花果山三元宫，是云台山区的主庙，也是大圣故里江苏连云港市花果山的主体建筑。三元信仰源远流长，早在1600多年前东晋时代，干宝的《搜神记》上便载有东海人陈光蕊，生了三个儿子，得道升仙，分管天、地、水三界的记叙。

花果山三元宫，明代苏北鲁南三元信仰非常兴旺，万历十五年（1587年）淮安市人谢淳破家扩建三元宫，奠定了三元宫翊坤宫的基础。《西游记》的作者更是三元的坚定信仰者，书中说唐僧是东海陈光蕊的儿子，这庙里的三元也就是唐僧的骨肉兄弟了。近年三元宫易名海宁禅寺，改塑释迦牟尼，三元圣像已移至东配殿。

大雄宝殿面前有两棵千年银杏，显示着三元宫古老的历史。抗日战争时三元宫遭受日寇飞机的狂轰滥炸，这两棵树虽然枝干断裂遍体枯焦，但现已绽发出新芽，果实累累。三元宫近年经过多次修，已逐渐恢复原貌，只在东南部位的下方，保留下一块当年的残垣断壁，作为历史的见证。

三元宫是花果山半山上一组宛如宫阙的建筑群，发迹于唐，重建于宋，敕建和扩建于明，兴盛于清，山门和“敕赐护国三元宫”门额，都是明代遗物。三元宫的主建筑是三元殿，祀奉三元大帝。相传1600多年前的东晋时期，干宝著有《搜神记》，记载东海人陈光蕊，生了三个儿子，得道升天，分管天、地、水三界。明《三教搜神大全》中补记：陈光蕊乃真仙转化为人，娶龙王三个女儿，每个龙女均生一子，其子法力无边，神通广大，后被上天封为三元大帝。明代云台山一带居民信仰三元，仅周围就有10多座三元宫、三元家庙。云台开山高僧谢淳，原先在淮安市家中就信奉三元大帝，后来此出家，扩建了三元宫。吴承恩作为三元的信仰者，在《西游记》中将唐僧描写为海州弘农陈光蕊的儿子，与三元大帝就成为了兄弟。

三元宫山门右侧的古柏是宋代所植，又叫拐杖柏。相传孙悟空大闹天宫时打败了众神，玉皇大帝特派金德太白星君下凡招安。太白金星在花果山遭到群猴戏弄，连整天不离手的拐杖也被抢走扔在这里，化为拐杖柏。三元殿前的两棵千年银杏，曾遭日寇战火烧焦，后又枯木逢春，结出新果。三元宫里还有义僧亭、屏竹禅院等建筑。其中屏竹禅院为明代谢淳出家开山时所建，现由邮票碑、金镶玉竹竹林、惠心泉和禅院建筑组成，非常幽静。尤其是嫩黄色的金镶玉竹，每一个节都有一条绿色的浅沟，美丽淡雅，是云台山的特产。