东南军政长官公署（1949年8月15日－1950年3月31日），设于台北介寿馆（今台湾当局领导人办公室厅舍）。

1949年6月21日，已下野的中国国民党总裁蒋中正为检讨过去军事、政治、经济何以失败的总因，作为今后军事与复兴大业之依据，乃于台北市召开东南区军事会议，与会者包括东南区陆海空三军将领与党政各要员，会议以陈诚任主席。该会历时七日，会中一则重要决议，乃正式确立组织“东南军政长官公署”，统一指挥辖区内军事政治，确立中国台湾为复兴基地，将嵊泗列岛、舟山群岛、福州市、厦门市及中国台湾融合成一个攻守整体。设置“东南军政长官公署”一案的落实，则经台湾地区行政机构政务会议于7月18日通过，再经非常委员会追认，8月15日陈诚正式就任该公署长官，林蔚、郭寄峤、罗卓英、郭忏、孙立人、汤恩伯等六人则分任副长官，公署设于台北“介寿馆”，原计划下辖江苏、浙江、福建、台湾四省及海南特别行政区，但海南始终未受东南军政长官公署管辖，改入华南军政长官公署，故最终实际辖有江苏省、浙江省、福建省、台湾四省。

东南军政长官公署以及国民党中央非常委员会第二分会（辖东南区）的成立，更强化了台湾省主席陈诚原本享有的东南区党、政、军、财大权。该公署的作用，更反映在大陆撤台军队的整建（为当时台湾省防卫司令孙立人整编）与东南区战事（金门战役与舟山登步岛之役）的指挥上。1949年12月7日台湾地区行政机构迁台搬入“介寿馆”后，公署与台湾地区行政机构不论在角色及功能上日益融合，1950年3月31日公署正式完成撤销工作，人员与业务多转移台湾当局领导人办公室及台湾地区行政机构。

东南军政长官公署 长官 陈诚 陆军上将

副长官林蔚、郭寄峤、罗卓英、郭忏、孙立人、汤恩伯（陆军中将）

参谋长兼任新闻、法制、政工宣传部门负责人李树正中将（陆军中将）

办公室主任 章金

下属 驻潮汕地区的 第十二兵团（司令官胡琏）参谋长杨维翰

十八军 二万多人 军长 高魁元（陆军中将）（同时兼任十二兵团副司令官）（年龄40岁）

十一师 师长 刘鼎汉 少将 辖 三十一团、三十二团、三十三团（8000多人）

一一八师 师长 李树兰 少将 辖 三五二团、三五三团、三五四团（8000人左右）

四十三师 师长 鲍步超 少将 辖 一二七团 一二八团 一二九团（7500多人）

另有一个军部直属部队加强团、炮兵团和军文工队、医护队（含女军官30多人，女兵二百多人）

十九军 二万余人 军长刘云瀚（中将）（同时兼任十二兵团副司令官）（年龄37岁）

十八师 师长尹俊 少将 辖 五十二团、五十三团、五十四团（8000多人）

十三师 师长吴垂昆少将 辖 三十七团、三十八团、三十九团（6700佘人）

十四师 师长罗锡畴少将 辖 四十团、四十一团、四十二团（6000佘人）

另有一个军部直属部队特务团、炮兵团和军文工队、医护队（含女军官20多人，女兵一百多人）

六十七军 近两万人 军长刘廉一（陆军中将）（年龄36岁）（新组建的部队）