位于天祝藏族自治县城西11公里的石门河峡口内侧的石门乡，北靠高耸的马牙雪山，南临石门河。

该寺由明代国师罗桑丹巴曲吉尼玛初建，藏语称“嘉格让雅尔隆图尔钦噶丹贤巴林”。

清顺治九年（1652），阿旺罗桑嘉措阿旺·罗桑嘉措进京途中曾到过该寺。据传，仓央嘉措仓央嘉措被蒙古和硕特汗国首领拉藏鲁贝废黜后，在押解送往京师途中曾辗转来过此寺，居住达一年之久。清雍正二年（1724），因青海蒙古和硕特首领罗卜藏丹津反清事件的牵连而毁于兵后，于雍正五年（1727）开始重建，至乾隆八年（174s）竣工，前后共用16年时间，称为达布寺，御赐匾额为“格丹勒措哇”（意为宗喀巴的信徒），朝廷还发给250名僧人的供奉，并赐给藏文版大藏经《甘珠尔》和《丹珠尔》。据记载，该寺是仓央嘉措主持修建的，建成后由他自己亲自任堪布，这一时期的石门寺有僧侣500多人。清同治五年（1866 ）反清起事的河州回族领袖马占鳌进入河西攻占天祝藏族自治县，石门寺又遭到局部破坏。

该寺历史上曾出现过一些学者名人，最有名的为清末民初的华锐热布萨，他学识渊博、精通五明，曾是土登嘉措土登嘉措的副经师，著有佛教哲学著作2部，塔尔寺等地有其梵文、藏文手迹收藏。

解放初期该寺有经堂2座，昂欠有堪布、朵什、嘉豆等处，活佛2人，僧人及其他人员共有48人。清乾隆后至解放初，该寺为阿拉善盟巴让克寺属寺。1960年后被陆续拆毁，1981年正式开放，现有僧人及寺院管理人员8人。

原寺内珍藏有很多文物古籍，后来随着寺院拆毁，损失严重。现存寺内的有格桑嘉措格桑嘉措所赠象牙观音佛像1尊；明洪武年间的光明女神石浮雕像；清代白海螺1个；仓央嘉措的法衣、帽、法器；华锐热布萨的骨灰塔1座及许多精巧的唐卡、小铜佛像等物。