杨士琦（1862年—1918年年9月27日），字杏城，安徽泗州（今盱眙县）人，杨士骧之弟。杨士琦光绪八年（1882年）中举人，在清朝任会办电政大臣、商部右丞，农工商部左丞、农工商部右侍郎等职，在民国担任邮传部大臣、政事堂左丞、参政院参政等职，是李鸿章、袁世凯的重要下属。

杨士琦中举人后，屡试不中，捐为道员。光绪二十五年（1899年），杨士琦任两广总督李鸿章的幕僚。次年李鸿章去世后，杨士琦投靠袁世凯。之后杨士琦先后任商部右参议、南洋公学监督、商部左参议，会办电政大臣、轮船招商总理、商部右丞，农工商部左丞、农工商部右侍郎职位。光绪三十三年（1907年）8月21日，清政府派杨士琦赴南洋各国考察商务。1911年，武昌起义爆发后，杨士琦任袁世凯内阁邮传部大臣及北方代表团参赞。袁世凯继任中华民国临时大总统后，杨士琦任高等文官甄别委员会委员、政事堂左丞。1914年后，杨士琦为袁世凯复辟帝制奔走。次年，袁世凯任命杨士琦为中卿，同年袁世凯复辟。1916年3月22日，袁世凯被迫取消帝制，杨士琦被免去政事堂左丞职务，担任参政院参政。袁世凯去世后，杨士琦在上海租界隐居。1918年，杨士琦撞破妾室奸情被毒死。

杨士琦先后担任李鸿章、袁世凯的幕僚。为袁世凯在清末政坛上叱咤风云乃至民初复辟帝制出谋划策，深受袁世凯的信任。中国近代著名革命家刘成禺在《世载堂杂忆》中评价杨士琦是袁世凯的智囊。

杨士琦在清同治元年(1862年)出生，祖籍安徽泗州（今江苏盱眙）。杨士琦字杏城，是曾任漕运总督杨殿邦的孙子，因在六兄弟中排第五，故世人称为杨五爷。十三岁时失去双亲，追随诸兄长读书。十六岁为诸生，光绪八年（1882年）中举人，后屡试不中，于是担任幕僚，后捐道员。光绪十一年（1885年），杨士琦被分到直隶试用。

光绪二十五年（1899年），杨士琦任两广总督李鸿章的幕僚。次年，义和团运动爆发，杨士琦上书山东巡抚袁世凯，请求痛剿义和团，引起袁世凯的注意。七月，八国联军进攻北京。闰八月，杨士琦与其兄杨士骧随直隶总督兼北洋政府大臣李鸿章入京与八国联军议和， 杨士琦任李鸿章与爱新觉罗·奕劻奕劻之间的联络人，因善于逢迎，深得李鸿章和奕的赏识。

次年，李鸿章去世后，杨士琦投靠袁世凯，任洋务总文案，向袁世凯献策，亲近权贵，掌握实权，并亲自为袁世凯与庆亲王奕劻牵线相识，深得袁世凯信任。光绪二十九年（1903年），杨士琦任商部右参议，两年后，杨士琦被任命为南洋公学的监督（校长），南洋公学是上海交通大学的前身，杨士琦担任校长期间对学校多处进行了改革。光绪三十二年（1906年）后，杨士琦改任商部左参议，后任会办电政大臣、轮船招商总理，商部右丞，农工商部左丞、农工商部右侍郎职位。次年，袁世凯、奕劻与军机大臣瞿鸿禨、邮传部尚书岑春煊之间发生政争，袁世凯、奕劻十分被动。后瞿鸿禨疏忽泄露慈禧的绝密消息，被杨士琦察觉，向袁世凯献策写奏章弹劾瞿鸿禨，瞿鸿禨最后被逐出军机处，经此时事后袁世凯更加倚重杨士琦。

光绪三十三年（1907年）8月21日，清政府派杨士琦赴南洋各国考察商务，实际是做欺骗宣传，想要阻断华侨与革命党人之间的联系。杨士琦经香港特别行政区到菲律宾等地，将考察的各地商业情形上奏给皇帝。菲律宾、泰国、爪哇等地的大城市均有华裔聚集，杨士琦每到一处，就赴商会、学堂、公所等地演说，抚慰华侨。每去一个学堂就会酌情给予奖赏，以资鼓励。宣统元年（1909年），清廷以袁世凯患足疾为由，将其罢官，让袁世凯回籍养病。袁世凯前往天津市，想会见直隶总督杨士骧(杨士琦的兄长)，杨士骧拒绝会见袁世凯。杨士骧对袁世凯的行为使袁世凯不再重用杨士琦。1911年10月，武昌起义兴起，清政府任用袁世凯为内阁总理大臣。组阁过程中，杨士琦没有一席之地，经内阁协理大臣徐世昌向袁世凯周旋，杨士琦才得以入阁，任邮传部大臣。12月7日，袁世凯派唐绍仪为全权议和代表，与南方民军谈判。杨士琦为北方代表团议和参赞，随唐绍仪前往汉口参加南北议和。次年1月，杨士琦有别的任务，辞去邮传部大臣。

