正隆五年（1160年），马琪考中进士，先后任清源县主簿、
永清县县令、尚书省令史、同知
定武军节度使、兴中府
治中、
户部员外郎、
侍御史。
大定二十四年（1184年），马琪转任左司
员外郎，随从
完颜雍东巡，归朝后历任右司郎中、左司郎中，期间曾出使
南宋，出使归来，马琪被任命为
吏部侍郎，后改为
户部侍郎。大定二十九年（1189年），
完颜璟即位之后，出任中都路都
转运使、
户部尚书。
明昌四年（1193年），马琪升任参知政事。明昌五年（1194年），
黄河泛滥，赴
河南省赈灾，赈灾结束回京城，转任中大夫。
承安二年（1197年），马琪卸去参知政事之职，出京担任
安武军节度使，其后，致仕，病逝于家中。
正隆五年（1160年），马琪考中进士，选调为
清徐县（今山西清徐县）
主簿，经过三次升迁，出任
永清县（今河北永清县）县令。永清县紧邻京城中都大兴府，许多权贵在此有田产，极难治理，前任县令要介治理有方，马琪继任之后也以善治闻名，晋升为尚书省令史，因为在主政永清县时在朝廷考察中名列第一，被任命为同知
定武军（今
河北省定州市）节度使事、
朝阳市（辽宁省朝阳市老城）
治中，其后被召入京城，先后担任
户部员外郎、
侍御史。
马琪担任侍御史之后，曾奉命主审高德温贪腐之案，在向世宗上奏案情的时候，他将高德温勒索当地富户钱财的事情隐瞒未报。
完颜雍知晓此事之后，对宰臣说：“朕以为马琪通晓律法，而且为人正直，但他却做出这样的事情，称职的人才这么难找啊！虽然古人说过‘罪疑惟轻’，但也不能一味宽纵。”
大定二十四年（1184年），马琪转任左司
员外郎，随世宗东巡，归朝后历任右司郎中、左司郎中。当时，朝廷挑选使者出使
南宋，金世宗想派马琪为使，宰臣认为马琪资历过浅，但世宗仍然下诏特派马琪出使。出使归来，马琪被任命为
吏部侍郎，后改为
户部侍郎。
大定二十九年（1189年）正月癸巳日，
完颜雍驾崩，皇太孙
完颜璟即位为帝，即金章宗。章宗即位之后，马琪出任中都路都
转运使。后来
户部尚书出缺，章宗命宰臣举荐可以担任户部尚书的官员，有人举荐同知大兴府事乌古孙仲和，章宗说：“乌古孙仲和虽然睿智，但恐不擅长掌管钱粮事宜。理财之臣无如
刘晏，官府用度丰足而百姓负担却不大，自
唐朝以来只有刘晏一人而已。”于是，又有人举荐马琪，章宗表示同意，并说：“马琪上不欺骗君主，下不残害百姓，是可用之人。”于是升马琪为户部尚书。
马琪担任户部尚书之后，有一次生病了，请了病假，
完颜璟派遣近侍到马府传旨，马琪匆忙出迎，没有穿戴朝服拖着鞋子就出来接旨，犯了失仪之罪，被有司弹劾治罪，要将他罢免官职并徒刑二年，大理少卿
阎公贞为马琪申辩，认为马琪是因为有病在身，惊慌失措之下仓促接旨而犯了失仪之罪，与无病在家接旨有违礼仪的情况不同，应该减去二年徒刑以三等失仪论罪，金章宗听从了阎公贞的建议，让马琪降一级留任，仍担任
户部尚书。
明昌四年（1193年），马琪升任参知政事，金章宗给他下诏谕说：“能承担户部政务的人很难找到，没有人能代替你，所以朕一直让你在户部任职，直到现在才让你担任宰臣。”
明昌五年（1194年），
黄河泛滥，在
阳武县（今
河南省原阳）决口，洪水淹没
封丘县之后，向东而去，马琪赴河南赈灾，赈灾结束回京城，转任中大夫。
承安元年（1196年），
金朝出兵北上讨伐北方的游牧部落，军费开支巨大，又逢连年大旱，粮食欠收，朝廷财政十分紧张，马琪不堪重负，上表请求致仕，
完颜璟不许。
承安二年（1197年），马琪卸去参知政事之职，出京担任
安武军节度使，其后，致仕，在家中病逝。
明昌五年（1194年）八月，黄河在阳武光禄村的故堤决口，洪水淹没封丘向东流去。金章宗派参知政事马琪行尚书省事前往
河南省指挥抗灾，并派户部赈济灾民。马琪是金章宗比较重用的大臣，曾送给马琪一本宋阎士良所著的《黄河利害》，对他说：“此书所言亦有可用者，今以赐卿。”金章
宗派另一位参知政事
胥持国协助治河。马琪视察阳武决口后认为，光禄村决口已被洪水漫淹，堤面窄狭，没法施工。只有孟华等四埽、孟阳堤道、
汴河东岸才能够修筑，等待农闲时再兴工修建，到冬天就可完成。马琪为了提高工作效率，就向
完颜璟请求整顿都水外监，在精简冗员、淘汰老弱、杜绝请托、增强责任、提高治水官员级别、增大奖惩力度等方面进行改革。马琪承诺在冬天完成工程，可是闰十月工程还没有竣工，平章政事
完颜守贞要求撤回马琪，马琪回朝面见金章宗，说：“孟阳河堤及汴堤已修建完成，河水不能侵犯
开封市，河势向北趋走，来年春初再疏通中道，以解南北两岸的威胁，总计870多万人工，准备正月末动工。”在马琪的领导下，
明昌六年（1195年）四月，黄河工程终于全面竣工。
马琪修治
黄河在黄河的历史变迁上非常重要，从此黄河改道，从阳原光禄村破口，流经
封丘县，进入
汴河，直达东明，然后向东南流向归德（今
商丘市），再经
砀郡、
徐州市、
淮安市流入
淮河，原来流经汲（今
卫辉市）和（今胙城），浚县和滑县之间的黄河北段从此消失，变成河北地域。相反，
河南省地域却因此萎缩，而
河北省、
山东省的区域因此不断扩大。