脱氧核糖(deoxyribose)全称是D-2-脱氧核糖,是一种存在于一切细胞内的
戊糖衍生物,
化学式为C5H10O4,是
多核苷酸脱氧核糖核酸的一个组成成分,也是单糖的一种,是一种
醛基戊糖,一般在2位上为氢原子而无
羟基,存在于
脱氧核糖核苷、
脱氧核糖核苷酸和脱氧核糖核酸的分子中。是脱氧核糖核酸的组成成分之一,是脱氧核糖核酸(DNA)中的五碳糖,与磷酸基交换连接组成DNA多聚体的“骨架”,并与
碱基相连。
1869年,米歇尔首次从
细胞核中分离出一种含磷的物质,这种物质就是后来被称为DNA的物质。1929年,
菲巴斯·利文首先发现脱氧核糖。19世纪末至20世纪初,科学家们通过
化学分析等手段,确认了
脱氧核糖核酸分子中含有脱氧核糖这一成分。脱氧核糖是DNA的重要组成部分,在DNA复制过程中发挥着至关重要的作用。DNA复制是
细胞在分裂过程中复制其遗传信息的机制。脱氧核糖促进了DNA复制中的酶促过程。它为DNA分子提供了骨架,作为DNA聚合酶的底物,并允许DNA连接酶修复DNA链中的断裂。脱氧核糖在遗传信息中非常重要,它与
碱基结合并形成DNA链的能力是储存和传递遗传指令的基础,通过了解脱氧核糖在遗传信息中的作用,科学家可以更深入地研究DNA的错综复杂,探索生命本身的奇迹。
脱氧核糖为白色结晶性粉末或颗粒,在常温常压下状态稳定,易溶于水,
熔点相对较高,达到89~90℃。脱氧核糖多应用于生物合成和制药领域。
发现历史
1869年,米歇尔首次从
细胞核中分离出一种含磷的物质,他称之为“
核素”,这种物质就是后来被称为
脱氧核糖核酸的物质。虽然当时他并没有直接发现脱氧核糖,但他的工作为后来DNA的发现奠定了基础。1929年,
菲巴斯·利文发现了脱氧核糖。
19世纪末至20世纪初,随着科学研究的深入,科学家们逐渐认识到DNA是生物体的遗传物质。在这一过程中,科学家们通过
化学分析等手段,确认了DNA分子中含有脱氧核糖这一成分。
脱氧核糖于1935年合成。沃森和
弗朗西斯·克里克在
剑桥大学卡文迪许实验室共同研究DNA的结构。他们通过X射线
衍射照片等实验数据,提出了
脱氧核糖核酸的双螺旋结构模型。这一模型揭示了DNA分子中脱氧核糖与磷酸基团交替连接形成链的骨架,以及
碱基之间的特定配对规则(A与T配对,G与C配对)。他们的发现为理解遗传信息的传递奠定了基础。
对于用化学法合成脱氧
核糖来说,1954年是值得重视的一年,这一年Sowden和Richards等人在前人研究的基础上,分别发表了以D-葡萄糖为原料合成2-脱氧-D-核糖(2)的较成熟方法,他们的方法基本相同,具有工业化价值。由于D-葡萄糖的生物合成法已经工业化,故大大地降低了2-脱氧-D-核糖的制备成本。
20世纪60年代初,由MacDonald等人以2,4-氧-亚
乙基D-葡萄糖为原料,用
高碘酸衍生物氧化降解,制得较高收率的2,4-氧-亚乙基-D-赤藓糖(丁糖),这种丁糖主要以它的二聚体形式存在(见下图)。
Rapoport等人认为化合物140是合成2-脱氧核糖的理想原料,为此,他们成功地解决了两个问题:一是将化合物140的二聚体有效地全部转为
单体;二是寻找到一种亲核加成的方法,使糖的碳链延长为
戊糖,并且能很好地转化为2-脱氧核糖,有较理想的收率。从而产生了一条以丁糖衍生物制备2-脱氧核糖的途径。
