新疆农垦科学院畜牧兽医研究所成立于1979年，主要从事与养殖业有关的各项研究工作及技术推广和服务工作。所现有科研人员42人，其中研究员4人，副研究员8人，助理研究员10人。政府特殊津贴专家8人，人事部、农业部有突出贡献专家4人，兵团学术技术带头人5人。
新疆农垦科学院畜牧兽医研究所成立于1979年，主要从事与养殖业有关的各项研究工作及技术推广和服务工作。所下设胚胎工程研究室、
基因工程研究室、动物营养研究室、草畜研究室、疫病防治研究室、新疆农垦科学院超细型种羊场、畜产开发公司、三方蜂业有限公司。
所现有科研人员42人，其中研究员4人，副研究员8人，助理研究员10人。其中博士2人，在读博士7人，硕士9人，在读硕士6人，大学本科以上学历35人。政府特殊津贴专家8人，人事部、农业部有突出贡献专家4人，兵团学术技术带头人5人。建所以来主持和承担多项国家、省部及兵团科研项目，为国家培育了中国美利奴（军垦型）超细、细型、肉用、多胎品系及
阿勒泰市肉用细毛羊，取得了多项国家技术发明专利；仅2000年以来共主持国家、省部级项目20项，获得国家科技进步
一等奖1项，兵团科技进步一等奖3项，
二等奖5项。发表研究论文150余篇，出版项目论文集2册。为兵团畜牧业生产和发展做出了突出贡献。
目前，在
细毛羊生产培育上，我所仍然承担着国家和相关部委以及兵团支持的多个相关项目，在优质细毛羊基地建设与技术示范等许多方面开展着一系列工作，具体包括：羊场规划设计及管理；品种选育与生产模式优化配套；繁殖与经济杂交利用；营养需要、饲养标准和饲养调制；种羊、羔羊、育成羊的饲养管理；羔羊培育与育肥和疾病防治等；尤其可提供优质细毛羊、
肉羊品种种羊及冻精、胚胎以及移植技术服务。
在
奶牛、
肉牛生产上，我所能够提供多项服务，包括：牛场和牛舍环境建设、优良种畜选择、培育，体型外貌及其鉴别；奶牛、肉牛营养需要，奶牛生产及肉牛育肥与饲养管理技术；肉牛杂交所涉及的发情鉴定、人工授精、
妊娠诊断等繁殖技术；常见繁殖疾病防治；集约化奶牛场牛
病毒性肠炎病毒（BVDV）检测与防治等。
在牧草栽培上，我所可面向社会提供：优良牧草品种选择；天然草场改良；高产草地建植；
禾本科、
豆科高效栽培；杂草管理；牧草割；
青贮饲料调制；草产品加工、利用等技术服务。
畜牧所结合
省部共建大学国家重点实验室培育基地―兵团
绵羊繁育
生物技术的学科建设，还应用生物高技术开展了多项基础与应用基础研究，如利用分子标记辅助育种技术进行肉用多胎绵羊新品种培育；应用外基因导入对鸡胚发育的影响，以求探索动物生产人类器官的前沿基础工作也正在按计划实施；绵羊生殖道
抗菌肽的分离纯化已经获得了2个新的抗菌肽和一个色氨酸蛋白酶抑制剂；将
反刍亚目常见寄生虫―
绦虫纲作为
模式生物研究器官发育相关基因项目已经获得了8个新的表达序列标签，其中部分基因经分析与
细胞分化功能有关，具有极大的研究利用价值。此外，还利用分子检测技术系统研究了新疆集约化奶牛场牛
病毒性肠炎病毒（BVDV）的遗传进化规律，初步确立了主要流行毒株及其新的亚型。对于牛、羊性控及多胎等重要生产性状的
基因检测，目前已建立了基因芯片检测技术平台，为大规模推广使用该技术奠定了重要的技术储备和人才队伍。
畜牧兽医研究所在
刘守仁院士的指导下，学术团队将更加趋向于年轻化、高学历化，更富有开拓精神，达到创新型国家建设对地方农业科研院所的要求。研究所在上级各有关部门的正确指导和大力支持下，还将继续以解决兵团生产实际问题为工作的出发点，在优质品种
绵羊的推广利用、利用绵羊作为
生物反应器的转基因动物研究、
奶牛BVDV和
戊型病毒性肝炎等疾病的防治以及利用模式动物研究人类相关功能未知基因平台建设上将配备精兵强将，以解决生产实际问题为工作基准，在基础研究领域有所为有所不为，选准突破点，为兵团“十一五”顺利完成“6221工程”的畜牧业腾飞提供有力的技术支撑和保障。