元朝至元元年（公元1264年）改因远部为罗盘部。至元二年（公元1265年）改元江路为元江府。

孛儿只斤·蒙哥四年（公元1254年）设置临安-广西-元江哈尼族彝族傣族自治县等处宣慰使司，治所在宁州（通海县），辖临安路（通海）、广西路（泸西县）、和泥路（思陀）、元江路（元江因远），包括了今滇东南和滇南范围。不过罗盘甸（元江因远）和泥蛮（哈尼族）还没有被征服。礼社江（澧江镇）棠魔蛮（傣族）那氏首次归附蒙古国（元朝前身）；元宪宗七年（公元1257年）那氏又重新背叛。

元至元十二年（公元1275年）设置开南州（景东彝族自治县），隶属威楚路（楚雄）；元至顺二年（公元1331年）开南州升为景东军民府，辖开南（景东）、威远县（景谷傣族彝族自治县）、干远（镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县）3个州，隶属于云南等处行中书省。在南诏时期，元江哈尼族彝族傣族自治县隶属于银生节度（景东）；在大理国时期，景东与元江同属于威楚府；元朝以后开南州（景东军民府）隶属于威楚路，元江路则独立设置。

至元十三年（公元1276年），礼社江棠魔蛮那氏再次归附元朝，立那氏为元江万户府。罗盘国和泥蛮也被迫投降，设置元江府；不久，和泥蛮再次背叛，改罗盘部为加滇国。

《蛮书》：“孛儿只斤·蒙哥四年内附，七年复叛，帅诸夷筑城据命。至元十三年，遥立元江府以羁之。至元二十五年（1288年）讨平之，割罗盘（今元江澧江镇）、马笼（今新平彝族傣族自治县漠沙一带）、步日（今宁洱哈尼族彝族自治县）、思么（今普洱市）、罗丑、罗陀、步藤、步竭、台威、台阳、设栖、你陀等十二部于威远设元江路，属临安广西元江等处宣慰司。”这里的威远县应该是元江因远，而不是景东威远。

至元二十五年（公元1288年），在元兵的镇压下加滇国灭亡，西部和泥蛮向西双版纳傣族自治州方向逃亡，从此雅尼然和阿卡然悲歌壮行。随后取消元江哈尼族彝族傣族自治县军民万户，又改为元江路，从此元江的政治中心从因远镇转移到江镇。

明洪武十五年（公元1382年），将元江路改置为元江府，府治在今澧江镇。

明洪武十七年（公元1384年），元朝元江路的马龙甸设置马龙他郎甸长官司，直属布政司。弘治十四年（公元1501年）改置新化直隶州。明万历十九年（公元1591年），新化直隶州降级为散州；同年，以平甸乡为基础，划拨元江、石屏县、河西、新化县等州县部分村寨，建立新平彝族傣族自治县，治所在今平甸乡旧城村；新化州和新平县并行隶属于临安府。清代康熙四年（公元1665年），裁新化州并入新平县，仍隶属临安府。

明洪武十八年（公元1385年），设置因远罗必甸长官司，隶属于元江府，任命当地的酋长白文玉为长官司副长官。

明洪武十八年至二十年（公元1387年），朝廷派遣经历杨大用到元江哈尼族彝族傣族自治县等府去训练军队，因为此时百夷族（缅甸东吁王朝傣族）屡次在边疆地区作乱，朝廷欲发兵平定之。

明洪武二十六年（公元1393年），朝廷在元江府设置儒学学校。

明洪武二十七年（公元1394年），元江知府那荣和罗必甸副长官白文玉等人前来京城朝觐，向皇帝进贡。

于明洪武年间，元江军民府的步日部并入因远罗必甸长官司。

明朝永乐四年（公元1406年）元江府升为元江军民府，授予境外用兵的权利，肩负着保卫疆土的职责和使命。原因有三：①多次朝贡表示忠心；②政治信任；③军事需要。元江军民府在抗击东吁王朝（缅甸）、保卫祖国西南边疆，建立了不可磨灭的功勋。

明朝嘉靖（公元1522年～1566年）实行“改土归流”，元江哈尼族彝族傣族自治县军民府因远罗必甸（元江）长官司改为奉化州，他郎马龙甸（墨江哈尼族自治县）长官司改为恭顺州。在奉化州的东北有禾摩村巡司。

清顺治十六年（公元1659年）正月，清军攻陷昆明市。设巡抚和云贵总督，基本延续明朝的府、州、厅、县和土司制度。明永历逃入缅甸，授元江府土知府那嵩为巡抚，授其子那焘为知府，授其弟将军武职；九月，在李定国的联络下，那嵩和总兵许名臣举旗反清；十二月失败。元江军民府改为元江府。清朝借此机会“改土归流”，废除钮兀御夷长官司（江城，绿春县），把辖区分封给建立战功的将士为土千总、土守备等；土著贵族委任为土千户等。

清顺治十七年（公元1660年），设置流官知府；配置元江协副将，就是后来的裁曲靖府通判。知府是从四品。

清顺治十八年（公元1661年），元江府又升为元江军民府。军民府的知府是正四品。

清雍正七年（公元1729年），云南布政司把原属元江军民府的普洱市地方，从元江军民府划出，另设一府，称为普洱府，隶属于云南布政司。

清雍正十年（公元1732年），裁曲靖府通判由土城移驻他郎寨（今墨江县城），设他郎厅，恭顺州和原钮兀御夷司辖区并入他郎厅管辖，辖区内的龙氏土千总、施氏土千总、施氏土守备等土官也隶属于他郎厅；他郎厅仍隶属于元江军民府。原属临安府所属新平彝族傣族自治县也划归元江府。元江府辖奉化州、新平县、他郎厅。

清乾隆三十年（公元1767年）元江军民府降级为元江府。

清乾隆三十一年十月壬戌日（公元1766年11月27日）解析迤东道所属镇沅彝族哈尼族拉祜族自治县、元江哈尼族彝族傣族自治县、临安区、普洱市四府，新设迤南道，治所在普洱。从此，云南省的政治中心由元江转移到普洱。

清代乾隆三十五年庚戌日（公元1770年11月27日），元江府再降级为元江直隶州，隶属迤南道，相当于两个散州，辖奉化州（元江）和新平县。他郎厅划归普洱府管辖。

公元1948年1月至1949年4月，云南省第六区行政督察专员公署设于新平彝族傣族自治县县城，管辖新平、峨山彝族自治县、双柏县、龙武、镇、景东彝族自治县、元江、墨江哈尼族自治县八县。

其它补充内容可以参阅“他郎厅”。