民国元年（1912年），孙中山辞去中国民国临时大总统职位，袁世凯被选举为临时大总统。次年，袁记组织政治会议，杨士琦为议员。民国三年（1914年），袁世凯任命杨士琦等人为高等文官甄别委员会委员。同年，袁世凯撤销国务院，并在总统府内设立了政事堂，杨士琦为政事堂左丞，袁世凯还想任命杨士琦为交通大臣，引起梁士诒的强烈反应，后未能如愿。从1914年开始，杨士琦主张实行帝制，并为此四处奔走，曾游说袁世凯的儿子袁克定，袁克定将杨士琦视为心腹。民国四年（1915年）1月1日，袁世凯任命杨士琦为中卿。5月8日，二十一条交涉时，杨士琦参加了袁世凯召开的紧急国务会议。8月23日，筹安会正式成立，并鼓吹帝制，杨士琦是组织的核心但并未参加。9月6日，袁世凯派杨士琦在代行立法院发表关于变更国体的宣言。1916年元旦，袁世凯登基，宣布国号为洪宪。杨士琦曾提议让徐世昌担任国务卿，袁世凯称帝后杨士琦仍任政事堂左丞，因徐世昌甘为傀儡，杨士琦的实权凌驾于国务卿徐世昌之上。1916年3月22日，袁世凯被迫取消帝制，杨士琦被免去政事堂左丞职务，担任参政院参政。

1916年6月6日，袁世凯死后，黎元洪继任大总统。黎元洪下令缉拿帝制祸首，杨士琦因未在正式参加筹安会，没有被列入其中。杨士琦失去靠山后，在上海租界购买了一套住宅，隐居生活。杨士琦在上海纳妾小菠菜、小白菜。1918年9月27日，杨士琦因撞破妾室的奸情，被妾室毒死，终年五十七岁。

杨士琦主张新旧人才兼收并容，各取长处。在担任农工商部侍郎时，杨士琦总是能看到部下沈云沛、袁思亮、赵从蕃、邵福瀛、冒广生等人的长处，并赞扬他们的优点。杨士琦还不放过任何机会与场合，为这些部下美言，竭力向朝廷推荐人才，这些人后来都担任高官要职。

1904年，南洋公学改隶商部，校名改为商部高等实业学堂，商部奏文称应即改为上海实业学堂。1905年春，杨士琦被任命为监督（校长）。杨士琦上任后对学校进行了大胆的改革，废除了总理、提调职务，设教务、斋务、庶务三长，分别负责学校各项事务，重新制定《商部高等实业学堂章程》；增设了工业、商业实用性强的专业；并从本校毕业生中选拔一部分送到欧美留学，学习先进技术。杨士琦强调要培养对社会有实用价值的人才。1907年8月，杨士琦主动辞去学堂监督职务。南洋公学是上海交通大学的前身，任期不到三年的杨士琦在上海交通大学的历史上写下了重要的篇章。

杨士琦在袁世凯、奕劻与军机大臣瞿鸿禨、邮传部尚书岑春煊之间的政争中，出谋献策，使袁世凯、奕劻大获全胜。瞿鸿禨、岑春煊一直是深受慈禧太后的宠爱，对庆亲王奕劻的贪婪和袁世凯的恃权不满。后瞿鸿禨多次针对奕劻和袁世凯，袁世凯十分被动。杨士琦向袁世凯献策，密谋将瞿鸿禨、岑春煊与慈禧太后厌恶的康有成、梁启超联系到一起。杨士琦先利用庆亲王奕劻的权力查阅了戊戌年的档案、抄录了瞿鸿禨、岑春煊保举康有成、梁启超的几道奏折，然后抓住了瞿鸿禨泄露与慈禧太后关于罢免庆亲王奕劻的漏洞，拟定了一份包含证据的弹劾瞿鸿禨的奏折，并买通其他官员一起上奏。最后，杨士琦伪造了岑春煊与康有为的合照，让奕劻密奏岑春煊是康有成、梁启超的死党。瞿鸿禨、岑春煊在1907年被免职。

杨士琦曾向外国人购买了无色无味，入口即死的毒药水。传言慈禧病危，袁世凯担忧光绪复政，想未雨绸缪。杨士琦向袁世凯献策毒死光绪。后慈禧去世，光绪也相继去世。光绪的死因经考究为自然病死，但很长一段时间关于光绪是被毒杀的谣言曾闹得沸沸扬扬。袁世凯与赵秉钧密谋刺杀宋教仁，由赵秉钧托人实施。事后引起民愤 ，袁世凯想杀人灭口，杨士琦的毒药水再次派上了用场。与杨士琦矛盾极深的梁士诒曾说：“我梁某，不怕袁世凯，倒怕杨士琦，怕杨士琦下毒药。”

1914年，孙宝琦代理总理组阁，孙宝琦、袁世凯欲让杨士琦将出任交通总长。当孙宝琦将这个消息告知秘书厅长梁士诒时，引起梁士诒的强烈反应。交通部历来被梁士诒为首的官员独占，而杨士琦是袁世凯幕府中的皖系领袖，皖系官员与梁士诒为首的粤系官员面和心不和。于是梁士诒授意财政总长周自齐给国务院秘书长陈汉第打电话，转达梁士诒的话，说是总统让暂缓发表任命杨士琦为交通总长。后孙宝琦将此任命撤回，杨士琦未能成为交通部总长。民国记者黄远生形容杨士琦是纱帽飞到头上，忽又被大风吹去。

中国近代著名革命家刘成禺在《世载堂杂忆》中评价：“杨士琦，号杏城，世人称其为杨五爷，杀人用出其不意的计策。袁世凯机密的事是与杨士琦一起做成的，是袁世凯的智囊。”

大学士孙家鼐评价其：“杨士琦小有才华，性格机巧伪诈，与我是同乡人，我最是熟悉，是古人说的‘饿了就来归附，饱了就飞走了’的人。”

民国记者黄远生评价其为：“有哲学思想的官僚。”

杨士琦的故居在江苏淮安南门察院街西北杨宅，现为淮安市文物保护单位。民国七年（1918年）9月杨士琦于上海法租界住所内去世，后葬于家乡淮安的东乡石塘镇花园庄（今属朱桥镇新华村以北）家族墓园，并入其旁杨氏祠堂。