商办福建全省铁路有限公司成立于1906年，当时发布的暂行章程计划在全省修筑干线2条、支线3条。然而截至1906年（清光绪三十二年），共才募集到股本170万多
银元，尽管之后又筹集了一部分的股本，但距建设所需资金还有不小的缺口，于是公司决定先行修筑45公里
漳厦铁路。
1907年（清光绪三十三年）7月18日正式开工，1910年（
宣统二年）5月9日，工程竣工，而余下的工程则因公司募集资金不足，无法继续铺设施工。至此，漳厦铁路成了
福建省第一条铁路。
投入运营后，漳厦铁路几度因不堪亏损而停止营业，并将其有关器材用于修筑抗战工事，而无法拆除的部分则全数予以炸毁，生不逢时的漳厦铁路终于在风雨飘摇的动荡年代里消失了。
1906年7月召开股东会议，成立商办福建全省铁路有限公司，发布暂定章程和招股章程，并选定了董事、办事人员等；章程计划在全省修筑干线2条、支线3条：上游干线为
福州市至
南平市（今
南平市）及
邵武市，并由延平至
建宁县连接
浙江铁路、邵武连接江西铁路，下游干线为福州至
漳州市；支线分别为漳州—厦门嵩屿、
泉州市—东石和福州—
马尾镇。
商办福建全省铁路有限公司招股章程规定：
本公司专招华股，如有为外国人代购股票，及将股票转售、抵押与外国人者，本公司概不承认。因此，
福建省铁路公司的股份主要由福建商界、沪粤同乡及东南亚华侨所认购。截至1906年（清光绪三十二年），共募集到股本170万多
银元。在建设资金不足的情况下，公司经由总工程师陈怡堂、副总工程师王有谷的查勘，决定先行修筑45公里
漳厦铁路，并分两个阶段建设：第一阶段从
厦门市的嵩屿到
漳州市的
江东桥，全长28公里；第二阶段从江东桥到漳州，全长为17公里。
1907年（清光绪三十三年）7月18日，漳厦铁路正式开工；1910年（
宣统二年）5月9日，嵩屿至江东桥段工程竣工，并开始了试运行，而余下的工程则因公司募集资金不足，无法继续铺设施工。
漳厦铁路是
福建省第一条铁路，采用国际标准轨距（1,435毫米）设计，动力为蒸汽机车牵引，采取单线路基并预留地亩以备日后进行双线建设，而路基标高设计在历年洪水最高位以上。该段铁路坡度不大，基本没有长大坡道，但由于位于滨海，沿线河湾较多，而且穿越农业耕种区，因此较多桥梁涵洞。已通车的嵩江一段就有桥梁41座，共计441米，其中最大桥长60米，另有涵洞59个。全路共有蒸汽机车2台，分别为
英国造载重24吨和
美国造载重21.5吨，挂二等车厢2节，三等车厢6节，货运棚车3节，
敞车6节。
铁路通车营业后，经营状况不佳，每个月的收入仅约3000元，支出却超过3000元。清改易，中华民国成立后，
福建省议会决定由财政司每月提拨3000元，但后来该项拨款亦停止，铁路公司因此而无法维持，而其向银行的借款也无以偿付。至1913（民国2年）10月，公司股东会议乃作出决议，推选代表向政府申请将铁路收归国有，至获批准；交通部于次年4月1日起接管厦漳铁路，每月仍然拨款3000元，后又拨款70多万元用于修筑码头。
1923年7月起，厦、漳地区陷于战乱，铁路公司财产损失严重；1927年，
国民革命军占领
福建省后，由福建建设厅负责管理运营，但经营状况并没有起色。1930年11月，漳-嵩公路修筑完成，
漳厦铁路遂全面停运。抗战爆发后，1938年5月，嵩屿火车站房舍被日军炸毁，为避免铁路遭到日军的利用，政府军撤退时决定将残存的铁路全部拆毁，并将其有关器材用以修筑抗战工事，而无法拆除的部分则全数予以炸毁，至此，漳厦铁路遂成败没态势。
现存商办福建全省铁路有限公司的相关文献资料，计有《闽路公会劝股说贴》、《商办福建全省铁路有限公司招股章程》 、《前清兴办全闽铁路及三省铁路学校史料》、《前闽路陈总理退职意见书》，等等，还有一方“
漳厦铁路”石碑（现保存于
福建博物院）；此外，商办福建全省铁路有限公司曾发行的股票，有清
光绪年间的优先股和普通股两种形式，以及民国年间扩募而制发的“漳厦铁路股票”，也都是不可多得的珍贵历史文献。