理化性质
物理性质
脱氧核糖为白色结晶性粉末或颗粒,在常温常压下状态稳定。易溶于水,在水中能形成无色透明的溶液;也可溶于一些有机
溶剂,如
乙醇等,但溶解性相对较差。熔点相对较高,达到89~90℃。
化学性质
脱氧核糖的氧环式结构除β一型外,也都有α—型。在
水溶液中,脱氧核糖形成链式、氧环式(α、β二种异构体)三种结构组成的互变平衡体系。脱氧核糖的链式结构中有
醛基存在,因此脱氧核糖具有还原性,属还原性单糖。脱氧核糖使得DNA在化学性质上比RNA更加稳定,在碱性条件下不易水解。
由于单糖分子的开链结构是多
羟基醛或多羟基酮,因此,具有醇和醛或酮的化学性质。具有环状结构的单糖,不仅表现环状结构的化学性质,同时,也表现开链结构的化学性质。因为在水溶液中参加反应时,一般是以开链结构进行的,环状结构可转化为开链结构,直至反应平衡。
醛糖的醛基具有还原性。
酮糖的
酮基由于受相邻羟基的影响,也具有 还原性。环状结构的
半缩醛羟基具有与醛或酮基等同的还原性。因此,所有的单糖都是还
原糖,易被氧化成酸。酯化反应单糖的所有醇
羟基及半缩醛羟基都可与酸成酯。单糖分子的半
缩醛羟基易于醇或酚的羟基缩合脱水,生成缩醛,这类缩醛化合物在糖化学中称之为
糖苷。单糖分子的游离
羰基易被还原成醇。单糖在强酸作用下,受热脱水生成
糠醛或糠醛衍生物。在
弱碱作用下,可通过
烯醇式中间物互相转化。
应用领域
生物合成
脱氧核糖是
脱氧核糖核酸合成的关键原料,对于维持生物体的遗传稳定性和正常生理功能至关重要。
制药领域
脱氧核糖在制药领域,特别是抗病物合成上,具有重要的应用价值。2脱氧核糖是
核苷类药物的基础原料和关键中间体,可用于制造抗病毒药物和抗肿瘤药物;如
齐多夫定、拉米夫定、司达夫定,多用于治疗
艾滋病、乙肝和肿瘤,有着重要的开发价值和市场前景。目前,脱氧核糖主要通过化学合成,相对收率较低、成本较高。
生理作用
维持DNA的稳定
脱氧核糖核酸是由许多
脱氧核糖核苷酸残基按一定顺序彼此用3’,5’-磷酸二键相连构成的长链。大多数DNA含有两条这样的长链,也有的DNA为单链,如
大肠杆菌,
噬菌体等。有的DNA为
环形,有的DNA为线形。不同物种DNA的
碱基组成不同,但其中的
6-氨基嘌呤数等于其胸腺数(A=T),鸟嘌呤数等于
胞嘧啶数(G≡C)。D-2-脱氧
核糖是核糖的一个2位
羟基被氢取代的
衍生物。它在
细胞中作为
脱氧核糖核酸DNA的组分,十分重要。最早由
胸腺核苷中析离得到。
在DNA复制中的作用
脱氧核糖是DNA的重要组成部分,在DNA复制过程中发挥着至关重要的作用。DNA复制是细胞在分裂过程中复制其遗传信息的机制。
核苷酸中的脱氧核糖
核苷酸是DNA的基本构建单元,而脱氧核糖是这些核苷酸的关键组成部分。一个核苷酸由三个部分组成:一个糖分子(脱氧核糖)、一个磷酸基团和一个
碱基。核苷酸中的脱氧核糖为DNA分子提供了骨架,形成了糖-磷酸骨架。磷酸基团连接到一个脱氧核糖的3'
碳上,并与相邻脱氧核糖的5'碳原子相连,从而形成一个坚固的结构。脱氧核糖在核苷酸中的这种结构排列使
脱氧核糖核酸分子能够保持其稳定性,并在DNA复制过程中保护其携带的遗传信息。
酶促过程
