中国科学院昆明植物研究所（英文名称：Kunming Institute of 植物学, Chinese Academy of Sciences，以下简称“昆明植物所”），中国科学院直属科研机构，是中国植物学、植物化学领域重要的综合性研究机构，位于中国云南省昆明市蓝黑路132号，所长为普诺·白玛丹增，党委书记是李宏伟。

昆明植物所的前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所，1950年4月，转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站，1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站，1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。20世纪40年代，引种美烟大金元，试种栽培证明适生性，培育优质种苗，助力云南省烟草业发展；20世纪50年代，投身橡胶宜林地考察，确定橡胶种植适宜区。1958年提出建立“自然保护区”，1999年提出建设“种质资源库”，2001年批准建设云南省第一个国家重点实验室。2007年2月6日，中科院部批准成立“生物多样性与生物地理重点实验室”，在昆明植物所举行揭牌仪式。2017年1月1日，昆明植物所中文门户网站完成改版优化并正式上线。 2018年2月9日，昆明植物所与兰州大学签署全面合作协议。2020年7月9日，昆明植物所入选首批昆明市重点科技成果转移转化示范服务机构。2022年7月18日，昆明植物所三个野外台站修缮项目顺利通过验收。2023年12月28日，云南省生态环境厅、中国科学院昆明植物研究所联合发布《云南大型真菌图志》，填补了云南真菌志的空白。昆明植物所相继编研《中国植物志》（中英文版）、《云南植物志》《西藏植物志》《中国种子植物区系地理》等专著；以及研发了“天麻素”“宫血宁胶囊”“青阳参”“咽康舒片”等新型药物；解决天麻、松乳菇、块菌人工栽培，突破羊肚菌产业化关键技术，选育云南山茶、杜鹃、报春、兰花等新品种，破译茶树基因组。

昆明植物所有国家级科研平台3个，省部级科研平台8个；建有两个科学植物园，拥有1个国家级野外台站和1个院级野外台站以及5个省级野外台站。目前在册职工587人，其中包括3位中国科学院院士。并有生物学和药学专业2个一级学科，下设4个二级博、硕士培养点以及2个专业型硕士培养点，在读研究生共676人。

研究所前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。

中国学者钟观光开国人赴云南省采集之先河，1919年到大理白族自治州采集标本。此后，秦仁昌、蒋英、郑万钧、汪发缵、郝景盛、刘慎谔、俞德浚、蔡希陶、王启无、冯国楣等先后入滇采集，为昆明植物所前身云南农林植物研究所的成立奠下基础。

1938年，北平静生生物调查所和云南省教育厅合办的云南农林植物研究所成立，胡先骕任所长（1938-1950），严楚江任副所长（1938-1940），次后，汪发缵（1938-1940）、郑万钧（1940-1943）、俞德浚（1943-1947）、蔡希陶（1947-1950）任副所长， 成员包括胡先骕、严楚江、汪发缵、唐进、陈封怀、陈焕镛、匡可任、王启无、郑万钧、俞德浚、张伯英、蒋英、蔡希陶等著名植物学家。在云南省政府的支持下，研究所进行了包括森林树种、经济植物、药用植物的调查采集、烟草的引种栽培试验、云南松地理种源的生态习性观察和重要乔灌木植物的繁殖试验等多项研究。

1950年，昆明解放后，原云南农林植物研究所被接收改建为中国科学院植物分类研究所昆明工作站，蔡希陶任主任。 在中国科学院和植物研究所的领导和部署下，昆明工作站集中主要科研人员参加了橡胶宜林地考察、经济植物的引种栽培试验研究、茶花的生物学特性观察和栽培栽培研究、云南省热带生物资源考察和中苏联合考察紫胶寄主植物资源联合考察等与国家经济建设密切相关科研任务。建立了植物分类组、种苗组、标本分类组、植物园、图书资料组等科研组织，筹建元江保植站。此期间，一批大学毕业生分配到所工作，增加工作站的新生力量。

