南京农业大学食品科技学院渊源于1921年成立的
东南大学农产制造门和1927年创办的
中央大学农产制造系、食品工业系，1952年食品工业系与
浙江大学农化系、
江南大学食品系合并到南京工学院，保留的部分师资并入
南京农业大学农学系和
园艺系。1985年学校在全国农业院校中率先成立了食品科学系，1996年扩系建院，成立了食品科技学院。
学院下设食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全 3个系，2个院级教学实验中心（包括8个基础实验室和3个
食品加工中试工厂），食品科学与工程、生物工程和食品质量与安全3个本科专业，拥有1个博士后流动站（食品科学与工程），1个农业部重点开放实验室（农畜产品加工与质量控制），2个博士点（食品科学、生物工程），4个硕士点（食品科学、发酵工程、农产品加工及贮藏工程和
粮食、油脂及植物蛋白工程），7个校级研究室。
学院承担国家自然科学资金、部省级课题及横向课题研究80多项，荣获国家和部省级科技进步奖10多项，获国家专利5项，有3项成果分别获
世界博览会金奖、首届农业博览会金奖和全国轻工博览会金奖，在国际学术刊物上发表论文100余篇（其中80篇被SCI、EI等收录和引用），国内学术刊物上发表论文1000余篇，出版专著11部，教材11部。国家一级
上海市秘书学会中国畜产品加工研究会挂靠学校，设在本院，编辑出版《中国畜产与食品》杂志。学院注重科研成果的开发与转化，先后在
江苏省、
福建省、安徽、北京、
甘肃省、
江西省等地取得了显著的社会效益和经济效益。
学院注重拓展海内外科技合作关系，曾多次承办大型学术会议，接待美国、
日本、
加拿大、
荷兰、
澳大利亚等前来讲学的专家教授 50多人次，派出国外进修、访问、攻读学位的教师40余人次。
“十·五”期间学院从国外引进人才2名，新增教授7名。学院教职员工总数50人，任课教师31人，其中教授14人，副教授14人，副高以上职称的教师占其总数80%，博士生导师13人，硕士生导师18人，具有博士、硕士学位的教职工占80%以上。教师队伍中年龄在45岁以下的占90%以上。2002年学院被评为
江苏省高校“青蓝工程”省级优秀学科梯队。