在DNA复制过程中,多种酶促过程负责解开DNA双螺旋结构、合成新的DNA链以及校对新形成链中的任何错误。脱氧核糖在促进这些酶促过程中起着关键作用。其中一种参与DNA复制的酶是DNA聚合酶,它
催化新DNA链的合成。核苷酸中的脱氧核糖糖作为DNA聚合酶的底物,并为新DNA链的形成提供必要的构建单元。
此外,核苷酸中的脱氧核糖还允许
脱氧核糖核酸连接酶(另一种关键酶)修复DNA分子中的任何断裂或缺口。DNA连接酶在DNA复制过程中连接被称为冈崎片段的DNA不连续片段,确保整个DNA链的顺利复制。
综上所述,脱氧核糖促进了DNA复制中的酶促过程。它为DNA分子提供了骨架,作为DNA聚合酶的底物,并允许DNA连接酶修复DNA链中的断裂。
遗传信息的重要性
脱氧核糖在遗传信息中有着巨大的意义,因为它是DNA的关键组成部分。脱氧核糖的独特结构有助于形成
脱氧核糖核酸分子的骨架,使其能够存储和传输生命过程中必不可少的遗传信息。
脱氧核糖是DNA的关键成分,在生物体内遗传信息的储存和传递中起着至关重要的作用。它是一种五碳糖,形成DNA分子的骨架,提供稳定性和结构。理解脱氧核糖在遗传信息中的重要性对于理解DNA的复杂性至关重要。
与含氮碱基结合
脱氧核糖分子与含氮碱基结合,即
6-氨基嘌呤(A)、
胸腺嘧啶(T)、
胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G),形成核苷酸。这个键在DNA分子的形成中是必不可少的,被称为
核苷。通过强
共价键,脱氧核糖确保了
脱氧核糖核酸结构的稳定性,并促进了复制和
转录过程。
DNA链的形成
脱氧核糖是DNA链形成的基础。它与磷酸分子连接在一起形成糖-磷酸骨架,而含氮碱基从该骨架向外突出。脱氧核糖和含氮碱基的特定排列决定了DNA分子中包含的
遗传密码。此代码包含了发展有机体的生长和功能。
由脱氧核糖和
碱基组成的核苷酸通过
氢键结合在一起,形成DNA的双螺旋结构。这种独特的结构允许有效包装遗传信息,并保护其免受损害。
脱氧核糖在遗传信息中的重要性不能低估。它与含氮碱基结合并形成
脱氧核糖核酸链的能力是储存和传递遗传指令的基础。通过了解脱氧核糖在遗传信息中的作用,科学家可以更深入地研究DNA的错综复杂,探索生命本身的奇迹。
制备方法
工业制备方法
葡萄糖转化法
这种方法原料易得,反应相对简单,且产品收率较高,适合工业化生产。
以脱氧核苷为原料制备2-脱氧核糖衍生物
将相应的脱氧核苷经
苷键断裂,脱去
碱基而制得,原则上选择何种脱氧核苷均可,但是,根据目前生物合成脱氧核苷的情况,常以
嘌呤脱氧核苷为原料,进行2-脱氧核糖的合成,这是因为嘌呤类脱氧核苷易于用生物合成法制得。如以
6-氨基嘌呤脱氧核苷为例,进行相应的脱氧核糖衍生物制备,可以先用
苯甲酰把
脱氧腺嘌呤核苷中的3’,5'-位以及碱基上
氨基保护起来,然后,再用AcOH-Ac2O处理,加热到100℃,2h后可将苷键破坏。也可以直接用AcOH-Ac2O来处理脱氧腺苷,而得到1,2,3-三
乙酰氧基2-脱氧核糖(见下图)。由此法制得的脱氧核糖衍生物141,142可以经皂化处理,去除
酰基而得脱氧核糖。
实验室制备方法
反应原理
利用脱氧
核糖与
苯胺反应形成2-脱氧-D-核糖酰基苯胺(简称
酰胺),然后酰胺在酸性环境下能自行