1957年，三幢品字形科研大楼竣工，极大改善昆明工作站的科研硬件条件。昆明工作站的科研工作紧密结合国家需求是这一时期的特点。 1958年，开始筹建昆明植物研究所，向中国科学院上呈报昆明工作站转升昆明植物研究所的请示报告。 1959年，中国科学院批准成立中国科学院昆明植物研究所，任命吴征镒为所长，蔡希陶、蒲代英为副所长。同年，开建中国科学院西双版纳热带植物园，蔡希陶兼任主任，周凤翔任副主任。 1962年，改为中国科学院植物研究所昆明分所，吴征镒任所长，蔡希陶、蒲代英任副所长。 1966年，昆明分所的科研单元有植物分类研究室、植物资源化学研究室、植物生理研究室、昆明植物园、地植物组、土壤组等研究单元，西双版纳热带植物园、大勐笼热带森林生物地理群落站、丽江高山植物园、元江引种站的建成，扩大了研究所研究领域的覆盖面。昆明植物所进入新的发展阶段。 同年，文化大革命开始，原所领导靠边，成立革命委员会筹备组，罗鸿源任组长，李生堂、张斌任副组长。 1968-1970年，成立中国科学院植物研究所昆明分所革命委员会，主任暂缺，何泰怡、刘忠福、蔡友昌任副主任。 1970年，整所下放云南省管理，改为云南植物研究所，归口云南省科委领导。 1971年，吴征镒任所革命委员会主任，增加赵元祯（1971-1976）、晋绍武（1974-1976）、陈家杰（1975）、张敖罗（1975-1976）、段亚华（1975-1976）为副主任。中国科学院西双版纳热带植物园改为云南热带植物研究所，归口云南省科委和西双版纳自治州双重领导。 整个文化大革命期间，军宣队、工宣队进驻研究所，以“文革”为主，延续十年，科研基本停顿，时光耽误。所幸昆明植物所的整体建制和主要实施设备未受重大损坏。1976年后，迎来科学的春天，昆明植物所犹如青春焕发，得以迅速复兴。

1978年，中国科学院决定收回原属研究所，改为中国科学院昆明植物研究所，原所革命委员会于1979年撤销，恢复所长制，中国科学院任命吴征镒为所长，蔡希陶（1979-1981）、张敖罗（1979-1983）、徐达（1980-1986）、周俊（1980-1986）、车奇云（1982-1983）为副所长。时云南热带植物研究所更名为中国科学院云南热带植物研究所。

1983-1986年，中国科学院任命吴征镒为名誉所长，周俊任代所长，1985年，正式任命周俊为所长，苏蓉生（1983-1985）、王守正（1983-1986）、陈书坤（1985-1986）为副所长。

1987年，中国科学院决定调整云南省的生物研究所，将云南热带植物研究所的群落室与昆明分院生态研究室合并建中国科学院昆明生态研究所，其他部分合并昆明植物所，新建民族植物研究室。吴征镒任名誉所长，周俊任所长，裴盛基、陈书坤、王守正（1987-1988）、许再富任副所长。1990-1994年，中国科学院任命孙汉董为所长，许再富、吕春朝、辛正才为副所长。1995-1998年，中国科学院任命许再富为所长，郝小江为常务副所长、吕春朝为副所长。1996年底，中国科学院决定中国科学院西双版纳热带植物园从昆明植物所建制分出，昆明生态研究所整所并入西双版纳热带植物园。许再富任调整后的西双版纳热带植物园筹建组长。

1987年和1996年经历两次重大体制调整后，在国家和中国科学院的关怀和支持下，昆明植物所建成植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、生物地理与生物多样性院重点实验室和中国西南野生生物种质资源库等重点研究单元，学科布局和科研特色进一步优化；综合科研大楼、国家重点实验室大楼、种质资源库大楼、标本馆、图书馆、物业中心大楼、研究生公寓和文化广场等竣工，科研区建设焕然一新；科研实施设备和仪器装备得到大幅提升；研究生培养体系进一步完善，科研队伍的素质、结构和数量空前提高和改善，一代年轻而优秀的科技人员肩负着科技创新的重任，昆明植物所进入崭新的知识创新发展时期。

1999年提出建设“种质资源库”，为国家生物多样性保护提供前瞻性、战略性良策；2001年批准建设云南省省第一个国家重点实验室，为植物化学学科发展和西部植物资源的可持续利用提供了战略支撑。2005年6月，ARP项目所级系统全面启动，中科院领导与各研究所领导签署ARP上线协议书。 同年，昆明中国科学院植物研究所政务信息工作被评为2005年院政务信息工作先进单位和先进个人，全院排名第7。2006年7月24日，昆明植物所启动“建所纪念日”活动，决定在每年的今天，举行升国旗仪式、举办纪念会、为获各类荣誉的职工授奖和举办科普活动等系列活动。 2007年2月6日，中科院部批准成立“生物多样性与生物地理重点实验室”，在昆明植物所举行揭牌仪式。同年11月9日，中科院办公厅在成都组织召开中科院办公室业务工作会议，昆明植物所获得“信息宣传管理工作先进集体”称号。  2008年11月19日，中共中央政治局常委、中央书记处书记、国家副主席习近平同志，在云南调研期间，到中科院昆明中国科学院植物研究所视察工作。 

