中国人民解放军海军军医大学第三附属医院（上海东方肝胆外科医院），由“中国肝胆外科之父”
吴孟超院士领衔全院医务工作者创建。1956年吴孟超领导“三人小组”向肝胆外科进军，1979年建成全军肝胆外科中心，1996年独立建院，2005年吴孟超院士获“
国家最高科学技术奖”；2012年
王红阳院士团队获首届国家科学技术创新团队奖，2015年嘉定院区投入运行，2017年建成国家肝癌中心，全面推进肝胆、肿瘤鲜明特色的国际知名综合性研究型医院建设。
医院荣获国家最高科学技术奖、国家科技进步
一等奖创新团队奖、国家自然科学
二等奖，是集临床医疗、基础研究和成果转化于一体的三级甲等研究型综合医院;是国际上规模最大、创新实力最强的全维度肝胆疾病诊疗中心;是国家慢病
健康管理——癌症筛查与早诊培训项目
上海市临床实践培训基地，医学研究生教育、任职教育和规范化培训实践教育的高层次人才培养基地。
医院拥有
杨浦区、
嘉定区2个院区，两院区总建筑面积35.8万平方米，展开床位2300余张，连续7年位居中国医院互联网影响力排行榜肝胆外科专科第一名，获中国研究型医院建设示范医院、军队首批研究型医院、军队优质护理服务示范医院、
全国质量奖提名奖等称号，拥有达芬奇手术机器人、射波刀、PET-CT、精准基因测序等一系列先进医疗仪器设备。医院被评为全国巾帼文明岗、海军奋斗新时代党委班子和
上海市文明单位、拥政爱民模范单位等。
2017年，医院定名为
中国人民解放军海军军医大学第三附属医院，包括嘉定、
杨浦区2个院区，对外可称
上海市东方肝胆外科医院，全面推进三级甲等综合性研究型医院建设。
医院建有
胸痛中心、卒中中心、战创伤中心、出血中心、健康管理中心、精准检测中心、日间诊疗中心，开设门诊、急诊医学科、肝外一科、肝外二科、肝外三科、肝外四科、肝外五科、肝外六科、胆道一科、胆道二科、胆道三科、胆道四科、特需诊疗科、心血管内科、血液病科、呼吸内科、
消化内科、神经内科、肝胆内科、
肾脏病科、内分泌科、风湿免疫科、
肿瘤学、普通外科、血管外科、
骨科、神经外科、胸外科、泌尿外科、
整形科、器官移植科、麻醉科、重症医学科、重症
肝病科、中西医结合科、康复医学与理疗科、感染科、
皮肤病科、
小儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、
妇科学、检验科、
放射诊断科、核医学科、放射治疗科、病理科、超声诊疗科、放射介入科、超声介入科、生物治疗科、输血科、营养科、药剂科。
现有中国工程院院士1人，何梁何利科技进步奖获得者2人，教育部
长江特聘教授3人，国家基金委杰出青年、优秀青年基金7人，国家二级专业委员会主委4人，973首席科学家、863课题负责人和国家科技重大专项课题牵头人共10人，全军科技领军和拔尖人才3人，获批省部级人才项目66人，在职三级以上教授3人，副高职称以上220余人，研究生以上学历590余人，为国内外培养肝胆外科专业人才1300余人，为我国我军医学事业特别是肝胆和肿瘤诊疗研究水平提升做出了积极贡献。
医院建成
国家肝癌科学中心、国家重点学科、国家临床重点专科、国家医学继续教育基地、全军肝胆外科专科中心、全军肝胆外科研究所、军队“重中之重”建设学科、军队临床重点专科、
上海市医学领先专业重点学科、上海市“重中之重”
临床医学中心和
上海申康医院发展中心示范性研究型病房等，以及国家、军队、上海市重点实验室。在以肝胆为主的各类肿瘤复杂疑难手术、介入、放射治疗等全流程规范化治疗上独具优势，是国际上规模最大、创新实力最强的全维度肝胆疾病诊疗中心。医院拥有
嘉定区、
杨浦区2个院区，展开床位2300余张，在创伤急救、
骨科、呼吸、肾脏、中西医综合治疗、泌尿外科、胸外科、甲乳外科、血管外科和心内科等学科领域形成新的特色，医院影响力不断扩大，医院高质量发展不断取得突破。
荣获
国家最高科学技术奖、国家科技进步
一等奖创新团队奖、国家自然科学
二等奖、
上海市科技进步一等奖和军队科技进步奖等高等级科研成果100余项，发表临床SCI论著510余篇，2024年
王红阳院士、陈磊研究员团队发表Nature主刊1篇，程树群主任团队发表Nature
药品（IF=83）1篇，王红阳院士、文文主任团队发表Gut（IF=24.5）1篇。医院位居上海市三甲医院科研竞争力排行榜普通外科学前列，在肝胆、肿瘤的全程规范化治疗、外科新技术新方案建立、肿瘤复发防治、门静脉癌栓处理、肝内胆管癌外科治疗和微创治疗等方面的临床研究水平处于国际领先水平。