水解的原理,加入
苯甲醛能使反应更完全。上述反应中,
溶剂为
甲苯、水,
苯甲酸是催化剂。
实验仪器
三口烧瓶及相应搅拌
加热反应装置、抽滤装置、旋转蒸发仪、水环真空泵。
实验试剂
甲
磺基葡萄糖、
盐酸、苯胺、
甲醇、苯甲醛、
碳酸钠、甲苯。
制备过程
将上述连续反应的反应液水层物料400ml(内含甲磺酰基葡萄糖0.91
摩尔)加入到1000ml三口烧瓶中,开搅拌,滴加15%(wt)的Na₂CO₃溶液至pH-6.5,中和毕,开始
减压病回收甲醇,绝压控制在5000Pa,内温控制在不超过45℃;回收毕,恢复到常压,加入50ml×2=100ml
甲苯萃取两次。萃取毕,将水层加热到65℃后开始滴加15%(wt)的Na₂CO₃溶液,控制过程中溶液pH值始终在8.5左右,此过程约需4小时。反应毕,滴加约5ml10%(wt)的
盐酸调pH值至7.3左右后降温到50℃,加入130.3g
苯胺(1.40
摩尔),加毕,搅拌反应3小时(过程中温度始终控制在50℃)。反应时间到后在0.5小时内降温到10℃后
晶体析出,倒入抽滤瓶抽滤,滤饼层用60ml×2=120ml蒸馏水洗涤两次。将上述滤饼转入1000ml三口烧瓶中,加入400ml蒸馏水,开搅拌,依次加入12.2g(0.10mol)
苯甲酸和127.2g(1.20mol)
苯甲醛,加毕,升温至45℃保温反应12小时。反应毕,测水层pH值,一般在4.5以下,加入少许
盐酸无固体析出表明反应正常。将反应料液倒入抽滤瓶抽滤,滤饼层用30ml×2=60ml蒸馏水洗涤两次,合并滤液,用30ml×2=60ml
甲苯萃取滤液两次,测滤液pH值,应该在7.0~7.2之问,否则要用稀酸碱调到此范围。pH值调好后用旋转蒸发仅
减压病蒸水,过程中真空度由低到高逐步调节,加热水温控制为50℃。
物质结构
脱氧核糖本身可以作为线性分子或五或六元环存在。脱氧核糖被称为醛
戊糖,因为它是一种五碳分子,在分子末端含有一个
羰基。在图1中,它被视为脱氧
呋喃核糖,或五元环。磷酸基团和核酸碱基在这个环上的替换将允许脱氧核糖作为
脱氧核糖核酸的骨架,如图2所示。
在DNA中,脱氧核糖以五元环的形式存在。如图所示,脱氧核糖从环中的一个碳上失去了一个氧分子。虽然这似乎是一个简单的变化,但它极大地影响了DNA对
水解的抵抗力。有了额外的
氧气,
核糖核酸可以与水分子更好地相互作用。这会导致连接
核糖分子的磷酸二酯键水解。相比之下,连接脱氧核糖分子的磷酸二酯键自然与水的相互作用较少,通过水解分解的也较少。这使得DNA分子只需要很小的改动就可以跨越几代。
按照惯例,脱氧核糖中的碳用撇号编号,以区别它们。1’碳(称为“一碳”)是将与含氮(
核酸)
碱基结合的碳。5’碳位于环的另一侧,不是环结构的一部分。5’碳与磷酸基团相连。如图所示,这个磷酸基团将与它上面的核苷酸的3’碳结合。这就产生了
共价键合的
脱氧核糖核酸骨架。虽然没有画出来,但DNA以互补的两条链存在,每条链都有基于脱氧核糖的主链。
嘧啶和
嘌呤相互作用形成
氢键,将主链连接在一起。在复制过程中,酶会打破这些氢键,形成新的DNA链,补充母链的每一侧。在脱氧成为脱氧
核糖碱基之前,新的核糖分子附着在
碱基和磷酸基团上。然后,核苷酸可以被添加到不断增长的碱基链中,成为独立的DNA分子。