萧琦（生卒年不详）字韩若，号椒庵，江西吉水人。萧琦在其生涯中经历了明朝末年的动荡，他的生平充满了曲折。

萧琦原名萧嗣琦，是天启七年（1627年）的举人第二名，到崇祯十年（1637年）中进士，获授始兴县知县，调往高要区，兴建阅江楼和诸生讲学，被连坐罢官。李邦华、李日宣为他辩护，于是迁任工部都水主事，为诸暨市知县，案件未留下任何文书。许昌市作乱，与陈子龙招降他，转为刑部河南司主事、仪制主事。

隆武年间，杨廷麟命他到广东省，他却侵吞事例银数万；除授礼科给事中，住在郝永忠军营内，获推荐担任左佥都御史监督粮饷、恢复国土和剿灭敌匪。郝永忠索求粮饷，他出力聚敛。永历打算进入土州，萧琦疏上“十方便、十不方便”劝止，升为兵部左侍郎。永历元年（1647年）十一月，他代王化澄出任兵部尚书，兼掌都察院，推荐书记刘方夏自中书舍人迁官职方主事。

萧琦在其任期内，虽然有民望，注重名节，但未能保持廉洁；其时国库空虚，卖官取财，积得数万也无济于事。次年（1648年），永历帝到南宁市，萧琦和王化澄、严起恒、马吉翔、庞天寿、许兆进、吴其、尹三聘、洪士彭同行。李成栋反正，他贿赂北镇市抚赵元符向罗成耀自荐；陈邦传掌政，让他的家丁包围萧琦的船辱骂他，将其财产丢到象州县水中。十月，朝廷驻扎韶关市，他追问劫饷的人民，被地方民众群殴，受重伤，走到南雄市时去世。