生物有机化学是有机化学和生物化学的交叉领域，是将有机化学研究的理论和方法向生命科学渗透的学科，负责在分子水平上研究生物过程的化学本质，主要分析生物分子（如蛋白质、核酸）的结构、性质、合成，以及酶和酶促有机反应的具体机理。是目前有机化学研究中最为热门的子领域之一。

生物有机化学与生物无机化学一般是相对的，不过在某些方面，如在研究金属酶和辅因子时，两者亦有很大的重叠。生物有机化学是生命科学的一个分支，是用化学手段处理生物学过程的学科。

生物有机化学具体研究内容包括：1）对具有抗癌、抗炎药、抗菌以及神经活性的生物碱、环肽、甾体及糖类天然产物进行全合成，结构-活性关系，及其与靶分子的作用机制研究。2）针对在细胞内外信号传导过程中的一些关键因子如G-蛋白偶联的受体、蛋白激酶以及细胞凋亡过程，发展高活性、高选择性的小分子调节剂并应用于了解生物大分子功能的研究。3）利用单晶衍射或NMR 技术，研究生物大分子，以及活性小分子与生物大分子配位化合物的结构和构象，从而探讨活性小分子如药物分子作用的内在机制。4）研究酶，细胞或微生物催化的新反应，酶催化反应的机理，酶的改性等。研究酶或微生物参与的复杂分子的合成机理。

生物有机化学是有机化学与物理科学以及生物科学等互相渗透、互相融合的产物，它研究采用的经典方法是根据酶中起主导作用的因素设计并模拟构成生命基础的分子建模或将酶模型化 , 从而进一步研究这些因素影响生化过程的机制 , 在实验室实现酶反应的专一性和速效性 , 使经典有机合成中难于实现的反应可以在温和的条件 (常温、常压和水溶液中) 下高效率、专一性地完成 , 将目前的耗能反应改进为节能反应，显然，这些内容在有机化学领域内是一次巨大的革命。

以生物无机化学、生物分析化学、生物有机化学、生物化学、化学信息学、生物物理化学和仿生高分子材料为研究方向、发展方向，培养具有良好的科学素质，掌握化学基础理论、基本知识和基本技能，并得到应用研究、科技开发、科技管理初步训练的专门人才。

学生毕业后适宜到科研部门、高等学校从事研究工作和教学工作；适宜到化学、药学、医疗、生化制药、生物工程学、无机化合物新材料、化工、轻工、能源等行业，以及厂矿企业、事业、技术和行政部门从事应用研究、科技开发和管理工作；适宜继续攻读化学及相关学科的硕士学位研究生。

生物有机化学的发展与传统的有机合成方法形成了竞争关系，许多有机化合物（原料）现在可以通过多酚氧化酶合成。这种新兴的催化方法被称为“黑箱催化”，它改变了以往将酶从分开的溶液中引入反应的做法。在这个过程中，起始材料被称为基材。在工业生产中，通过选择特定的酶来获得更高的对映体纯度，这种对映体选择性的酶促反应通常比非催化反应的选择性要高。然而，酶催化反应的一个主要缺点是大多数酶在疏水性溶剂中会失去活性。因此，在进行酶促反应之前，必须先将疏水性有机基质溶解，常用的溶剂包括清洁剂或环糊精。如果反应产生非均相产物，最常用的分离方法是使用有机萃取。