南京医科大学第四临床医学院渊源于“江苏医学院”1953年成立的儿科学教研组。同年开始招收儿科学五年制本科生。1959年12月成立小儿科系。1962年起始招收三年制硕士研究生。1981年“儿科学”被国务院首批批准为硕士学位授予点，1986年又被批准为博士学位授予点。1994年“儿科学”被江苏省人民政府评为省级重点学科。1999年又被国家教委授予“儿科学博士后流动站”。1999年7月，撤消儿科系，成立第二临床医学院。2007年1月，为优化整合临床教育资源，提高办学效益，在原第二临床医学院的基础上，新组建第四临床医学院。

其构成为“四院一所一中心”，即附属脑科医院、附属南京儿童医院、附属南京市妇幼保健院、附属眼科医院、儿科医学研究所及国际整形美容中心。其中有三所三级甲等医院，学科力量较强，儿科学为江苏省重点学科，神经病学、精神病与精神卫生学、小儿心胸外科为校级重点学科。儿科学、神经病学为博士点，精神卫生学、应用心理学为硕士点。小儿科医学研究所下设儿童保健、小儿肾脏病两个研究中心，儿童营养、小儿肾脏病的相关研究处于国内一流水平，为保持专业特色打下了良好基础。国际整形美容中心形成以韩国整形技术为鲜明特色的国内最大韩国整形美容输出机构，2008年国内医疗整形美容机构评比，综合实力排名局国内三强。学院下设临床医学专业中的四个专业方向，即儿科医学、精神医学、生殖医学、眼视光。今后招生方向调整为小儿科医学七年制、眼视光学四年制。

学院现有教研室18个，博士生导师5人，硕士生导师47人，教授27人，副教授63人，研究生101人，七年制学生202人，本科生394人，毕业生总数1541人，整体就业率达96.7%。