2017年1月1日，昆明植物所中文门户网站完成改版优化并正式上线。同年3月，昆明植物所昆明植物园获得2016年度“优秀全国科普教育基地”称号，也是目前云南省唯一获此称号的单位。 2018年2月9日，昆明植物所与兰州大学签署全面合作协议。 2019年3月3日至6日，昆明植物所赴西安高校推进“科学教育融合协同育人行动”计划。 2020年7月9日，昆明植物所入选首批昆明市重点科技成果转移转化示范服务机构。 同年12月8日，中知（北京）认证有限公司向昆明中国科学院植物研究所签发了《知识产权管理体系认证证书》，认证其符合《科研组织知识产权管理规范》（GB/T33250-2016）国家标准，认证范围覆盖植物繁殖生态与适应性进化、植物化学与天然药物化学、植物种质资源保藏与利用、民族植物学与区域发展、资源植物与生物技术的科学研究、技术开发、成果转化的知识产权管理。昆明植物所成为云南省首家通过《科研组织知识产权管理规范》国家标准审核认证的科研机构。  2021年5月11至12日，昆明中国科学院植物研究所荣获2021年中国科学院科普讲解大赛优秀奖。 同年12月，昆明植物所所办期刊均入选2021年国际影响力TOP期刊榜单。其中Fungal Diversity入选“中国最具国际影响力学术期刊”（TOP 5%），Plant Diversity 和 Natural Products and Bioprospecting入选“中国国际影响力优秀学术期刊”（TOP 5-10%）。 2022年7月18日，昆明中国科学院植物研究所三个野外台站修缮项目顺利通过验收。同年10月10日，《生物多样性公约》缔约方大会第十五次会议（COP15）执委办同意将中国科学院昆明植物研究所“扶荔宫”生物多样体验园作为COP15永久性成果展示点。

2023年5月13日，昆明植物所在昆明植物园内举行第十九届公众科学日活动，吸引众多小学生在内的民众，参与种子采集大PK、识毒菌、探秘扶荔宫、拍摄葱花等活动，探秘植物多样性故事。同年12月28日，云南省生态环境厅、中国科学院昆明植物研究所联合发布《云南大型真菌图志》，填补了云南真菌志的空白，也是目前中国省级最大的大型真菌图志，共收录云南省大型真菌33目127科399属1341种。2024年，昆明植物所在交让木生物碱催化不对称全合成研究方面获进展。同年7月，昆明植物所组织召开“学党纪 促攻坚”2024年党建工作推进交流会。

截至2024年7月11日，昆明植物所有在册职工587人（岗位聘用362人、项目聘用225人），中国科学院院士3人，高级专业技术职称人员217人，研究生指导教师145人。现有生物学和药学专业2个一级学科，下设有植物学、生物化学与分子生物学、药物化学和药理学4个二级博、硕士培养点以及生物与医药和药学2个专业型硕士培养点。在读研究生676人，其中博士研究生261人，含留学生18人；硕士研究生415人，含留学生11人。

昆明植物所现有国家级科研平台3个：植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、中国西南野生生物种质资源库、国家重要野生植物种质资源库。省部级科研平台8个：中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室、云南省天然药物化学重点实验室、云南省野生资源植物研发重点实验室、云南省极小种群野生植物综合保护重点实验室、云南省真菌多样性与绿色发展重点实验室、云南省作物野生近缘种现代组学重点实验室（筹）、天然药物活性筛选国家地方联合工程实验室(云南)、云南省野生特色观赏植物创新工程研究中心；建有两个科学植物园：昆明植物园和丽江高山植物园。国家级野外台站1个：云南丽江森林生物多样性国家野外科学观测研究站。院级野外台站1个：独龙江森林生态系统野外科学观测研究站。省级野外台站5个：丽江森林生态系统云南省野外科学观测研究站、迪庆白马雪山高山冰缘生态系统云南省野外科学观测研究站、高黎贡山森林生态系统云南省野外科学观测研究站、红河农林复合生态系统云南省野外科学观测研究站、滇东南热带山地森林生态系统云南省野外科学观测研究站。

