包纳米虫病是一种由包纳米虫属原虫寄生于宿主血细胞引起的寄生虫病，主要导致染疫牡蛎科生理紊乱并最终死亡。国际兽医局（OIE）将此病分为牡蛎包纳米虫感染和杀蛎包纳米虫感染两类。这两种疾病的病原分别为牡蛎包纳米虫（Bonamia ostreae）和杀蛎包纳米虫（B. exitiosus）。包纳米虫病被列入OIE疫病名单，也是中国水生动物三类疫病之一。

包纳米虫病的病原包括牡蛎包纳米虫和杀蛎包纳米虫，它们属于真核生物（Eukaryota）有孔虫类下界（Rhizaria）单孢子虫门（Haplosporidia）包纳米虫属（Bonamia）。这些病原体的纲、目、科分类尚未确定。牡蛎科包纳米虫呈现球形或卵圆形，大小约为2μm至5μm，主要寄生于宿主血细胞内部。杀蛎包纳米虫同样呈现球形或卵圆形，大小相似，不仅存在于血细胞中，也可能出现在细胞外部。对于不同的宿主，如安加西牡蛎（Ostrea angasi）和欧洲扁牡蛎—食用牡蛎（O. edulis），杀蛎包纳米虫会引起不同程度的血细胞浸润和坏死。

牡蛎包纳米虫病主要发生在欧洲多个国家以及北美的部分地区。该病的天然宿主主要是欧洲扁牡蛎科—食用牡蛎，但也发现其他种类的牡蛎如帕尔希牡蛎（O. puelchana）、安加西牡蛎和智利鹑螺（Tiostrea chilensis）也会自然感染。所有年龄段的牡蛎都易受感染，尤其是两岁及以上的个体。该病可能通过宿主之间的直接传播，但具体传播方式尚不明确。全年皆有可能发病，但在秋季和冬季末期较为常见。

杀蛎包纳米虫病主要分布在智利鹑螺、安加西牡蛎和食用牡蛎中。这种疾病在不同地区的流行高峰期有所不同，在南半球通常是每年的一月至四月，而在九月至十月则很难检测到虫体。环境因素如高温、低温、高盐度、饥饿和其他疾病压力可能会促进该病的发生。

无论是牡蛎科包纳米虫病还是杀蛎包纳米虫病，都没有明显的特定临床症状，通常只有病蛎死亡或者蛎壳闭合不全的表现。

牡蛎包纳米虫病的病理变化并不显著，大多数病蛎外观正常，少数病例可能出现鳃、外套膜和消化腺结缔组织的穿孔性溃疡。组织病理学检查显示，鳃和外套膜组织以及胃、肠周围的血管窦中有大量的血细胞浸润，有时可以观察到寄生昆虫虫体。

杀蛎包纳米虫病的病理变化也不明显，多数病蛎外观正常，少数病例可见鳃糜烂。组织病理学检查显示，智利鹑螺的鳃、外套膜结缔组织以及胃、肠周围血管窦出现病变；安加西牡蛎科的鳃和消化憩室上皮可见浅染的细胞内嗜碱性虫体，周围有大量上皮细胞增生；食用牡蛎的虫体遍布全身各器官结缔组织中，伴随严重血细胞浸润。

通过对流行病学、临床症状和病理变化的分析，可以初步判断是否存在包纳米虫病。为了确诊，需要进行实验室检测。

建议采集蛎壳闭合不全或刚刚死亡的、两年及以上龄的牡蛎样本。组织学检查时，最好选取厚度约3mm至5mm的鳃、外套膜、性腺和消化腺组织块；聚合酶链反应和原位杂交等检测，则推荐选取鳃和心室组织。

组织触片法：取心室或鳃组织制成触片，经过染色后在显微镜下观察虫体。组织切片法：取鳃、消化腺、外套膜和性腺等组织，经过固定液固定后再制作成切片，使用苏木素伊红（HE）染色后在显微镜下观察虫体。透射电镜（TEM）检测：这种方法的特异性更高，特别适用于包纳米虫虫种的鉴别。

聚合酶链反应（PCR）：检测包纳米虫的小亚基（SSU）rDNA基因，其敏感性和特异性均高于组织触片法和切片法。原位杂交（ISH）：利用地高辛标记探针或多种荧光素标记的寡聚核苷酸探针，检测包纳米虫的小亚基（SSU）rDNA基因，其敏感性高于组织触片法和切片法。

包纳米虫病应与其它原虫如闭合孢子虫（M. mackini）和鲁夫来小孢虫（M. roughleyi）相区分。牡蛎科包纳米虫和杀蛎包纳米虫的区别在于后者具有更少的单孢子体、线粒体和密集类脂体，且核质较小。

针对苗种场和良种场，实行防疫条件审核和苗种生产许可证制度。加强对疫病的监测和检疫，了解流行病学状况。可通过培育或引入抗病品种、切断传染源以及改善饲养管理等方式控制本病。从非疫区运输至疫区的贝类群体应接受至少三个月的追踪调查。此外，还可通过改变养殖模式、降低放养密度以及选择对包纳米虫不敏感的品种进行养殖。寄生昆虫在7℃、26℃或40%盐度等极端条件下处理。

繁殖场亲体和苗种检疫阳性结果的全部扑杀；种用和商品养殖牡蛎科检疫阳性结果的必须进行无害化处理，禁止用于繁殖育苗、放流或直接作为水产饵料使用。

根据水域和流域的自然隔离情况划分区域，并实施分区管理。