杨浦站始建于1958年，1960年3月建成试运营，同年7月正式营业，初称为杨树浦站，1963年10月更名为杨浦站。1998年，杨浦站与
上港集箱综合发展公司联合组建杨浦港站，主要办理铁路集装箱、自备国际箱进出口的转运及国际箱多式联运等多项业务。2014年，《
东方早报》报道铁路杨浦站搬迁至
沪苏通铁路外高桥站新建的外高桥集装箱中心站。2015年6月，由
哈尔滨市启运的首次哈满欧国际货运专列从
哈尔滨内陆港发往欧洲，杨浦站成为“一带一路”沪哈欧线的始发站。
杨浦站是铁道部冷藏运输科学研究的重要实验基地，四节式冷板冷藏车的科研项目，填补了
国铁集团冷藏运输的空白。1990年，该站货物发送99.6万吨，货物到达194.7万吨。
杨浦站的历史始于1958年，1960年3月试运营，同年7月正式营业。最初名为杨树浦站，1963年10月更名为杨浦站。1993年11月，杨浦站开办集装箱运输业务。1998年7月22日，杨浦站与
上港集箱发展公司联合组建铁路集装箱港站杨浦港站，以推进港铁联运。1999年车站升为
一等站。
2013年6月原上海海关驻杨浦站办事处升级为上海车站海关，承担本站国际联运
货运监管职责。杨浦站曾经为
中国铁路上海局集团有限公司的直属站，1999年和原何家湾直属站合并后管辖本站、
何家湾站、江湾站和殷行站。
杨浦站在兴建过程中适逢国家压缩基本建设项目而缩小建设规模。全站面积31.4万平方米，其中货场面积为26.18万平方米。有装卸作业线13股、到发线5股、专用线6条（包括转岔线），线路有效总长度为10390米。
建有大型跨线雨棚4座、单线雨棚1座，无货物仓库。货场共有 货位557个，其中雨棚货位139个、月台货位60个、滩地货位358个。跨线雨棚可同时容纳50余辆货车进行全天候的装卸车作业。年均吞吐量350万吨左右。拥有桥吊、门吊、卸车机、轮胎吊、电动吊等大小各类装卸机械73台，最大起重能力为30吨，最小1吨。机械化作业占总作业量的90%左右。
杨浦区政府2014年10月在答复上海市政协委员、
上海海洋大学教授蔡生力时透露，按照规划，2014年56岁高龄的铁路杨浦站未来将搬迁至沪通铁路
外高桥站新建的外高桥集装箱中心站，届时周边居民出行经常性受阻问题将得到解决。
位于杨浦区
周家嘴路360号的杨浦火车站拥有约56年的历史。然而，随着城市的发展，火车的通行常常使火车闸道关闭10-20分钟，给周边居民的生活和出行带来了极大的不便，形成交通拥堵。
杨浦区政府在答复中透露，杨浦火车站的搬迁已列入议事日程。按照规划，杨浦站将搬迁至
沪苏通铁路外高桥站新建的外高桥集装箱中心站。
中国铁路上海局集团有限公司正全力推进沪通铁路太仓至四团段以及外高桥集装箱中心站的前期工作，沪通铁路太仓至四团段在可行性研究阶段，预计年内上报国家发展改革委并力争获批；外高桥集装箱中心站的规划选址已经基本确定，正在推进立项程序。待沪通铁路太仓至四团段以及外高桥集装箱中心站建成，即可研究实施杨浦站搬迁。
鉴于杨浦站搬迁已有计划，跨铁路天桥为临时便民设施，不设自动扶梯。铁路搬迁后，
杨浦区拟按规划将
控江路等东西向道路与
军工路连通。