轴果耳蕨的植株高20厘米,
根状茎短而斜升。叶3-5簇生,叶柄细瘦,禾秆色,长9厘米,基部直径1毫米以下,通体被棕黄色
披针形薄鳞片,基部疏被卵形阔鳞片,鳞片边缘有稀疏的长齿或近全缘。叶片狭长椭圆披针形,长13厘米,宽2.5厘米,一回羽状。羽裂渐尖的顶部以下有侧生羽片10对,羽片矩圆状卵形,无柄,顶端急尖,边缘羽状半裂至浅裂,基部不对称,上侧具耳状凸起形,与叶轴平行,下侧斜切形,与叶轴垂直或略斜向下,中部羽片最大,长达1.5厘米,宽达7毫米,基部羽片缩小呈
菱形,长宽约5毫米。裂片及锯齿急尖头,叶脉略可见,在羽片上羽状,小脉大多单一,少数分叉。叶草质,无光泽,叶轴禾秆色,疏被与叶轴上相同的残留鳞片。
孢子囊群背生于小脉下部或基部,每个羽片上面有2-8个,成熟时常紧靠中肋,圆盾形的囊群盖边缘啮蚀状,浅棕色,中央深棕色。
轴果耳蕨与
尾叶耳蕨Polystichum thomsonii (Hook. f.) Bedd.相近,区别在于叶柄与叶轴近等长,羽片远较少(约10对),羽状浅裂至半裂,基部上侧不深裂成几分离的耳状裂片,孢子囊群紧靠羽片中肋,两侧着生。