壶菌病（chytridiomycosis）是一种主要影响两栖纲的传染病，由蛙壶菌（Batrachochytrium dendrobatidis）和水龙线虫（Batrachochytrium salamandrivorans）两种非菌丝游离孢子真菌引起。该病在全球范围内导致许多两栖动物种群显著减少或灭绝，受影响的物种约占世界两栖类总数的30%。壶菌病能够在某些两栖类群体中引发零星死亡，甚至可能导致全部死亡，目前尚无有效的方法在野外环境中控制该病。

壶菌病首次在1993年昆士兰州已死或濒死的蛙类中被发现。研究表明，该病早在1978年就已经遍及整个澳大利亚。在非洲、美洲、欧洲、新西兰以及大洋洲等地也有报道。在澳大利亚、巴拿马共和国和新西兰，当蛙类数量急剧下降时，壶菌门也随之突然出现并广泛传播。尽管如此，壶菌可能只是普通真菌的一种，因其毒性及其扩散能力，直到最近才被人们发现和认识到。在澳大利亚东海岸、阿德莱德、西澳大利亚州西南部和金伯利等地均发现了其踪迹。最早的记录表明，非洲爪蟾是最早感染壶菌病的物种之一。由于爪蟾属被广泛运往世界各地，因此壶菌病可能是通过这种方式传播开来的。其他研究表明，蛙壶菌在北美和中美洲已经存在了几十年，但仍不清楚是否存在新的病原体或者毒性增强的原有病原体。

蛙壶菌的游离孢子首先侵入两栖动物的皮肤，随后迅速发育成孢子囊，继而产生新的游离孢子。这些新产生的游离孢子会在宿主体内再次繁殖，从而导致壶菌病的发生。感染壶菌病的蛙类会出现一系列形态变化，包括腹部皮肤变红、后肢抽搐、身体堆积蜕皮、足部和其他部位浅表皮脱落、皮肤轻微粗糙化以及出现微小的溃疡或出血。在行为方面，患者表现出无力、无法寻找避难所、无法逃脱、失去正常反射功能以及出现异常姿势。

研究表明，蛙壶菌在超过28℃的环境下活性降低，将感染壶菌病的蛙类置于高温条件下可以杀死壶菌。这一发现有助于解释为什么由壶菌病引起的两栖动物数量下降主要发生在寒冷地区，如山区。尽管许多两栖类的数量下降都被归咎于蛙壶菌，但有些物种能够抵抗感染，并在低感染率的情况下存活下来。此外，一些物种甚至能够抵抗非病原体的壶菌。一些学者指出，对壶菌病的研究可能会损害两栖类的保护状况。例如，在危地马拉的一项研究中，数千只蝌蚪因未知病原体的壶菌门而死亡，研究人员表示，这项研究是为了扩大对壶菌寄生生态的理解，以便更好地保护现存的两栖类。

全球气候变化加速了壶菌病的扩散，导致两栖动物数量的下降。在哥斯达黎加的蒙特维多云雾森林，阳光照射下，青苔和树叶堆的温度可达30℃，不利于蛙壶菌的生存。然而，全球气候变化加剧了蒸发速度，增强了空气中水分的含量。增加的蒸汽形成了云层覆盖该地区，使得表面温度下降，夜间热量损失减少，形成了有利于蛙壶菌生存的条件。在欧洲的研究发现，该地区的气候变量与壶菌病的出现有着密切关系，壶菌病的出现与气温升高有关。

针对壶菌病的防治措施主要包括使用抗真菌药物和热疗法。然而，这些抗真菌药物可能会对某些青蛙种类的皮肤产生不良影响，而且即使用于治疗感染壶菌病的个体，也不能完全消除感染。一项研究表明，伊曲康唑是治疗蛙壶菌的最佳选择。这种方法比氨苯砜和氯霉素更受欢迎，因为后者具有较高的毒性，尤其是氯霉素，它与蟾蜍白血病有关。"治疗并非总是百分之百成功，也不是所有两栖动物都能很好地耐受治疗，因此应始终在兽医学指导下治疗壶菌病。"

由于壶菌病的巨大影响，科学家们进行了大量的研究，试图开发出对抗壶菌病的方法。其中最有希望的是发现幸存下来的两栖动物群体通常携带更高水平的细菌Janthinobacterium lividum。这种细菌能产生抑制蛙壶菌生长的抗菌化合物，如吲哚3-乙醛和紫花素。同样，生活在红背蝾螈（Plethodon cinereus）身上的细菌Lysobacter gummosus也能产生抑制蛙壶菌生长的化合物2,4-二乙酰1,5-萘二酮。2021年的研究还发现了一种更广泛的抗真菌细菌群落在两栖动物身上生活。

一项研究提出，水蚤Daphnia magna可能食用壶菌门的孢子。