2023年，研究所依托植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室的良好基础，整合全所优势科研团队，联合中国科学院大连化学物理研究所，牵头组建的“植物化学与天然药物重点实验室”获中国科学院批准启动建设；同时，研究所作为共建单位参与组建的“植物多样性与特色经济作物重点实验室”也获中国科学院批准启动建设。

昆明植物所现主办有3个英文学术期刊：Plant Diversity (PD)、Natural Products and Bioprospecting (NPB)和Fungal Diversity (FD)。《植物多样性》最新影响因子为4.8，首次进入植物科学领域Q1区，并入选中国科学院一区期刊；2023年获得首个影响因子为4.7，在Web of Science核心合集收录的化学药学领域的70种期刊中排名29，位列Q2区，并入选中国科学院三区期刊；《真菌多样性》影响因子达20.3，位居全球真菌学科领域期刊之首，入选中国科学院一区期刊。三本期刊均入选2023年国际影响力TOP期刊榜单，其中Fungal Diversity入选中国最具国际影响力学术期刊，另外两刊入选中国国际影响力优秀学术期刊。

截至2015年12月31日，该所植物标本馆（KUN）馆藏标本140余万份，是中国第二大植物标本馆。标本馆收藏植物标本120多万份，图书馆藏书27万册。

2017年4月10日，北京博奥生物有限公司集团有限公司暨生物芯片北京国家工程研究中心程京院士一行访问昆明植物所并签署战略合作协议。同年10月12日，昆明植物所所长孙航，党委书记、副所长杨永平，副所长陈纪军等一行7人访问陕西师范大学并签署“科教结合协同育人”战略合作协议。12月21日，昆明植物所党委书记、副所长杨永平在深圳与仙湖植物园主任张国宏签订科技战略合作协议。 

2018年2月9日，昆明植物所与兰州大学签署全面合作协议。  

2019年6月28日，昆明植物所与西南林业大学签署战略合作协议，共同为应用真菌研究所成立揭牌。  

2020年12月11日，中国科学院联盟生物多样性分会2020年理事会会议暨2020生物多样性战略与创新发展论坛在昆明市举办，成员单位在生物多样性保护和资源持续发展利用方面，就项目合作、平台共建、资源共享、成果转化等内容达成诸多共识。 

2021年12月，中国科学院昆明植物研究所与昆明市西华公园正式签署合作协议，将在西华公园合作共建极小种群野生植物保护科普基地，共同探索极小种群野生植物在城市中的迁地保护与应用。

1985年 6月，经中科院批准，昆明植物所与日本山之内制药公司合作进行中草药植物化学成分的研究。 

2001年5月，昆明植物所与英国爱丁堡皇家植物园、云南省农科院合作复建的“丽江高山植物园”启动建设。2006年7月12日，“中英合作复建丽江高山植物园前期工作”通过验收。 

2006年8月19-20日，昆明市植物所和国际植物园保护联盟共同主办的东亚植物园网络第一次会议在昆明召开，正式成立 “东亚植物园网络合作组织”。来自中国、日本、韩国、朝鲜、蒙古等国家和地区的植物园代表出席“网络合作组织”首次会议，商讨2010年全球植物保护战略目标。  

2017年11月22日，由昆明植物所与乌兹别克斯坦科学院植物研究所合作共建的世界首个“中-乌全球葱园（昆明中心）”（China-Uzbekistan Global 葱属 Garden \u003cKunming Center\u003e）建设启动会在昆明植物园东园举行。

2019年6月11日，昆明植物所植物标本馆同哈萨克斯坦“植物学与植物引种”研究所和吉尔吉斯斯坦奥什州立大学签署了合作备忘录。  

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2010-2014年，全所对外争取纵向科研项目总经费3.86亿元，其中，主持国家重大科学研究计划1项，国家科技支撑计划1项，科技基础性工作专项2项，重大新药创制专项1项，国家杰出青年科学基金2项，国家自然科学基金重点项目（含联合基金）17项。

