南京大学医学院的前身为
中央大学医学院，创建于1935年，1949年后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统，1987年经教育部（原国家教委）批准重建，成为教育部（原国家教委）第一所直属综合性大学长学制医学院，2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。医学院现任院长为
张峻峰教授。
据2019年12月学院官网显示，学院设临床医学（八年制）、临床医学（ 5+3一体化）和口腔医学（五年制）三个专业。有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。
南京大学医学院以南京鼓楼医院、东部战区医院（金陵医院）、南京口腔医院、泰康仙林鼓楼医院、盐城第一医院、苏北人民医院、南京大学医学院附属南京国际医院 作为附属医院，以南京市各专科医院作为教学医院，并设有南京大学医学院苏州科技城临床学院。
南京大学医学院的前身为中央大学医学院。1928年，台湾中央大学在上海设立医学院，1932年医学院独立，改名为上海医学院。1935年5月，中央大学校长
罗家伦重建中央大学医学院，两年后的7月，“
七七事变”爆发，中央大学医学院随
中央大学西迁，于成都华西坝落脚。抗战胜利后，回迁南京。1949年全国解放，
中央大学更名为
南京大学，医学院也更名为南京大学医学院。1951年改变建制，划归部队系统。1982年，参加南京大学80周年校庆的出自医科的中央大学、南京大学的校友们联名提出恢复南京大学医学院的建议；1984年，在
吴阶平院士、曲钦岳校长、
冯致光副校长等领导们的大力关心和支持下，在各位老校友的热心帮助下，南京大学开始了筹建医学院的工作；1987年1月，国家教委批准重建南京大学医学院；5月20日，南京大学85周年校庆之际，南京大学医学院成立大会召开，正式挂牌。自此，南京大学医学院恢复重建，成为教育部直属的第一所
综合性大学七年制医学院。
成立之初的医学院即高瞻远瞩，定位于办精品化的长学制医学教育，下设基础医学系和临床医学系，聘请国内著名医学专家12人组成顾问委员会，由
吴阶平院士担任主任委员。建院之初每年招生30人左右，生源质量在当时全校各院系始终位于前列。自1997年始，每年从六年级选拔50%的优秀学生直接进入博士学习阶段，实施本、硕、博连读九年一贯制，毕业时获医学博士学位。经多年教学实践和探索，积累了宝贵的经验，为我国长学制医学教育做出了重要的探索。2002年
南京大学百年校庆后，医学院抓住机遇，厚积薄发，进入快速发展时期。2008年，南京大学实施“文理工医”协调发展中长期改革和发展规划，医学院迎来新一轮发展机遇。2009年“医学院振兴计划”开始实施，2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，步入国内医学教育的第一方阵。
医学院以
南京鼓楼医院、东部战区医院（金陵医院）、南京口腔医院和泰康仙林鼓楼医院作为
附属医院，并以南京市各专科医院作为教学医院，师资力量雄厚，现有博士生导师136人，教授145人，副教授206人。
现设临床医学（八年制）、临床医学（ 5+3一体化）和
口腔医学（五年制）三个专业。现有
临床医学和
基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%。
南京大学医学院凭借南京大学雄厚的基础学科优势、依托多所高水平综合性、专科性医院的支持，精心探索，走出了一条独具特色的办学之路。恢复建院三十年来，始终遵循
南京大学整体教学指导思想，坚持文、理、医结合办学，率先提出“自然科学向
基础医学渗透、基础医学向
临床医学渗透，加强对学生的科研训练，培养学生的创新能力”的教学指导方针，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，形成了鲜明的“精品式、研究型、国际化”的办学特色。
国际交流频繁，与
西澳大利亚大学医学院、
香港中文大学医学院等签署学生交流协议，每年遴选优秀学生赴上述大学医学院进行为期3月和5周的交流。