侯官县是中原地区旧县名，历史上辖境大致为现今的福建省福州市市区和闽侯县的一部分，长期隶属于福建福州府，与闽县分辖福州府治，形成一府两县的局面。侯官县在东汉建安元年（196年）成立，至民国元年（1912年）与闽县合并为闽侯县，侯官县的建置从此取消。

东汉建安元年(196年)，冶县改为侯官县，包括以后的福州、莆田市、泉州市、漳州市4府地，属会稽郡南部都尉。

三国吴永安三年(260年)，分出会稽南部都尉地，设建安郡。侯官县(今福州)属建安郡，置典船校尉晋朝太康三年(282年)，分出建安郡部分地设晋安郡，隶属于扬州市(州治在建邺区，后改名建康，即今南京)。侯官县(今福州鼓楼区)为晋安郡治。

刘宋泰始四年(468年)，晋安郡改名晋平郡。不久，复原名。侯官县(今福州鼓楼区)属之。

南梁普通六年(525年)，晋安郡改属东扬州。侯官县(今福州鼓楼区)属之。

陈永定元年(557年)，晋安郡设闽州，侯官县为州郡治所。天嘉六年(565年)，撤销闽州，晋安仍属东扬州。光大二年(568年)，晋安郡设丰州，侯官县仍为州郡治所。

隋开皇九年(589年)，因丰州镇境内有泉山，改名泉州市(治所仍在侯官县)，废建安郡设闽县，侯官并入闽县，归泉州统属。武德六年，建州析部分地置泉州(州治在闽县)，复置侯官县属泉州。

武德八年(625年)，改名丰州，置丰州都督府。贞观元年(627年)，丰州改称泉州。景云二年(711年)，改泉州(今福州市)为闽州都督府。

开元十三年(725年)，闽州都督府因州西北有福山，改称福州都督府。侯官县属之。

天宝(742年)，闽州改称长乐郡。乾元元年(758年)，复称福州都督府。干宁三年(896年)，置福州威武军。侯官县属之。

五代十国后梁贞明六年(920年)，升福州为大都督府。后唐天成元年(926年)，王审知子延翰在福州建大闽国。长兴四年(933年)，闽王王延钧(鏻)称帝，改元龙启，升福州为长乐府。后晋开运二年(945年)，王延政改称闽王，以福州市为东都，。后汉乾元年(948年)，福州归吴越钱皇后统治，复称福州威武军。后周广顺元年(951年)，改福州威武军为福州彰武军。侯官县属之。

北宋太平兴国三年(978年)，钱俶向宋纳土请降，宋改福州彰武军为福州威武军，属两浙西南路。太平兴国四年。雍熙二年(985年)置福建路。侯官县属之。

元至元十五年(1278年)，改福安府为福州路，隶福建行中书省。之后，福建行中书省数次改为宣慰使司，又复为行中书省，并一度改称行尚书省。至元二十二年，福建行省并入江浙行省，省治在杭州市。福州市归福建道，仍为福州路。元贞元年(1295年)，福清县升为福清州。元至正二十七年(朱元璋吴元年，1367年)，朱元璋讨平盘踞福建的陈友定，改福州路为福州府。侯官县与闽县同为省州府路治所。

明洪武二年(1369年)，置福建行中书省。洪武九年，明廷改行中书省为承宣布政使司(简称布政使司)。南明隆武元年(清顺治二年，1645年)，明朱聿鐭朱聿键即帝位于福州，建元隆武，定都福州，称福京，福州府更名天兴府。侯官县与闽县同为省府治所。

清顺治三年(1646年)，天兴府复称福州府。侯官县与闽县同为省府治所。

民国元年(1912年)，闽县、侯官县合并为闽侯府，属东路道(民国3年，改称闽海道)。民国2年3月，改闽侯府为闽侯县，福州市为闽侯县治，仍为省城。

清代，侯官县辖4坊、61都，统114图。清末废乡、都，建区，侯官县分为22区，与闽县分治今闽侯县以及福州城内区、浦东浦西区(仓山区)和上渡区，其中城内区分为：东段(宦贵巷一带)、西段(西门大街一带)、北段(府直街、北大街一带)、中段(总督口、小龙湫一带)、南段(南大街、杨桥巷、南后街、光禄坊一带)五段。

侯官县历史上曾出过多位名人，其中包括清朝学者陈梦雷和政治家林旭。陈梦雷是清朝时期的重要学者和作者，而林旭则在清朝末年被清政府处决，是当时政治斗争中的牺牲者。