，加强了与美国、加拿大等相关高校的合作，发展成立了“中美环境研究中心”、“中加环境研究中心”，将平台打造成为环境学院对外合作交流的核心平台，加强了我校在环境领域的国际影响力。

2012年5月成立“中美环境研究中心”，环境学院依托该平台与美国多所著名大学进行了广泛的学术交流，包括：1.邀请美国教授来华访问或工作；2.与美国高校及公司开展项目合作；3.举办暑期学校；4.开设国际视频课程；5.召开了国际会议；6.派遣学生留学及交流等。

2012年10月与加拿大特伦特大学成立“中加环境研究中心”，中心自成立以来，在学术交流、人才培养、项目合作等方面已取得长足进步。

南京大学环境学院分别自2009年和2010年起与苏黎世联邦理工学院（ETH）和瑞士西北高等专业学院（FHNW）建立了国际合作平台，双方互派了16名研究生前往对方院校学习，联合申请了5个由SSSTC和FP7资助的研究项目。2012年6月和2013年4月分别在南京和巴塞尔市举行了两次中瑞学术研究与教育合作会议。

环境学 教育部“高等教育面向21世纪教学内容和课程体系改革计划”中“面向21世纪环境科学专业教学内容和课程体系改革研究”对环境学课程发展历史沿革作了系统阐述（参见《环境科学类专业教学改革研究报告》高教社，2003.6）：

中国的环境教育起步于20世纪70年代，当时高等学校中一批教师积极参与环境保护的研究与实践工作，随后又在国家教委、原环保总局、各部委环保部门的支持下，逐步在若干文、理、工、农、医等类高校中建立了许多环境保护方面的专业。多年来这些专业培养了大量环境专业人才，在我国环境保护事业和环境科学学科建设中发挥了巨大作用。但是，这些专业受其各自传统“母”学科的制约较重，普遍存在基础不广、培养口径过窄的问题，难以在培养规格设定和课程内容安排上体现环境科学的综合性和可持续发展思想，而综合性正是环境科学最重要的特征之一，其源头是引发环境问题的原因和解决环境问题所需采取的社会、经济、技术手段几乎涉及了人类及自然社会的各个领域、大多数方面和众多层次，没有综合就没有环境科学。

在原国家教委的领导下，1987年和1998年两次全国高校本科专业目录调整中，环境科学类本科专业实行以综合性整体化为主，加强基础，拓宽口径，淡化专业方向，最终在1998年形成了包括环境化学、环境生物和环境规划管理等方向的环境科学专业。1999年本项研究在对部属11所重点高校环境科学类本科生专业设置的调查中，发现不少学校原属理科性质的环境科学专业已向工科“延伸”，或增设“环境工程”本科专业；另外也发现通过理工人文社科相结合的途径来培养环境科学复合型人才这一观点已被广泛接纳。近年来，虽然新修订的教学计划中人文和社会科学类课程有所增加，但是“环境经济学”、“环境伦理学”等的教材建设仍然滞后，课程体系较为零散。这一方面表明传统的教育思想和教育观念还远未根除，有待更为深入的教学改革；另一方面也反映出环境科学作为一门独立的新兴综合性学科，其学科体系还不够成熟，用以指导环境科学建设和专业教学实践改革的理论基础尚未建立。

作为一门新兴的综合性学科，环境科学尚未建立起自己的理论体系，长期以来一直困扰着环境科学的学科建设和发展。国家教育部高等学校环境科学教学指导委员会自1990年成立伊始就十分关注环境科学基础理论的建设，期望出版一本系统阐述环境科学基础理论的教科书，并将之定名为《环境学》，环境学课程也同步确定为环境科学类专业基础课程。十年来环境科学教学指导委员会和其后于1995年成立的“高等教育面向21世纪教学内容和课程体系改革计划”项目研究组始终关注这方面的研究，尤其重视环境科学与可持续发展基础理论体系及专业课程体系整体优化的研究，组织和支持专业基础课“环境学”教材的编写，特别是对环境科学基础理论的探索性研究，作为全国第一本具有创新体系的《环境学》（左玉辉著）已于2002年7月由高教社出版，该书作者长期从事环境科学基础理论研究，《环境学》是作者历时十余年的一本力作，曾先后入选普通高等教育“九五”国家级重点教材、面向21世纪课程教材等国家级出版计划，2002年再次入选“十五”国家级规划教材。

环境微生物学 在1984年由原来的南京大学环境科学研究所环境生物学、环境化学和环境规划与管理为主体成立了环境科学系，环境微生物学从生物系微生物方向分离出来，该课程即作为环境科学系专业核心课程，由马文漪老师讲课，面向环境生物学、环境化学和环境规划与管理专业大三学生开设，已有20多年的历史，1993年以后，由马文漪老师和杨柳燕老师轮流授课。1999年环境学院成立以后，共有环境生物、环境化学、环境规划与管理和环境工程四个专业（方向），为适应学科发展的需要，培养高素质人才，2002年起，经过课程调整，该课程成为环境学院全院的专业核心课，对环境生物学、环境化学和环境工程专业的本科生开设，由杨柳燕老师和肖琳老师等轮流授课，杨柳燕老师和蒋丽娟老师担任实验指导老师。

在本课程的开设中，先后编写出版2本教材和1本实验教材。该课程在开设之初，选用武汉大学和复旦大学的《微生物学》和王家玲先生的《环境微生物学》两本教材进行授课，1998年，为了适应环境微生物学面向环境科学和环境工程背景学生的授课需要，马文漪、杨柳燕编写的《环境微生物工程》于1998年由南京大学出版社出版，使用至今，仍然受到好评。

2002年，杨柳燕、肖琳在原有教材的基础上，扩充了大量近年来在环境微生物学研究的进展，编写的《环境微生物技术》由科学出版社出版。2004年，又在南京大学“985工程”一期的资助下，编写并由中国环境科学出版社出版了《环境微生物学实验技术》作为配套的实验教材，同时，对于基础微生物学部分采用“Brock's Biology of Microorganism 9TH”（Prentice Hall，1999）为参考教材。2007年《环境微生物学》课程被评为南京大学精品课程。

经过十余年的努力，该课程已在教学体系和内容、教学模式和方法、配套实验教学等方面形成了一套完善的教学体系，形成了一支稳定的教师队伍和教学梯队。形成本校具有特色的课程结构、知识点和授课系统。经过数年的实践教学和改进，该课程新的框架基本成熟，已经编撰出版了具有本校特色的《环境微生物技术》教材及配套的实验教材《环境微生物实验技术》。