昆明植物所相继编研《中国植物志》（中英文版）、《云南植物志》《西藏植物志》《中国种子植物区系地理》等专著，摸清了中国植物的家底，为植物资源持续利用打下科学基础；研发“天麻素”“宫血宁胶囊”“青阳参”“咽康舒片”“草乌甲素”“神衰果素片”“鞘蕊花”“复方SH”“奥生乐赛特”“灯台叶碱”“芬克罗酮”“LFG-53”等一批新药，为国家天然药物发展做出重要贡献；解决天麻、重阳菌、块菌人工栽培，突破羊肚菌产业化关键技术，选育云南山茶、杜鹃、报春、兰花等新品种，破译茶树基因组，为云南地方经济产业发展提供支撑。   

2022年7月5日，昆明植物所与香港中文大学合作，首次报道了去芳化的异戊烯基取代酰基间苯三酚类化合物的抗结肠癌机制和体内实验结果，为抗结肠癌药物的研发提供了一类新型候选分子。相关研究成果于发表在国际期刊《欧洲药物化学杂志》上。

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中国科学院昆明植物研究所研究生教育始于1956年，1979年开始招收硕士研究生，1986 年开始招收博士研究生。研究所现有2个中国科学院重点学科，2个一级学科生物学和药学，下设植物学、生物化学与分子生物学、药物化学和药理学4个博士学位点，以及植物学、生物化学与分子生物学以及药物化学4个硕士学位点，3个专业型硕士培养点。研究所拥有一支高水平导师队伍和学生开展科研实践的一流科研环境。截至2024年7月11日，全所有指导教师80名，其中院士2人，博士生导师48名，硕士导师32人。在读研究生410人，其中博士研究生194人，在读留学博士生18人，分别来自美国、德国、韩国、巴基斯坦、尼泊尔等国，在读硕士研究生214人。

研究所拥有“三室一库”研究单元，即植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室、资源植物与生物技术重点实验室、中国西南野生生物种质资源库。设有昆明植物园和丽江高山植物园，以及多个国家级前沿科研项目；植物标本馆（KUN）馆藏标本140余万份，是中国第二大植物标本馆。研究所拥有多种大中型现代仪器设备，如400 兆和500 兆超导核磁共振仪、高分辨质谱仪、超速冷冻离心机、激光共聚焦显微镜、高通量测序仪、大型人工气候箱群等。标本馆收藏植物标本120 多万份，图书馆藏书27 万册。为学生培养提供了宏大的科研实践平台。

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截至2015年12月31日，研究所已培养研究生1075人，其中硕士生431人，博士生542人。自2004年至今,共获中国百篇优秀博士学位论文2篇，中国科学院优秀博士学位论文6篇，600多名毕业生获中科院院长奖学金、各类冠名奖和优秀学生称号。 

中国科学院昆明植物研究所所训：原本山川、极命草木

2024年7月，德清县的小邓女士在网上发文称，整个6月都在下雨，家里的苹果都发霉长蘑菇了。引起中国科学院昆明植物所的关注，并联系博主取得苹果公司进行研究。中国科学院昆明植物研究所教授级工程师赵琪表示，苹果上的蘑菇实为裂褶菌（糙海参），是很著名的食用菌，一般长在腐木上，也作为植物病原菌存在，之前有报道过长在桃子上面，但苹果上应该是头一次。这株菌株非常强壮，有研究价值。7月8日收到苹果后，中国科学院昆明植物研究所课题组把苹果的果肉、果核、果柄等分开，分离出不同部位的菌丝，提取了白参子实体的脱氧核糖核酸序列，鉴定出该菌株属于裂褶菌，进一步分离、纯化菌丝，做成液体菌种后，7月20日进入栽培实验阶段。8月16日上午和中午，小邓女士收到两箱分别从中国科学院昆明植物研究所和该所委托贵州毕节种植基地寄来的苹果白参菌。对于苹果长蘑菇，赵琪称，糙海参一般生长在pH值6-7的环境中，pH值低（酸度较大）的水果上很难长出肉眼可见的真菌。网友小邓寄来的苹果长出白参有两种解释，一是果柄处有伤口，白参孢子侵染果柄并扩散到果核，如温度、湿度适合，子实体就可以从苹果顶部长出来；二是孢子先侵染苹果树，扩散到果实中。他认为第一种可能性较大，白参适宜生长在温度5℃-30℃，相对湿度超过70%的环境中，6月是江浙的梅雨季，提供了良好的生长环境。