至元七年(1270年),忻都被
孛儿只斤·忽必烈任命为
凤县经略使,以防备在
高丽发动叛乱的三别抄军,并为进攻日本作准备。次年,三别抄军的首领
裴仲孙请求以全罗道之地投降元朝,但被忻都拒绝了。不久忻都率忽林赤、
王国昌等部,联合高丽的金方庆部攻打三别抄军的根据地
珍岛,一举夺下了该岛,杀死了裴仲孙及其拥立的承化侯王温,余党逃往耽罗。
王禃欲让被三别抄军掳至珍岛的百姓回到故乡与家属团聚,忻都不听。最终在忽必烈的干涉下方才让这些人重返故乡。
洪茶丘诬陷高丽官员
金方庆谋反,忻都与洪茶丘逮捕金方庆及其子金忻。但后来被证明系被诬告,将其释放。
镰仓市师爷杀死了劝降的
元朝使者杜世忠等人,时任征东元帅的忻都请求再次征讨日本,但忽必烈下令暂缓。同年,高丽
王昛到远
元大都,提出高丽将以三万大军远征日本。于是忻都被任命为
中书右丞,计划再征
日本。次年正月,忻都、
洪俊奇率元军再次远征日本,史称
元日战争。但再次遭遇台风而全军覆没。
忻都是元朝负责监视和统治
高丽的官员,因此高丽朝廷对其极为礼待,凡是议事的时候都坐在
高丽国王的左边。其妻子都享受王族待遇。但是高丽王对忻都十分猜忌,试图削弱忻都的权力。忻都也对高丽国王此举十分不满,与高丽王的政见多有不和。在诬陷高丽忠烈王所重用
金方庆事件中,忻都逮捕金方庆,在其中起着重要作用。