上世纪九十年代至本世纪初，马长生曾长期担任中国法学会理事，湖南省法学会副会长，中国青少年犯罪研究会理事，湖南省青少年犯罪研究会副会长等学术组织职务。1993年被湖南省社科院聘为特邀研究员,1995年被中国人民大学国际刑法研究所聘为特约研究员,2005年6月被山东大学刑事司法与刑事政策研究中心聘为客座研究员,2005年10月被北京师范大学刑事法律科学研究院聘为兼职教授。系国务院政府特殊津贴获得者，首届“中国法学优秀成果奖”获得者。

马长生教授大学毕业后较长时间从事政法工作，曾任湖南省人民检察院研究室副主任，湖南省政法委调研处处长，湖南省综治办副主任。1992年1月任湖南省政法管理干部学院副院长,1995年8月获法学副研究员任职资格，1998年8月获法学研究员任职资格，2001年11月任湖南师范大学正校级督导员。

30多年来，马长生教授在长期从事政法工作和高校行政管理工作的同时，充分利用一切业余时间坚持进行学术研究与科研活动，先后出版学术著作、教材等20余部（含主编、合著），在《中国法学》、《政法论坛》、《法学论坛》、《法学》、《现代法学》、《法学家》、《法学杂志》、《求索》和暨南大学、中南大学等部分高校学报及《法治日报》、《检察日报》和香港特别行政区的《环球新闻时讯》等报刊发表学术论文、调查报告及其他文章120多篇，其中多篇论文被中国法学会刑法学研究会负责人、著名刑法学家高铭暄、赵秉志教授等编入《新中国刑法学五十年》（中国方正出版社2000年版）、《刑法学研究精品集锦》（法律出版社2000年版）、《改革开放30年刑法学研究精品集锦》（中国法制出版社2008年版）等。多年来，先后已有20余部（篇）科研成果获奖，其中获省部级奖励8项，包括中华人民共和国最高人民检察院颁发的一等奖2项，二等奖1项；中国法学会颁发的三等奖2项；湖南省优秀社科成果奖3项。2008年12月1日，马长生教授参加了在人民大会堂召开的颁奖大会。他与其指导的硕士生彭新林合写的长达2万余字的论文《关于我国刑事政策改革的一点构想—论社会主义法治理念下的前科消灭制度》，被授予“首届中国法学优秀成果奖”论文类三等奖。这是中国法学会组织数十名专家，从改革开放30年来的法学成果中评出的40项（其中著作类23项，论文类17项）优秀成果之一，也是湖南省唯一入选该奖项的成果。

马长生教授曾多次应邀参加国际学术会议。1996年7月在大连市参加“犯罪控制与公众参与国际研讨会”,1997年4月在香港特别行政区参加“违法犯罪青少年的惩教与康复”学术研讨会,1998年8月在韩国汉城(后改称首尔特别市)参加第12届国际犯罪学大会,2000年12月在北京参加“世纪之交刑法学研究的热点问题”国际学术研讨会,2002年12月在湘潭市参加“中国—欧盟死刑问题国际研讨会”,2003年8月在韩国釜山参加由韩国比较刑法学会主办的“2003年夏季国际学术研讨会(危险社会的刑事对策)”,并在中国法学会刑法学研究会代表团的安排下，同著名刑法学家马克昌教授一起，应邀在韩国刑事政策研究院先后发表学术演讲。马长生教授在国际学术研讨会上发表的学术观点，曾被国内外诸多媒体和学术刊物报道与发表，产生了一定影响。

马长生教授于2003年还以湖南省法学会副会长的身份，代表湖南省法学会，联系湖南省五所大学的法学院和湖南省政法机关共同参与，具体组织领导承办了中国法学会刑法学研究会2003年年会，取得了圆满成功。

