外囊菌亚门（Taphrinomycotina）是
子囊菌门的一个比较原始的分支，其他菌种大多数是由其进化而来。最新的分子生物学研究表明，该
亚门是单源的。其主要包括Schizosaccharomycetes、Taphrinomycetes、Neolectomycetes和Pneumocystis等四大类群。Schizosaccharomycetes是一种以分裂而不是伸长产生子代的酵母，与大多数酵母不同。Taphrinomycetes是一种
寄生在植物上的双形菌，它们在受感染的植物中具有酵母状态和菌丝状态，但不寄生在根部。Neolectomycetes是一种仅包含Neolecta属的菌类，它们是该
亚门中唯一形成
子囊果的菌类，并且特别是在根部的尖端生长。Pneumocystidomycetes也包含仅一种酵母，即Pneumocystis，其中一种会在人类肺部形成
囊虫病，导致
肺炎。