当时的贸易参加者也包括高丽。日本的主要贸易据点包括
越前国敦贺（在今
福井县）和镰仓时代众多宋人居住的国际都市博多（在今
福冈县）。
宋朝成立后不久为振兴贸易在各地设置市舶司，与高丽、
日本、东南亚和南亚等发展贸易。日本则在大宰府监督下进行贸易，建有鸿胪馆（接待、交易的机关）。但中日间并无正式的外交贸易，仅限于私人贸易，宋商多行至博多与越前敦贺作交易。贸易是日本朝廷经营的，外国
商船抵达后鸿胪馆通知大宰府，并派信使从大宰府前往朝廷。朝廷派出唐物使，优先购买
佛教经典、
佛像、佛具、药材、香料等朝廷及贵族需要的物品。其余的商品由当地豪族和有影响的寺社购入，此一买卖方式称为“官司先买”。商人在鸿胪馆停留3到6个月，住宿和膳食由鸿胪馆提供。
越前守平忠盛得到
肥前国神崎庄的领地后独自进行交易，将外来的货品进献给院（执政的太上皇），获得近臣的地位。平氏政权成立后，平氏输出其控制下的伊势出产的
汞。
平治之乱前的1158年，平氏首领
平清盛在博多筑建首个
人工港，大力发展贸易，并驱逐
寺院与
神社等势力，掌握了
濑户内海的航路。平家与皇族参拜
严岛神社的航路也成了日宋间贸易的航路。1173年，扩建福原的外港大轮田泊（今
神户港），三月，与
宋朝建立正式国交，施行振兴贸易的国策。隔年，
明州知事赵伯圭访问平氏政权的都城
福原京，与平清盛就贸易事宜进行会晤，双方互通书信、互赠礼品，之后
后白河天皇更向
南宋致赠方物。不过，宋钱（宋朝铸造的
铜钱）的大量流入也导致了
通货膨胀，引发了一定的社会不安定。事实上
日本在此之前根本无“通货”可以膨胀或紧缩。
平氏政权灭亡之后的镰仓时代，中日之间无正式邦交，但
镰仓幕府认可民间贸易，甚至也向博多派遣
货船。如
杭州市商人
谢国明即赴日定居于博多从事贸易。直至南宋末期，一直有贸易往来。武士阶层信仰的
禅宗思想受掌权的北条氏得宗家保护，民间的僧人可乘贸易船渡日。
日本方面亦有渡来
宋朝（始于
北宋）的商人、僧侣。
中原地区方面主要据点为
明州（今浙江宁波）。
南宋灭亡后元日之间也有贸易往来，但相关史料匮乏，原因可能是中国商人难以居于
日本。到1401年（应永8年）
明日贸易正式恢复之前以私营贸易为中心，正式的交流是日本南北朝时代
南梁方的
怀良亲王朝贡，被封
日本国王印的记录。
南宋输入日本的货物有宋钱、陶瓷、绢织品、书籍与文房四宝、香料与药品、绘画等美术品等。日本输入南宋的货物有铜、
硫等矿物、西部所产的木材、
日本刀等工艺品等。输入日本的宋钱对日本的货币使用起了推动作用，而
佛教经典的输入对
镰仓市时期的佛教变革（
净土思想的普及与
禅宗思想的传入等）有一定影响。此外，
日本输出的货物还包括西部所产的木材罗板。输入日本的宋钱不仅推动了货币使用，还引发了
通货膨胀，这是因为日本在此之前根本无“通货”可以膨胀或紧缩。