从20世纪八十年代以来，马长生教授特别关注腐败犯罪的惩治与预防，先后出版了《经济犯罪的定罪与量刑》(1988年),《渎职犯罪的定罪与量刑》(1989年),《腐败犯罪学研究》(2002年),《刑法热点问题研究》(2003年),《国际公约与刑法若干问题研究》(2004年),《经济犯罪热点问题研究》(2005年),这些著作从不同角度对腐败犯罪发生的原因，防治的措施，个罪的定罪与量刑等诸多问题进行了有价值的研究与探讨。马长生教授与中国社科院法学所资深学者欧阳涛先生共同主编并由马长生为主撰写的《经济犯罪的定罪与量刑》，是我国全面研究经济犯罪的早期著作，被陈兴良博士主编的《中国法学著作大词典》(中国政法大学出版社1992年版)称为“从理论与实践的结合上，较为系统地、科学地论述了有关经济犯罪的情况、特点、原因、预防等一系列理论问题，阐明了经济犯罪定罪量刑的有关问题，对于促进我国经济犯罪的理论研究具有一定的意义。”中国政法大学刑法教研室资深学者王志文先生在《湖南法学》1990年第一期发表书评认为，欧阳涛、马长生主编的《经济犯罪的定罪与量刑》“既解决了经济犯罪的许多理论问题，又解决了司法实践中有关经济犯罪定罪与量刑的许多实际问题，显示了本书的理论深度、较大的科学价值和司法实践的现实意义，对于刑法学界有关经济犯罪理论研究和司法实践中更有力地同经济犯罪作斗争，均有一定的推动和促进作用。”这部著作于1991年5月被湖南省法学会授予“湖南省法学研究优秀成果”一等奖，1992年4月被湖南省委、省政府授予“湖南省首届社会科学优秀成果”三等奖。马长生教授还主持了由湖南省社科成果评审委员会、湖南社科界联合会1999—2000年立项的重点科研课题《腐败犯罪学研究》，并与蔡雪冰教授合作，在《中国青年政治学院学报》2000年第三期、《法学杂志》2001年第三期先后发表学术论文《关于构建腐败犯罪学的几个问题》、《腐败犯罪学论要》，率先提出将腐败犯罪学作为一门新的学科来构建。《腐败犯罪学研究》在中央党校教授林博士的积极参与下顺利结项，并由北京大学出版社有限公司于2002年出版。这部著作被学界认为是将腐败犯罪学作为一门学科进行研究的首部著作。马长生教授主编的《国际公约与刑法若干问题研究》由北京大学出版社于2004年12月出版后，中国法学会刑法学研究会会长、著名刑法学家赵秉志教授在《检察日报》发表书评，认为该书开创了“刑法学研究的新境域”。

马长生教授在研究经济犯罪与职务犯罪的同时，还关注着公务人员特别是司法人员的廉政建设、职业道德建设和法治观念的提高，先后为主撰写和出版了《公务人员法制常识读本》（中国人事出版社1992年版）、《政法职业道德概论》（群众出版社1993年版）、《依法治省研究》（湖南人民出版社2000年版），并先后发表论文《增强法制观念是精神文明建设的重要一环》（1996年）、《论新时期执政党党员的法治修养》（2000年，第一作者）。后文被中国人民大学书报资料中心《中国共产党》2000年第8期全文转载，并被《新华文摘》2000年第10期摘发了主要论点。

马长生教授还对刑事诉讼中的被害人、犯罪嫌疑人、被告人与罪犯以及刑满释放人员的人权保障问题给予了较大的关注，先后发表了《论刑事司法实践中保护被害妇女名誉问题》（1996年）、《论私分国有资产罪中涉案单位的法律地位—国有单位在“私分”案中是受益人还是受害人》（2006年，第一作者）、《面对死刑的人的诉讼权利的保障》（2004年，第一作者）、《论刑事诉讼中强制措施的完善—现行审前羁押制度考察》（2005年，第一作者，获最高人民检察院颁发一等奖）、《努力探索中国式刑罚执行的非监禁方式—我国社区矫正工作展望》（2006年，第一作者）、《论刑事错案的原因与预防—以刑事检察权的运行为视角》（2007年，第一作者，获中华人民共和国最高人民检察院颁发一等奖）、《论佘祥林规则》（2007年，第一作者）、《“严格限制死刑”政策视野下的死缓适用扩大论》（2007年，第一作者）、《关于我国刑事政策改革的一点构想—论社会主义法治理念下的前科消灭制度（2007年，第一作者，获“首届中国法学优秀成果奖”论文类三等奖）》等。马长生教授还主持了由最高人民检察院2003年立项的重点课题《刑事检察环节的人权保障》，形成7万多字的研究成果，该成果已编入最高检察院检察理论研究所所长张智辉教授主编的《中国检察》第8卷，由北京大学出版社有限公司于2005年出版。

马长生教授对青少年犯罪和社会治安综合治理也给予了一定的关注，发表了一些有一定影响的文章。他撰写的《病态友谊、自发团体与团伙犯罪》（载《法学季刊》1986年第1期）被中国青少年犯罪研究会收入《中国青少年犯罪研究年鉴》（春秋出版社1988年版），并于1990年10月被中国青少年犯罪研究会授予“中国青少年犯罪研究十年优秀成果”三等奖，1991年5月被湖南省法学会授予“湖南省法学研究优秀成果”二等奖。他撰写的调查报告《“四长”负责制与社会治安综合治理—关于湖南省石门县建设有效预防犯罪的社区之调查》（载《青少年犯罪研究》1996年第9期），被湖南省委政策研究室和湖南省政策科学研究会授予“湖南省县以上领导干部优秀调查报告”三等奖，被湖南省社会治安综合治理研究会授予“八五”期间优秀政法综治调研文章二等奖，被收入郑培民主编、文选德执行主编的《湖南新时期社会科学优秀成果荟萃》（湖南人民出版社1999年版）。