慕容军是前燕宗室慕容鲜卑慕容廆的儿子，慕容皝的兄弟。他曾担任抚军将军、广威将军、建威将军等职位，并被封为襄阳王。在333年，慕容军与慕容幼、慕容稚、慕容汗、佟寿等人一起讨伐慕容仁，但最终被慕容仁掳获。在336年，慕容军归降慕容，协助慕容皝攻打慕容仁，最终慕容仁被擒获并被赐死。在339年，慕容军等人攻打后赵辽西省，斩杀了后赵将领呼延晃和张支。在346年，慕容军协助慕容俊攻打扶馀，掳获扶馀玄王和五万多民众。在354年，慕容军被封为襄阳王。

慕容廆死后，慕容军的兄弟慕容仁叛乱，慕容军追随慕容仁，后慕容仁叛乱被平，慕容军归降燕主慕容皝，前燕前期参与过多次战役，慕容建立前燕后，慕容军被封襄阳王。