新城联络线一期北起首都机场T3航站楼，向南经过
顺义区、城市副中心和北京经开区，终至大兴新城。线路全程长64.4公里，其中地上线路长约30.8km，高架长28.1km，地面长2.7km； 地下线路长约33.6km。线路设站9座，其中高架站2座，
地面站1座，
地下站6座，平均站间距约8公里。全线设置车辆段一处，位于
大兴区磁各庄。
经过多次调整线路规划，根据最新发改委十三五
轨道交通规划方案（2015-2021）。目前确认S6为老机场（
顺义区）和新机场（大兴）
联络线，原有
牛栏山镇、马坡站确认取消。
2016年5月，
人民网股份有限公司报道，连接新老机场的
京津城际铁路联络线
北京市郊铁路通密线的设站情况在部分招标网站公布。此次招标主要为S6线车站周边土地综合利用研究而设。招标信息显示，S6线初步考虑全程设站17座，其中北京境内15座，廊坊境内2座。
在全程17座车站中，
通州区与
大兴区所设站点最多，达到7站。其中顺义设1站，为北部起点首都机场T3站，另在张辛
线路所预留1站。通州7站包括
徐辛庄站（即规划平谷线宋庄站）、潞苑南路站（即规划R1线龙旺庄站）、新华大街站（即6号线暂缓开通的
通运门站）、
通州东站、
万盛南街西口站、
亦庄火车站、马驹桥站。大兴7站包括采育站、新航城站、
新机场站、开发区西站、
大兴新城站、
瀛海站、
黄村站。
廊坊市境内2站为
廊坊东站、空港新区站。
根据招标信息公布的内容，S6线未来有望与10条
轨道交通线路实现换乘，包括4号线、6号线、7号线、8号线、19号线、
北京地铁亦庄线、机场线、
北京大兴国际机场线、
北京地铁22号线及R1线。
2017年11月，
人民网股份有限公司报道显示，按照最新规划，S6线会单独保留，城际联络线不再分成两支，将从
北京经济技术开发区直接到新机场。这也就意味着，城际铁路联络线将直接连接
北京首都国际机场、北京城市副中心、环球主题公园和
北京大兴国际机场。
2022年7月13日消息，北京市轨道交通第三期建设规划（2022-2027年）
环境影响评价进行第二次公示。S6线（新城联络线）一期规划为：南起
大兴新城站（磁各庄站），北至
3号航站楼站，线路全程64.4公里，设站9座。