2000年10月，
江苏省人民政府批准组建江苏省疾病预防控制中心，是直属省卫健委的公益性事业单位，2002年3月来，增挂省卫生检测检验中心、省
公共卫生研究院。
坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，在省委省政府和省卫生健康委领导下，积极倡导“团结、奋进、求实、创新”疾控精神，履行疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置等职能，有效应对“
严重急性呼吸综合征”、新冠肺炎疫情，驰援5.12汶川特大地震抗震救灾工作，处置9.14汤山
南京汤山投毒案、婴幼儿毒奶粉、
地沟油、小龙虾事件，援助非洲塞拉利昂抗击埃搏拉疫情，对口支援
拉萨市、
伊犁哈萨克自治州和
克孜勒苏柯尔克孜自治州，保障
2022年北京冬季奥运会、
上海市世博会，高质量推进建设具有国际影响力的现代化疾控中心，服务“健康
江苏省”，获中央文明委“全国文明单位”，卫生部等部委“抗震救灾医药卫生先进集体”，人社部等部委“埃搏拉出血热疫情防控先进集体”，国家卫生健康委“全国疾病预防控制工作先进集体”，原国家卫生
计划生育委、
中华全国总工会“全国卫生应急技能竞赛团体
一等奖”，中华全国总工会“全国
国际劳动节劳动奖状”等国家级、省部级表彰近200项。