西南军政长官公署是国民政府和国防部在中国西南地区川、康、云、贵、渝四省一市的派出机关，直隶行政院。1949年5月1日成立于重庆。

抗战胜利还都南京后，1946年5月间，成立了国民政府军事委员会委员长重庆行营。机关设在林森路原“军事委员会”地址(现解放西路重庆日报馆)。其人员是由原军委会成都行辕和陆军总部部分人员合并组成。主任何应钦，代主任张群(何应钦未到任)，参谋长萧毅肃，副参谋长余中英，秘书长刘寿朋。

1947年5、6月间，张群调任行政院长，7月间朱绍良接任主任，萧毅肃仍任参谋长，范诵尧任副参谋长，廖楷陶任秘书长。1948年3月，蒋介石就任总统，改称为重庆绥靖公署。萧毅肃升任副主任兼参谋长。1948年下半年萧毅肃调升国防部副参谋总长后，由范诵尧代理参谋长。1949年1月，朱绍良调任福州绥靖公署主任兼福建省政府主席；又特任张群接替朱绍良职务；1949年5月将“重庆绥靖公署”改称为“西南军政长官公署”。由“行营”到“长官公署”都是国民政府和国防部在西南的派出机关，对各省市地方军政机关是指导关系，不是隶属关系。对辖区内的部队省督练、命令、指挥、调遣之权，但无人事和经理之权。对部队的人事管理直属于国防部。

以张群为长官，钱大钧为副长官(以后又相继增加邓锡侯、杨森、贺国光、王缵绪、潘文华、孙震、唐式遵为副长官)。国民政府迁往成都市后，于12月7日改派顾祝同为西南军政长官，胡宗南为副长官兼参谋长。12月底由胡宗南代理长官，移驻西昌市。1950年3月，中国人民解放军进入西昌，长官公署溃散。