茗荷谷站是位于东京文京区小日向四丁目的地铁车站，属于丸之内线，车站编号为M-23。茗荷谷站设有小石川车辆基地，方便后乐园方向的列车停放。该站由东京地下铁运营商东京地下铁公司运营。

茗荷谷站最初计划时的临时名称为清水谷站，因为邻近的清水谷町。当时最近的交通设施是都电的教育大学前停留所及清水谷町停留所。由于当地居民和拓殖大学所在地的茗荷谷町的陈情，最终决定以茗荷谷站命名，以纪念埋于该地下的车辆基地。所有町名在实施住居表示后都更名为小日向。

- 1954年（昭和29年）1月20日：开业。

- 1993年（平成5年）3月：进行月台拓宽、增设楼梯与站房改建（新建车站大楼）的改善工程。

- 1997年（平成9年）12月25日：车站大楼1楼部分（剪票口）启用。

- 1998年（平成10年）5月1日：车站大楼“茗荷谷站MF大楼”完成，车站改善工程结束，总工费约42亿1000万日元。

- 2004年（平成16年）4月1日：帝都高速度交通营团（营团地下铁）民营化，本站由东京地下铁营运。

- 2018年（平成30年）9月、10月：所有出入口设置新型列车资讯显示器。

茗荷谷站是一个设有相对式月台2面2线的地下车站。月台在地下铁隧道出口，本站至后乐园站间为地面线路。月台部分位于地面，剪票口也在地面。车站南方有留置线与车辆维修工厂。1993年至1998年进行车站改良工程，新建车站大楼与拓宽月台（大手町方向从6.0米拓宽至6.99米，池袋方向月台从6.0米拓宽至6.39米）。

茗荷谷站前巴士停留所

都营巴士大冢制药营业所

东京地下铁小石川检车区

拓殖大学文京校园

御茶之水女子大学

筑波大学东京校园（东京教育大迹地）

东洋大学白山第2校园（旧最高裁判所书记官研修所迹地）

放送大学东京文京学习中心

小石川植物园

区立第一中学校

洼町东公园

Christian屋敷迹

区立小石川图书馆

茗会馆

筑波大学附属中学校、高等学校

贞静学园

竹早公园

竹早网球场

新日本妇人之会中央本部

教育之森公园

文京体育中心

茗荷谷站前有多条巴士线路，包括都营巴士往返大冢站、池袋站东口、锦糸町站、东京巨蛋城等地。文京区社区巴士Bーぐる也在此站提供服务。